More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_2000 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_2000  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 547 aa  1079    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0734041  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1845  amino acid permease-associated region  34.9 
 
 		 505 aa  292  1e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.19393  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1734  amino acid permease-associated region  36.19 
 
 		 506 aa  292  1e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1043  amino acid permease-associated region  34.52 
 
 		 494 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3666  amino acid permease-associated region  32.24 
 
 		 503 aa  209  9e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3084  amino acid permease-associated region  29.36 
 
 		 506 aa  207  5e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.150726  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3379  amino acid permease-associated region  31.04 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2300  amino acid permease-associated region  31.08 
 
 		 486 aa  197  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.83831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2292  amino acid permease-associated region  31.08 
 
 		 486 aa  197  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2253  amino acid permease-associated region  31.08 
 
 		 486 aa  197  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.217736  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2500  amino acid permease-associated region  29.27 
 
 		 521 aa  196  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0303184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3846  amino acid permease-associated region  29.76 
 
 		 497 aa  195  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2508  amino acid permease-associated region  29.7 
 
 		 521 aa  193  7e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.522988 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2463  amino acid permease-associated region  29.7 
 
 		 521 aa  193  7e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143129  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1591  permease, urea carboxylase system  30.61 
 
 		 513 aa  189  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.457317  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3688  amino acid permease-associated region  29.58 
 
 		 538 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49570  amino acid permease  29.92 
 
 		 496 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.87664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5375  amino acid permease-associated region  31.39 
 
 		 483 aa  172  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5286  amino acid permease-associated region  31.39 
 
 		 483 aa  172  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5665  amino acid permease-associated region  31.97 
 
 		 487 aa  170  5e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.562505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0043  amino acid permease-associated region  31.49 
 
 		 483 aa  170  7e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.979083  normal  0.243492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3725  amino acid permease-associated region  30.11 
 
 		 549 aa  170  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.747367  normal  0.414333 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3296  hypothetical protein  28.54 
 
 		 519 aa  163  8.000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.171098 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0901  amino acid permease-associated region  30.74 
 
 		 531 aa  162  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797467 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0796  amino acid permease family protein  27.46 
 
 		 521 aa  157  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2391  amino acid permease-associated region  28.71 
 
 		 516 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3891  permease, urea carboxylase system  29.85 
 
 		 519 aa  156  7e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.920286  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0800  amino acid permease-associated region  30.06 
 
 		 483 aa  156  8e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.55518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3724  amino acid permease-associated region  28.15 
 
 		 562 aa  153  7e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1853  amino acid permease-associated region  27.85 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.133441  normal  0.907353 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2651  amino acid permease-associated region  30.37 
 
 		 496 aa  151  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7845  Amino acid transporter-like protein  29.6 
 
 		 527 aa  151  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.162631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3537  amino acid permease-associated region  29.53 
 
 		 499 aa  151  3e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.433323 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2753  amino acid transporter  26.88 
 
 		 510 aa  151  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3605  amino acid permease-associated region  29.33 
 
 		 539 aa  148  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.51831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3532  amino acid permease-associated region  29.33 
 
 		 499 aa  148  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.36606  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5923  amino acid permease-associated region  28.13 
 
 		 514 aa  147  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.123062 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1845  amino acid permease-associated region  28.63 
 
 		 522 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.689083  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2277  amino acid permease-associated region  27.52 
 
 		 522 aa  145  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308026 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0940  amino acid permease-associated region  27.08 
 
 		 504 aa  144  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3364  amino acid permease-associated region  25.78 
 
 		 510 aa  144  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5201  amino acid permease-associated region  26 
 
 		 530 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165021  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2589  amino acid permease-associated region  26.55 
 
 		 527 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.729584  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3928  amino acid permease-associated region  29.78 
 
 		 492 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.183878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4517  amino acid permease-associated region  27.31 
 
 		 502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.844231  normal  0.657499 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2634  amino acid permease-associated region  27.14 
 
 		 520 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0482773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7231  amino acid permease-associated region  26.55 
 
 		 514 aa  127  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2131  amino acid permease-associated region  26.65 
 
 		 515 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.702859 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2894  amino acid permease-associated region  26.29 
 
 		 543 aa  124  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2946  Amino acid permease protein  25 
 
 		 523 aa  121  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4043  amino acid permease-associated region  26.5 
 
 		 510 aa  120  4.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.844499 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52700  GABA/polyamine transporter  24.35 
 
 		 538 aa  100  6e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0113876 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 455 aa  99.4  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05968  amino acid transporter (Eurofung)  24 
 
 		 570 aa  96.3  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.292579 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08990  GABA transporter, putative (Eurofung)  24.43 
 
 		 542 aa  94.4  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00206587  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01061  GABA transporter (Eurofung)  21.81 
 
 		 530 aa  92.4  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0276029  normal  0.0879466 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05010  GabA permease, putative  22.38 
 
 		 518 aa  90.9  6e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  24.62 
 
 		 447 aa  90.5  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07150  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.06 
 
 		 532 aa  88.2  3e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03347  GABA transporter, putative (Eurofung)  25.77 
 
 		 527 aa  87  8e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.315191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  23.8 
 
 		 440 aa  86.7  9e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03304  GABA transporter, putative (Eurofung)  24.52 
 
 		 517 aa  84  0.000000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215456  normal  0.500661 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06480  hypothetical protein  24.69 
 
 		 526 aa  83.6  0.000000000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.559132  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08726  GABA transporter (Eurofung)  23.83 
 
 		 514 aa  82  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.538203 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05590  amino acid/metabolite permease, putative  23.37 
 
 		 764 aa  80.9  0.00000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10905  GABA permease (Uga4), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03370)  24.54 
 
 		 544 aa  80.1  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  25.68 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2295  amino acid permease  26.9 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0751676 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2192  amino acid permease  26.9 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2246  amino acid permease  26.9 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2293  amino acid permease  26.9 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.05629 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2405  amino acid permease  26.9 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0506799 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06000  GabA permease, putative  23.72 
 
 		 547 aa  77.8  0.0000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.423661  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  25.31 
 
 		 449 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1963  amino acid permease-associated region  25.44 
 
 		 468 aa  77.4  0.0000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.281005 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03345  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.31 
 
 		 532 aa  77  0.0000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.505774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41725  predicted protein  23.16 
 
 		 571 aa  77  0.0000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.817066  hitchhiker  0.00692909 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1544  putative amino acid permease  24 
 
 		 440 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01917  predicted amino-acid transporter  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1643  amino acid permease-associated region  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.121061  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2152  amino acid permease  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2947  amino acid permease  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  hitchhiker  0.000000000177755 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1218  amino acid permease  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2305  amino acid permease  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01903  hypothetical protein  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1626  amino acid permease-associated region  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1045  amino acid permease  26.65 
 
 		 452 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0835245 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3528  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 		 446 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.802107 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4371  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 		 446 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670873  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3995  amino acid permease-associated region  24.04 
 
 		 446 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140691  normal  0.543798 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  22.46 
 
 		 443 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  22.46 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  22.46 
 
 		 443 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39042  GABA-specific high-affinity permease  23.36 
 
 		 570 aa  74.3  0.000000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.108543 
 
 
-
 
NC_006687  CNE01030  choline transporter, putative  23.37 
 
 		 576 aa  74.3  0.000000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  24.04 
 
 		 456 aa  74.3  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  22.55 
 
 		 443 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  22.07 
 
 		 443 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  22.42 
 
 		 441 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  22.17 
 
 		 454 aa  73.2  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>