More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3364 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B2753  amino acid transporter  95.09 
 
 		 510 aa  974    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3364  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 510 aa  1027    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5201  amino acid permease-associated region  99.02 
 
 		 530 aa  1016    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165021  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2391  amino acid permease-associated region  51.45 
 
 		 516 aa  473  1e-132  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1845  amino acid permease-associated region  49.49 
 
 		 522 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.689083  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2131  amino acid permease-associated region  48.43 
 
 		 515 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.702859 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2634  amino acid permease-associated region  48.37 
 
 		 520 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0482773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2894  amino acid permease-associated region  48.16 
 
 		 543 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2946  Amino acid permease protein  47.1 
 
 		 523 aa  413  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3296  hypothetical protein  33.91 
 
 		 519 aa  253  4.0000000000000004e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.171098 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0796  amino acid permease family protein  33.15 
 
 		 521 aa  238  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1853  amino acid permease-associated region  33.88 
 
 		 528 aa  238  3e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.133441  normal  0.907353 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7231  amino acid permease-associated region  33.2 
 
 		 514 aa  211  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2277  amino acid permease-associated region  33.01 
 
 		 522 aa  204  2e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308026 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2589  amino acid permease-associated region  30.48 
 
 		 527 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.729584  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5923  amino acid permease-associated region  34.19 
 
 		 514 aa  187  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.123062 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08990  GABA transporter, putative (Eurofung)  27.13 
 
 		 542 aa  154  4e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00206587  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06480  hypothetical protein  27.22 
 
 		 526 aa  153  8e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.559132  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1043  amino acid permease-associated region  28.03 
 
 		 494 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.490599 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01061  GABA transporter (Eurofung)  27.17 
 
 		 530 aa  145  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0276029  normal  0.0879466 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2000  amino acid permease-associated region  26.22 
 
 		 547 aa  141  3e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0734041  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05590  amino acid/metabolite permease, putative  26.53 
 
 		 764 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_16647  predicted protein  25.23 
 
 		 537 aa  133  6e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0247353  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07150  GABA transporter, putative (Eurofung)  29.25 
 
 		 532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05968  amino acid transporter (Eurofung)  26.08 
 
 		 570 aa  130  7.000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.292579 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05010  GabA permease, putative  26.43 
 
 		 518 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1845  amino acid permease-associated region  25.28 
 
 		 505 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.19393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3688  amino acid permease-associated region  28.64 
 
 		 538 aa  124  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10905  GABA permease (Uga4), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03370)  28.8 
 
 		 544 aa  123  6e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2500  amino acid permease-associated region  26.29 
 
 		 521 aa  123  8e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0303184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3084  amino acid permease-associated region  26.61 
 
 		 506 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.150726  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39042  GABA-specific high-affinity permease  25.28 
 
 		 570 aa  122  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.108543 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4043  amino acid permease-associated region  26.65 
 
 		 510 aa  121  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.844499 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2463  amino acid permease-associated region  26.54 
 
 		 521 aa  121  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143129  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2508  amino acid permease-associated region  26.54 
 
 		 521 aa  121  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.522988 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41725  predicted protein  25.99 
 
 		 571 aa  119  9.999999999999999e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.817066  hitchhiker  0.00692909 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3666  amino acid permease-associated region  26.86 
 
 		 503 aa  115  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52700  GABA/polyamine transporter  25.05 
 
 		 538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0113876 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3725  amino acid permease-associated region  27.92 
 
 		 549 aa  112  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.747367  normal  0.414333 
 
 
-
 
NC_006687  CNE01030  choline transporter, putative  27.27 
 
 		 576 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03081  amino acid transporter (Eurofung)  23.99 
 
 		 502 aa  108  2e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.276198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0901  amino acid permease-associated region  25.96 
 
 		 531 aa  108  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797467 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4517  amino acid permease-associated region  24.74 
 
 		 502 aa  107  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.844231  normal  0.657499 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02962  GABA permease [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9Y860]  28.99 
 
 		 520 aa  106  9e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.533637  normal  0.42744 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1734  amino acid permease-associated region  23.01 
 
 		 506 aa  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2651  amino acid permease-associated region  25.68 
 
 		 496 aa  104  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1591  permease, urea carboxylase system  27.29 
 
 		 513 aa  103  7e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.457317  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02287  GABA transporter, putative (Eurofung)  26.55 
 
 		 553 aa  103  8e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2292  amino acid permease-associated region  25.45 
 
 		 486 aa  103  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2300  amino acid permease-associated region  25.45 
 
 		 486 aa  103  9e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.83831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2253  amino acid permease-associated region  25.45 
 
 		 486 aa  103  9e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.217736  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3537  amino acid permease-associated region  26.38 
 
 		 499 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.433323 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3605  amino acid permease-associated region  26.38 
 
 		 539 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.51831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3532  amino acid permease-associated region  26.61 
 
 		 499 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.36606  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03345  GABA transporter, putative (Eurofung)  25 
 
 		 532 aa  99.4  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.505774  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08726  GABA transporter (Eurofung)  25.95 
 
 		 514 aa  97.4  5e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.538203 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64090  predicted protein  24.74 
 
 		 547 aa  95.9  2e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.111826  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5375  amino acid permease-associated region  26.49 
 
 		 483 aa  92.8  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5286  amino acid permease-associated region  26.49 
 
 		 483 aa  92.8  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3846  amino acid permease-associated region  27.81 
 
 		 497 aa  92.4  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7845  Amino acid transporter-like protein  26.15 
 
 		 527 aa  91.7  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.162631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5665  amino acid permease-associated region  26.05 
 
 		 487 aa  90.1  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.562505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3379  amino acid permease-associated region  23.74 
 
 		 505 aa  90.1  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41155  predicted protein  25 
 
 		 539 aa  89.7  1e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.745721  normal  0.0472974 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07392  choline transporter, putative (Eurofung)  21.43 
 
 		 495 aa  85.9  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06000  GabA permease, putative  22.97 
 
 		 547 aa  84.7  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.423661  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02043  GABA transporter, putative (Eurofung)  26.82 
 
 		 507 aa  84.3  0.000000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10972  choline transport protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15150)  23.7 
 
 		 516 aa  84  0.000000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.815116 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05275  choline transporter, putative (Eurofung)  24.31 
 
 		 516 aa  83.6  0.000000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0800  amino acid permease-associated region  25.87 
 
 		 483 aa  82.4  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.55518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0043  amino acid permease-associated region  24.57 
 
 		 483 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.979083  normal  0.243492 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0097  amino acid transporter  27.05 
 
 		 465 aa  81.3  0.00000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000513472  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03347  GABA transporter, putative (Eurofung)  25.4 
 
 		 527 aa  80.5  0.00000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.315191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2158  amino acid permease family protein  25.4 
 
 		 483 aa  80.5  0.00000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2679  amino acid permease-associated region  25.81 
 
 		 482 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0940  amino acid permease-associated region  25.93 
 
 		 504 aa  79  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2625  amino acid permease-associated region  25.81 
 
 		 482 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0475967  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF00330  gamma-aminobutyric acid transporter, putative  27.03 
 
 		 496 aa  77.4  0.0000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0814592  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49570  amino acid permease  26.43 
 
 		 496 aa  77  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.87664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0198  amino acid permease-associated region  25.27 
 
 		 490 aa  76.6  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000143228  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1150  amino acid permease-associated region  23.62 
 
 		 476 aa  75.5  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000287534  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_30629  predicted protein  23.31 
 
 		 526 aa  75.5  0.000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.555507  normal  0.773072 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3928  amino acid permease-associated region  26.79 
 
 		 492 aa  74.3  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.183878  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03304  GABA transporter, putative (Eurofung)  24.7 
 
 		 517 aa  73.9  0.000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215456  normal  0.500661 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  24.6 
 
 		 453 aa  73.9  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1784  amino acid transporter  24.4 
 
 		 462 aa  73.6  0.000000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000562371  hitchhiker  4.50262e-17 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0554  amino acid transporter  23.69 
 
 		 476 aa  73.6  0.000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00163593  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  25.19 
 
 		 466 aa  73.2  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00856  choline transporter (Eurofung)  22.25 
 
 		 518 aa  72  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.15169  normal  0.238191 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2802  amino acid permease family protein  25.44 
 
 		 443 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  23.91 
 
 		 456 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  23.22 
 
 		 455 aa  70.1  0.00000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  25.53 
 
 		 468 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2084  amino acid permease-associated region  23.55 
 
 		 770 aa  68.9  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0431  amino acid transporter  23.06 
 
 		 517 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271358  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04124  GABA transporter, putative (Eurofung)  22.17 
 
 		 442 aa  68.2  0.0000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.475155 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0388  amino acid transporter  25.86 
 
 		 483 aa  67.8  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000257428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  23.2 
 
 		 456 aa  67.8  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_09441  choline transporter (Eurofung)  25 
 
 		 542 aa  67.8  0.0000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07958  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.81 
 
 		 499 aa  67.8  0.0000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0588823  normal  0.156832 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>