More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1043 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1043  amino acid permease-associated region  100 
 
 
494 aa  985    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1845  amino acid permease-associated region  59.54 
 
 
505 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.19393  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1734  amino acid permease-associated region  56.22 
 
 
506 aa  545  1e-154  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2000  amino acid permease-associated region  34.52 
 
 
547 aa  277  3e-73  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0734041  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2300  amino acid permease-associated region  35.7 
 
 
486 aa  274  3e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.83831  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2253  amino acid permease-associated region  35.7 
 
 
486 aa  274  3e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.217736  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2292  amino acid permease-associated region  35.7 
 
 
486 aa  274  3e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5375  amino acid permease-associated region  35.32 
 
 
483 aa  253  7e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5286  amino acid permease-associated region  35.32 
 
 
483 aa  253  7e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3379  amino acid permease-associated region  33.48 
 
 
505 aa  251  2e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5665  amino acid permease-associated region  35.54 
 
 
487 aa  250  4e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.562505  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49570  amino acid permease  33.94 
 
 
496 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.87664  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0800  amino acid permease-associated region  36.49 
 
 
483 aa  243  5e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.55518  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0043  amino acid permease-associated region  35.9 
 
 
483 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.979083  normal  0.243492 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3846  amino acid permease-associated region  33.69 
 
 
497 aa  228  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3084  amino acid permease-associated region  30.91 
 
 
506 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.150726  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1591  permease, urea carboxylase system  33.19 
 
 
513 aa  215  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.457317  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0940  amino acid permease-associated region  32.25 
 
 
504 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2508  amino acid permease-associated region  31 
 
 
521 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.522988 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2500  amino acid permease-associated region  31 
 
 
521 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0303184  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2463  amino acid permease-associated region  31 
 
 
521 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143129  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3688  amino acid permease-associated region  29.49 
 
 
538 aa  198  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3666  amino acid permease-associated region  30.02 
 
 
503 aa  197  5.000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3725  amino acid permease-associated region  29.78 
 
 
549 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.747367  normal  0.414333 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0901  amino acid permease-associated region  28.28 
 
 
531 aa  166  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00797467 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3724  amino acid permease-associated region  29.42 
 
 
562 aa  165  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3891  permease, urea carboxylase system  31.36 
 
 
519 aa  164  5.0000000000000005e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.920286  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4517  amino acid permease-associated region  28.18 
 
 
502 aa  162  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.844231  normal  0.657499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0796  amino acid permease family protein  29.63 
 
 
521 aa  153  5.9999999999999996e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2753  amino acid transporter  28.09 
 
 
510 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4043  amino acid permease-associated region  28.18 
 
 
510 aa  151  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.844499 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3296  hypothetical protein  28.97 
 
 
519 aa  148  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.171098 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3364  amino acid permease-associated region  28.03 
 
 
510 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5201  amino acid permease-associated region  28.38 
 
 
530 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165021  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1853  amino acid permease-associated region  26.53 
 
 
528 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.133441  normal  0.907353 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1845  amino acid permease-associated region  27.33 
 
 
522 aa  142  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.689083  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2589  amino acid permease-associated region  27.27 
 
 
527 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.729584  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5923  amino acid permease-associated region  27.02 
 
 
514 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.123062 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7231  amino acid permease-associated region  25.32 
 
 
514 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331409  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2277  amino acid permease-associated region  27.06 
 
 
522 aa  134  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.308026 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7845  Amino acid transporter-like protein  28.04 
 
 
527 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.162631  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2651  amino acid permease-associated region  27.13 
 
 
496 aa  127  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08990  GABA transporter, putative (Eurofung)  27.38 
 
 
542 aa  125  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00206587  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3928  amino acid permease-associated region  25.87 
 
 
492 aa  123  8e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.183878  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3537  amino acid permease-associated region  25.59 
 
 
499 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.433323 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3605  amino acid permease-associated region  25.35 
 
 
539 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.51831  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3532  amino acid permease-associated region  25.35 
 
 
499 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.36606  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2391  amino acid permease-associated region  24.01 
 
 
516 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06000  GabA permease, putative  25.06 
 
 
547 aa  113  8.000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.423661  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2131  amino acid permease-associated region  23.29 
 
 
515 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.702859 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2894  amino acid permease-associated region  22.76 
 
 
543 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07150  GABA transporter, putative (Eurofung)  24.14 
 
 
532 aa  103  6e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41725  predicted protein  25.74 
 
 
571 aa  102  1e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.817066  hitchhiker  0.00692909 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1487  amino acid transporter  25.18 
 
 
452 aa  103  1e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.838437  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52700  GABA/polyamine transporter  27.27 
 
 
538 aa  101  4e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0113876 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01061  GABA transporter (Eurofung)  21.66 
 
 
530 aa  100  7e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0276029  normal  0.0879466 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05968  amino acid transporter (Eurofung)  26.18 
 
 
570 aa  100  8e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.292579 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06480  hypothetical protein  25.49 
 
 
526 aa  100  8e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.559132  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03347  GABA transporter, putative (Eurofung)  24.58 
 
 
527 aa  99  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.315191  normal 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05010  GabA permease, putative  22.89 
 
 
518 aa  99  2e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03345  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.4 
 
 
532 aa  97.8  4e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.505774  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  24.53 
 
 
461 aa  96.7  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07392  choline transporter, putative (Eurofung)  24.6 
 
 
495 aa  94.7  3e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  23.99 
 
 
461 aa  95.1  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  24.57 
 
 
465 aa  94.7  3e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2634  amino acid permease-associated region  22.84 
 
 
520 aa  94  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0482773  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  23.75 
 
 
461 aa  93.6  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2946  Amino acid permease protein  22.73 
 
 
523 aa  94  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  23.75 
 
 
461 aa  93.6  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  23.75 
 
 
461 aa  93.6  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  23.75 
 
 
461 aa  93.6  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  23.75 
 
 
461 aa  93.6  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  23.75 
 
 
461 aa  93.6  8e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  23.64 
 
 
461 aa  92.8  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  23.39 
 
 
450 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  23.6 
 
 
456 aa  91.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  24.16 
 
 
456 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  25.18 
 
 
486 aa  90.5  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  24.42 
 
 
456 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  23.61 
 
 
450 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  23.61 
 
 
450 aa  89  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  24.75 
 
 
449 aa  88.2  3e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1196  amino acid permease-associated region  24.81 
 
 
455 aa  87.4  6e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  27.66 
 
 
449 aa  87  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  22.65 
 
 
450 aa  87  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  24.46 
 
 
455 aa  86.7  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  24.4 
 
 
456 aa  86.3  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_16647  predicted protein  20.76 
 
 
537 aa  86.3  0.000000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0247353  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41155  predicted protein  23.61 
 
 
539 aa  86.3  0.000000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.745721  normal  0.0472974 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2802  amino acid permease family protein  24.35 
 
 
443 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05275  choline transporter, putative (Eurofung)  25.6 
 
 
516 aa  84  0.000000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  27 
 
 
449 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  23.56 
 
 
453 aa  83.6  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  24.16 
 
 
459 aa  82.8  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  23.4 
 
 
466 aa  82  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0737  amino acid permease-associated region  25.42 
 
 
506 aa  82.4  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000351708  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03081  amino acid transporter (Eurofung)  21.81 
 
 
502 aa  81.6  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.276198  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  24.15 
 
 
468 aa  81.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1394  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 
443 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08726  GABA transporter (Eurofung)  22.27 
 
 
514 aa  80.9  0.00000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.538203 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>