More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0544 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0544  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 322 aa  651    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0120  extracellular solute-binding protein  62.99 
 
 		 340 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1948  extracellular solute-binding protein  62.54 
 
 		 326 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.113804  normal  0.383853 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3231  extracellular solute-binding protein family 1  60.6 
 
 		 325 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416701  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2736  extracellular solute-binding protein family 1  63.37 
 
 		 325 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.288744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2481  extracellular solute-binding protein family 1  61.97 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.37214  normal  0.635435 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1463  extracellular solute-binding protein  54.31 
 
 		 326 aa  345  7e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.512158  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1078  extracellular solute-binding protein  47.66 
 
 		 322 aa  278  8e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3199  extracellular solute-binding protein  47.02 
 
 		 338 aa  268  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.680045  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1586  extracellular solute-binding protein family 1  33.57 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1201  extracellular solute-binding protein family 1  32.4 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.941139  normal  0.523727 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  32.97 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4607  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  32.97 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.980284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4473  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  32.97 
 
 		 341 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.144148 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2070  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4877  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  0.38801 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0970  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000273849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5525  extracellular solute-binding protein  33.2 
 
 		 340 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.655164  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1221  extracellular solute-binding protein family 1  33.23 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.141693  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  33.22 
 
 		 351 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2479  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.49 
 
 		 347 aa  129  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2833  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1554  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.202841  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  30 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  28.62 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1866  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.85 
 
 		 341 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1753  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.62 
 
 		 341 aa  126  5e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.38 
 
 		 341 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  32.51 
 
 		 351 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3590  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.85 
 
 		 341 aa  125  9e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1812  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  28.52 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.98446  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1563  ABC transporter, substrate-binding protein  28.52 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  30 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  32.16 
 
 		 351 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 		 341 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2899  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 345 aa  122  9e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00994055 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1282  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  32.98 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1374  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  30.07 
 
 		 358 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1235  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  29.97 
 
 		 358 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1611  ABC transporter substrate-binding protein  28.52 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.791321  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1212  iron ABC transporter solute-binding protein  29.97 
 
 		 358 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1572  ABC transporter, substrate-binding protein  28.52 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1214  iron ABC transporter solute-binding protein  29.97 
 
 		 358 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1337  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  29.97 
 
 		 358 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1735  ABC transporter substrate-binding protein  28.52 
 
 		 341 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.313912  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1411  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.97 
 
 		 358 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1436  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  29.97 
 
 		 346 aa  116  5e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1476  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.62 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3970  putative iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.62 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1237  extracellular metal-binding protein  29.86 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1786  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.2 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3891  extracellular solute-binding protein  30.72 
 
 		 327 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4694  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0333  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.853179  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1570  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 		 350 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.840173  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000766  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.58 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1107  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 		 343 aa  105  7e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.695758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04877  ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  27.71 
 
 		 336 aa  105  9e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0924  extracellular solute-binding protein family 1  29.62 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1048  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4801  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 442 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.433474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2917  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0545  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.46 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.001131  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2476  ABC-type iron(III)-binding periplasmic protein precursor  29.01 
 
 		 364 aa  104  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000339151  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0625  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.82 
 
 		 344 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2746  ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.94 
 
 		 335 aa  102  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.553799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1545  extracellular solute-binding protein family 1  27.89 
 
 		 339 aa  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.061269  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 		 341 aa  102  7e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.81 
 
 		 341 aa  101  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2485  extracellular solute-binding protein family 1  29.24 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.390798  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0811  extracellular solute-binding protein  27.4 
 
 		 351 aa  100  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 342 aa  99.8  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4911  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 333 aa  99.4  7e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.224202  normal  0.316622 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0923  extracellular solute-binding protein family 1  28.14 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0386  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.54 
 
 		 338 aa  97.1  3e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000551212  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4658  extracellular solute-binding protein  30.56 
 
 		 440 aa  97.1  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 342 aa  96.3  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0435  extracellular solute-binding protein, family 1  29.21 
 
 		 343 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  28.83 
 
 		 342 aa  95.9  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 381 aa  95.9  9e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  29.78 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0643  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  29.37 
 
 		 346 aa  94.4  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000121089  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1588  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 368 aa  94  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5871  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 		 342 aa  94  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0432658  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0041  extracellular solute-binding protein family 1  29.23 
 
 		 336 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0641  Fe3+ ABC transporter, iron-binding protein  26.67 
 
 		 343 aa  91.7  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.147653  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 		 382 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1366  extracellular solute-binding protein family 1  29.21 
 
 		 344 aa  90.5  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  28.89 
 
 		 343 aa  90.5  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2139  extracellular solute-binding protein  24.76 
 
 		 347 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1990  putative regulatory lipoprotein  36.36 
 
 		 419 aa  89  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.307134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0051  extracellular solute-binding protein family 1  29.66 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115612  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4456  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 337 aa  87.4  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00193533  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52130  periplasmic binding protein  28.46 
 
 		 388 aa  85.9  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  28.44 
 
 		 342 aa  85.9  8e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2968  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 445 aa  85.5  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.812096 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4977  extracellular solute-binding protein family 1  28.73 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.187207  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1772  extracellular solute-binding protein family 1  29 
 
 		 344 aa  85.1  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.320595  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>