More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6543 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
407 aa  838    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  70.45 
 
 
354 aa  531  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  70.66 
 
 
383 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  74.69 
 
 
355 aa  521  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  74.07 
 
 
362 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  55.49 
 
 
347 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  52.55 
 
 
342 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  51.8 
 
 
347 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  45.86 
 
 
335 aa  305  7e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  42.57 
 
 
342 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  42.86 
 
 
345 aa  285  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  42.06 
 
 
344 aa  266  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  39.2 
 
 
350 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  38.92 
 
 
350 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  38.78 
 
 
347 aa  252  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  40 
 
 
355 aa  242  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  36.12 
 
 
374 aa  232  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  37.69 
 
 
358 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  37.27 
 
 
355 aa  228  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  36.76 
 
 
355 aa  225  9e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 
348 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  38.41 
 
 
348 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  38.97 
 
 
350 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  39.02 
 
 
348 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.72 
 
 
348 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  38.22 
 
 
348 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  37.27 
 
 
348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  38.32 
 
 
348 aa  213  5.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  38.32 
 
 
348 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  27.78 
 
 
348 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
347 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
348 aa  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.74 
 
 
349 aa  117  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
345 aa  116  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
340 aa  116  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  29.45 
 
 
345 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
338 aa  114  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  27.07 
 
 
346 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  29.18 
 
 
345 aa  106  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  25.46 
 
 
344 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 
343 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  27.51 
 
 
340 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 
347 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 
358 aa  93.2  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.84 
 
 
354 aa  93.2  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 
355 aa  89.7  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  25.7 
 
 
348 aa  89  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.01 
 
 
354 aa  85.5  0.000000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
343 aa  84.3  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 
346 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.15 
 
 
323 aa  84  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  26.3 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
340 aa  82.4  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.07 
 
 
347 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 
347 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  25.37 
 
 
344 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  26.05 
 
 
344 aa  79.7  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2409  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
359 aa  78.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0527078 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5429  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0960815 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.38 
 
 
378 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
353 aa  75.5  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2169  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  25.15 
 
 
348 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00563875  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 
344 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.78 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 
343 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3297  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
348 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519451  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3608  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0643  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  25.53 
 
 
367 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4447  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.415415  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3919  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  24.31 
 
 
346 aa  73.6  0.000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
343 aa  73.2  0.000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
362 aa  73.2  0.000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4664  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 
348 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0403055  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0563  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  23.81 
 
 
344 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 
346 aa  71.6  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0432  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.77 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0815  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.77 
 
 
408 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.713684  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1811  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.77 
 
 
374 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2362  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.77 
 
 
374 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0482  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.77 
 
 
374 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2501  putative polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  24.77 
 
 
348 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 
342 aa  70.5  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 
350 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0857  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 
355 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2932  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.83 
 
 
349 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485027  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 
344 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
353 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 
352 aa  68.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  26.76 
 
 
359 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6887  extracellular solute-binding protein family 1  25.5 
 
 
349 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31675  normal  0.286829 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1611  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 
341 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.257155  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 
346 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  23.44 
 
 
347 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 
341 aa  66.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2914  extracellular solute-binding protein  23.97 
 
 
342 aa  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.73 
 
 
341 aa  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  23.94 
 
 
346 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>