More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2802 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2802  amino acid permease family protein  100 
 
 
443 aa  873    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  91.92 
 
 
434 aa  792    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3528  amino acid permease-associated region  60.68 
 
 
446 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.802107 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4371  amino acid permease-associated region  60.68 
 
 
446 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670873  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3995  amino acid permease-associated region  60.68 
 
 
446 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140691  normal  0.543798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1639  amino acid permease-associated region  60.23 
 
 
446 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00236467  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  52.3 
 
 
441 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  51.83 
 
 
447 aa  435  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7480  amino acid permease-associated region  51.85 
 
 
454 aa  409  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1544  putative amino acid permease  50.46 
 
 
440 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17740  amino acid ABC transporter permease  50 
 
 
440 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2587  amino acid permease-associated region  49.08 
 
 
440 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.250393 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  45.98 
 
 
440 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  41.24 
 
 
449 aa  367  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  42.95 
 
 
456 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  42.86 
 
 
456 aa  362  9e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  43.44 
 
 
443 aa  360  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  42.76 
 
 
443 aa  359  7e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  42.99 
 
 
443 aa  358  8e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  42.76 
 
 
443 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2029  amino acid permease family protein  44.68 
 
 
442 aa  356  5e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  42.57 
 
 
450 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  43.67 
 
 
443 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  41.5 
 
 
456 aa  355  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  42.83 
 
 
450 aa  353  5e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  42.57 
 
 
450 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  42.6 
 
 
450 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  42.4 
 
 
443 aa  350  4e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  40.9 
 
 
459 aa  349  5e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  42.4 
 
 
443 aa  349  6e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  41.23 
 
 
456 aa  349  7e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2628  amino acid permease-associated region  41.18 
 
 
453 aa  348  2e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0615557  normal  0.778378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  41.95 
 
 
443 aa  346  4e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0509  amino acid permease-associated region  42.08 
 
 
443 aa  346  6e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  41.86 
 
 
461 aa  342  7e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  40.99 
 
 
461 aa  342  8e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  41.86 
 
 
461 aa  342  9e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  41.36 
 
 
455 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  41.86 
 
 
461 aa  342  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  41.63 
 
 
461 aa  341  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  41.63 
 
 
461 aa  341  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  41.63 
 
 
461 aa  341  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  41.63 
 
 
461 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  39.68 
 
 
453 aa  335  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  41.63 
 
 
461 aa  335  1e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  42.18 
 
 
462 aa  329  8e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2314  amino acid permease-associated region  39.09 
 
 
453 aa  320  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2421  amino acid permease family protein  39.05 
 
 
463 aa  319  6e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2517  amino acid permease-associated region  38.64 
 
 
463 aa  319  7.999999999999999e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0624875  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2293  amino acid permease  38.37 
 
 
452 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.05629 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2295  amino acid permease  38.37 
 
 
452 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0751676 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2246  amino acid permease  38.37 
 
 
452 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2405  amino acid permease  38.37 
 
 
452 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0506799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2192  amino acid permease  38.37 
 
 
452 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3082  amino acid permease  39.05 
 
 
463 aa  318  2e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01917  predicted amino-acid transporter  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1643  amino acid permease-associated region  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.121061  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1218  amino acid permease  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01903  hypothetical protein  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2152  amino acid permease  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1626  amino acid permease-associated region  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2305  amino acid permease  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1045  amino acid permease  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0835245 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2947  amino acid permease  37.92 
 
 
452 aa  316  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  hitchhiker  0.000000000177755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0357  amino acid permease-associated region  41.65 
 
 
449 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4749  amino acid permease-associated region  39.86 
 
 
457 aa  298  9e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4455  amino acid permease-associated region  39.86 
 
 
457 aa  298  9e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.103538  normal  0.0381095 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4368  amino acid permease-associated region  39.86 
 
 
457 aa  298  9e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04210  putative transporter  40 
 
 
464 aa  291  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  39.37 
 
 
464 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  39.36 
 
 
464 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  38.78 
 
 
457 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  39.95 
 
 
463 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  39.95 
 
 
462 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  39.72 
 
 
462 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  39.72 
 
 
462 aa  280  4e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  39.77 
 
 
463 aa  279  6e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  36 
 
 
454 aa  269  8e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  37.9 
 
 
460 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  37.9 
 
 
470 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5856  amino acid permease-associated region  38.41 
 
 
463 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6094  amino acid permease-associated region  38.98 
 
 
463 aa  266  7e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679218  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  38.23 
 
 
449 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  37.67 
 
 
449 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  34.27 
 
 
449 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  33.41 
 
 
455 aa  242  1e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  34.78 
 
 
443 aa  231  3e-59  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3016  amino acid transporter  35.08 
 
 
462 aa  224  2e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  31.78 
 
 
468 aa  217  2.9999999999999998e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  30.68 
 
 
466 aa  211  2e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  36.4 
 
 
460 aa  207  4e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1476  amino acid transporter  33.33 
 
 
447 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.161402 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1513  amino acid transporter  33.11 
 
 
447 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.490527  hitchhiker  0.0000000124915 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1792  amino acid transporter  33.11 
 
 
447 aa  199  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000593149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1492  amino acid transporter  32.88 
 
 
447 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.488484  hitchhiker  0.0000000000000168224 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1963  amino acid transporter  32.65 
 
 
447 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.041678  hitchhiker  0.00000000765672 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  31.32 
 
 
465 aa  194  2e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1529  amino acid permease-associated region  31.05 
 
 
473 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327796  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6959  amino acid permease-associated region  31.31 
 
 
473 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576881  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6300  amino acid permease-associated region  31.05 
 
 
473 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.819384 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>