89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3974 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2984  type III restriction protein res subunit  38.91 
 
 		 1113 aa  663    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135376  normal  0.189592 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3974  type III restriction enzyme, res subunit  100 
 
 		 1093 aa  2249    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.361688  normal  0.0160055 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5222  type III restriction protein res subunit  33.73 
 
 		 995 aa  510  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1985  type III restriction enzyme, res subunit  34.74 
 
 		 1116 aa  503  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0066  type III restriction protein res subunit  32.54 
 
 		 1100 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5781  type III restriction protein res subunit  33.67 
 
 		 978 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0358672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2131  DEAD/DEAH box helicase  32.34 
 
 		 1099 aa  442  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.812467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4408  type III restriction enzyme, res subunit  26.18 
 
 		 976 aa  242  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2754  hypothetical protein  29.01 
 
 		 526 aa  182  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0432  type III restriction protein res subunit  29.4 
 
 		 619 aa  103  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6393  type III restriction protein res subunit  27.09 
 
 		 609 aa  97.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  25.52 
 
 		 676 aa  85.9  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  24.41 
 
 		 812 aa  70.9  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  24.22 
 
 		 815 aa  68.2  0.0000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  23.62 
 
 		 813 aa  65.9  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1406  type III restriction protein res subunit  24.32 
 
 		 848 aa  59.3  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  26.67 
 
 		 462 aa  58.5  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0992  type III restriction protein res subunit  25.92 
 
 		 938 aa  58.2  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.942343 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2588  type III restriction enzyme, res subunit  24.21 
 
 		 591 aa  57  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.245843  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1001  superfamily II DNA/RNA helicase  25.44 
 
 		 773 aa  56.6  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0357  type III restriction protein res subunit  21.41 
 
 		 1053 aa  57  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3809  type III restriction enzyme, res subunit  26.46 
 
 		 1033 aa  55.8  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0449  type III restriction enzyme, res subunit  22.19 
 
 		 1062 aa  55.8  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.457161  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3984  type III restriction protein res subunit  25.43 
 
 		 1418 aa  55.5  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2320  type III restriction protein res subunit  24.59 
 
 		 593 aa  54.7  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000427068 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  23.58 
 
 		 967 aa  54.7  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  23.04 
 
 		 580 aa  54.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  23.05 
 
 		 459 aa  53.9  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4267  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.26 
 
 		 1188 aa  53.5  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0366  type III restriction protein res subunit  32.92 
 
 		 1012 aa  52  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.64384  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1359  helicase, putative  25.07 
 
 		 1041 aa  51.2  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1040  type III restriction enzyme, res subunit  24.86 
 
 		 385 aa  51.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3774  type III restriction protein res subunit  23.8 
 
 		 583 aa  51.2  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.476443  normal  0.253817 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2492  type III restriction protein res subunit  23.48 
 
 		 1066 aa  51.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.964  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  22.79 
 
 		 804 aa  50.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0035  superfamily II DNA/RNA helicase  22.19 
 
 		 949 aa  50.8  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0259774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1862  type III restriction enzyme, res subunit  23.42 
 
 		 580 aa  49.7  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.547726  normal  0.254233 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0803  type III restriction enzyme, res subunit  23.81 
 
 		 1137 aa  49.7  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.874877  normal  0.710753 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03900  hypothetical protein  22.41 
 
 		 998 aa  50.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.114045  normal  0.665551 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2280  type III restriction enzyme, res subunit  25.89 
 
 		 558 aa  50.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01111  hypothetical protein  22.52 
 
 		 778 aa  49.3  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2350  type III restriction enzyme, res subunit  22.64 
 
 		 602 aa  49.3  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1477  type III restriction protein res subunit  23.22 
 
 		 599 aa  49.3  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2606  type III restriction enzyme, res subunit  23.56 
 
 		 560 aa  48.9  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1839  type III restriction protein res subunit  24.66 
 
 		 563 aa  49.3  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.036346  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2770  type III restriction enzyme, res subunit  23.56 
 
 		 560 aa  48.9  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.547342  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2533  type III restriction protein res subunit  22.64 
 
 		 584 aa  48.5  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.10242  hitchhiker  0.000564265 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0977  type III restriction enzyme, res subunit  25.23 
 
 		 1063 aa  48.5  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0789  type III restriction protein res subunit  23.63 
 
 		 795 aa  48.5  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.891259  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2963  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.1 
 
 		 1167 aa  48.5  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3842  type III restriction enzyme, res subunit  26.55 
 
 		 1061 aa  48.5  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10520  DNA/RNA helicase, superfamily II  23.51 
 
 		 589 aa  48.5  0.0007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2039  type III restriction protein res subunit  25.62 
 
 		 809 aa  48.1  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2408  DEAD/DEAH box helicase, putative  25.62 
 
 		 809 aa  48.1  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1543  type III restriction protein res subunit  23.81 
 
 		 979 aa  47.8  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0931  type III restriction protein res subunit  23.98 
 
 		 586 aa  47.4  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.355478  normal  0.978518 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  24.66 
 
 		 1051 aa  48.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1747  type III restriction protein res subunit  22.64 
 
 		 584 aa  47.4  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0541375  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1790  type III restriction protein res subunit  22.64 
 
 		 584 aa  47.8  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.766528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2559  type III restriction protein res subunit  20.2 
 
 		 580 aa  47.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1751  type III restriction protein res subunit  23.38 
 
 		 584 aa  48.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0301  type III restriction enzyme, res subunit  26.7 
 
 		 1051 aa  47.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.177385  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0881  type III restriction protein res subunit  24.38 
 
 		 621 aa  46.6  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1034  type III restriction protein res subunit  22.47 
 
 		 1126 aa  47.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0485696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3307  type III restriction protein res subunit  21.26 
 
 		 536 aa  46.6  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1532  type III restriction enzyme, res subunit  22.73 
 
 		 579 aa  47.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.413566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2089  type III restriction enzyme, res subunit  22.53 
 
 		 616 aa  46.6  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.553683  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2440  type III restriction protein res subunit  22.34 
 
 		 591 aa  47  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0376  type III restriction protein res subunit  24.93 
 
 		 574 aa  46.2  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3182  type III restriction protein res subunit  25.76 
 
 		 1029 aa  46.2  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2656  EcoEI R domain protein  22.32 
 
 		 811 aa  46.6  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04056  DNA helicase of superfamily II  24.02 
 
 		 796 aa  46.2  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2354  type III restriction protein res subunit  25.07 
 
 		 586 aa  45.8  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0822  DEAD/DEAH box helicase-like  23.36 
 
 		 1065 aa  46.2  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.317818  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3993  type III restriction protein res subunit  24.02 
 
 		 1348 aa  45.8  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0370  type III restriction protein res subunit  25.34 
 
 		 1055 aa  45.4  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0484136  hitchhiker  0.000113274 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4526  DEAD-like helicase  25.35 
 
 		 559 aa  45.4  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04216  endonuclease R  23.96 
 
 		 1170 aa  45.4  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0717  type III restriction protein res subunit  25.21 
 
 		 794 aa  45.4  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000142618 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3772  type III restriction protein res subunit  25.61 
 
 		 594 aa  45.1  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.513418 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2363  type III restriction enzyme, res subunit  21.75 
 
 		 590 aa  45.1  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0989425  normal  0.0932294 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4932  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.86 
 
 		 1169 aa  45.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47412  predicted protein  27.03 
 
 		 1256 aa  45.1  0.008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4288  type III restriction protein res subunit  27.78 
 
 		 1058 aa  44.7  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0006  type III restriction enzyme, res subunit  24.31 
 
 		 768 aa  44.7  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1218  type III restriction protein res subunit  24.49 
 
 		 485 aa  44.7  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150525 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25110  DNA/RNA helicase, superfamily II  22.95 
 
 		 593 aa  44.7  0.01  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.862041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1719  DNA or RNA helicase of superfamily II-like protein  25.27 
 
 		 582 aa  44.7  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.193156  normal  0.109566 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3640  type III restriction protein res subunit  26.09 
 
 		 524 aa  44.7  0.01  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>