More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2946 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2946  Amino acid permease protein  100 
 
 		 523 aa  1037    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2634  amino acid permease-associated region  69.01 
 
 		 520 aa  688    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0482773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2894  amino acid permease-associated region  70.55 
 
 		 543 aa  716    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2131  amino acid permease-associated region  71.37 
 
 		 515 aa  738    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.702859 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2753  amino acid transporter  47.77 
 
 		 510 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3364  amino acid permease-associated region  47.1 
 
 		 510 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5201  amino acid permease-associated region  47.1 
 
 		 530 aa  432  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.165021  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2391  amino acid permease-associated region  48.03 
 
 		 516 aa  412  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.407177  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1845  amino acid permease-associated region  46.08 
 
 		 522 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.689083  normal  0.664447 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3296  hypothetical protein  33.9 
 
 		 519 aa  244  3e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.171098 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0796  amino acid permease family protein  35.12 
 
 		 521 aa  235  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1853  amino acid permease-associated region  34.27 
 
 		 528 aa  225  2e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.133441  normal  0.907353 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2589  amino acid permease-associated region  36.52 
 
 		 527 aa  209  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.729584  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2277  amino acid permease-associated region  33.97 
 
 		 522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.308026 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7231  amino acid permease-associated region  30.9 
 
 		 514 aa  177  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.331409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5923  amino acid permease-associated region  33.93 
 
 		 514 aa  165  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.123062 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3666  amino acid permease-associated region  27.11 
 
 		 503 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3084  amino acid permease-associated region  24.06 
 
 		 506 aa  130  6e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.150726  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06480  hypothetical protein  26.31 
 
 		 526 aa  129  9.000000000000001e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.559132  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1591  permease, urea carboxylase system  28.2 
 
 		 513 aa  128  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.457317  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2508  amino acid permease-associated region  24.21 
 
 		 521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.522988 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2463  amino acid permease-associated region  24.21 
 
 		 521 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143129  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2500  amino acid permease-associated region  24.01 
 
 		 521 aa  127  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0303184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4043  amino acid permease-associated region  30 
 
 		 510 aa  127  6e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.844499 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05968  amino acid transporter (Eurofung)  25.24 
 
 		 570 aa  126  9e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.292579 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01061  GABA transporter (Eurofung)  26.74 
 
 		 530 aa  126  9e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0276029  normal  0.0879466 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2000  amino acid permease-associated region  25.77 
 
 		 547 aa  126  9e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0734041  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08990  GABA transporter, putative (Eurofung)  25.24 
 
 		 542 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00206587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1845  amino acid permease-associated region  24.83 
 
 		 505 aa  118  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.19393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_16647  predicted protein  25.73 
 
 		 537 aa  117  6.9999999999999995e-25  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0247353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0901  amino acid permease-associated region  27.4 
 
 		 531 aa  116  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3725  amino acid permease-associated region  29.63 
 
 		 549 aa  116  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.747367  normal  0.414333 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3688  amino acid permease-associated region  27.75 
 
 		 538 aa  115  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05010  GabA permease, putative  25.48 
 
 		 518 aa  113  7.000000000000001e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39042  GABA-specific high-affinity permease  26.94 
 
 		 570 aa  112  2.0000000000000002e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.108543 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_52700  GABA/polyamine transporter  26.23 
 
 		 538 aa  110  8.000000000000001e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0113876 
 
 
-
 
NC_006687  CNE01030  choline transporter, putative  26.26 
 
 		 576 aa  105  2e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3891  permease, urea carboxylase system  27.25 
 
 		 519 aa  103  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.920286  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1043  amino acid permease-associated region  23.87 
 
 		 494 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.490599 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2292  amino acid permease-associated region  27.9 
 
 		 486 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2300  amino acid permease-associated region  27.9 
 
 		 486 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.83831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2253  amino acid permease-associated region  27.9 
 
 		 486 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.217736  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07150  GABA transporter, putative (Eurofung)  25.92 
 
 		 532 aa  99.4  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08726  GABA transporter (Eurofung)  24.31 
 
 		 514 aa  98.6  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.538203 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41725  predicted protein  24.63 
 
 		 571 aa  99  2e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.817066  hitchhiker  0.00692909 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02962  GABA permease [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9Y860]  23.57 
 
 		 520 aa  96.3  1e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.533637  normal  0.42744 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10905  GABA permease (Uga4), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03370)  26.83 
 
 		 544 aa  95.1  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3724  amino acid permease-associated region  27.08 
 
 		 562 aa  95.1  3e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3537  amino acid permease-associated region  27.75 
 
 		 499 aa  93.6  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.433323 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2651  amino acid permease-associated region  26.22 
 
 		 496 aa  92  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64090  predicted protein  24.86 
 
 		 547 aa  90.5  7e-17  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.111826  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05590  amino acid/metabolite permease, putative  24.44 
 
 		 764 aa  90.1  9e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3605  amino acid permease-associated region  27.49 
 
 		 539 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.51831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3532  amino acid permease-associated region  27.49 
 
 		 499 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.36606  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03345  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.6 
 
 		 532 aa  85.5  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.505774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0043  amino acid permease-associated region  26.32 
 
 		 483 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.979083  normal  0.243492 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06000  GabA permease, putative  23.64 
 
 		 547 aa  84.7  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.423661  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3846  amino acid permease-associated region  26.5 
 
 		 497 aa  85.1  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10972  choline transport protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G15150)  26.55 
 
 		 516 aa  83.6  0.000000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.815116 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04124  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.89 
 
 		 442 aa  83.6  0.000000000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.475155 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07392  choline transporter, putative (Eurofung)  24.61 
 
 		 495 aa  82.8  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0800  amino acid permease-associated region  26.25 
 
 		 483 aa  81.3  0.00000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.55518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5375  amino acid permease-associated region  25.93 
 
 		 483 aa  81.3  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5286  amino acid permease-associated region  25.93 
 
 		 483 aa  81.3  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4517  amino acid permease-associated region  23.05 
 
 		 502 aa  80.5  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.844231  normal  0.657499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7845  Amino acid transporter-like protein  25.07 
 
 		 527 aa  80.1  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.162631  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1734  amino acid permease-associated region  24.45 
 
 		 506 aa  79  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3379  amino acid permease-associated region  23.87 
 
 		 505 aa  79  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.367289  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02287  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.93 
 
 		 553 aa  78.6  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1840  amino acid transporter  23.82 
 
 		 466 aa  78.6  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02043  GABA transporter, putative (Eurofung)  23.36 
 
 		 507 aa  77.4  0.0000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5665  amino acid permease-associated region  26.17 
 
 		 487 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.562505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49570  amino acid permease  27.85 
 
 		 496 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.87664  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05275  choline transporter, putative (Eurofung)  22.55 
 
 		 516 aa  76.6  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1827  amino acid transporter  25.53 
 
 		 480 aa  76.3  0.000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1150  amino acid permease-associated region  23.46 
 
 		 476 aa  75.5  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000287534  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03304  GABA transporter, putative (Eurofung)  29.7 
 
 		 517 aa  75.1  0.000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.215456  normal  0.500661 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2679  amino acid permease-associated region  23.87 
 
 		 482 aa  74.7  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2625  amino acid permease-associated region  23.87 
 
 		 482 aa  74.7  0.000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0475967  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0207  amino acid permease-associated region  29.14 
 
 		 469 aa  73.9  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_41155  predicted protein  24.42 
 
 		 539 aa  73.6  0.000000000008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.745721  normal  0.0472974 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1760  amino acid permease-associated region  25.53 
 
 		 480 aa  73.6  0.000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0543  amino acid permease-associated region  26.87 
 
 		 456 aa  72.4  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00639269  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1808  amino acid transporter  24.04 
 
 		 465 aa  72.8  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000076298  hitchhiker  0.0000000000409798 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2158  amino acid permease family protein  22.62 
 
 		 483 aa  71.6  0.00000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2526  amino acid permease-associated region  23.32 
 
 		 545 aa  71.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000127161  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2477  amino acid permease-associated region  23.32 
 
 		 545 aa  71.6  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000817564  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0431  amino acid transporter  23.81 
 
 		 517 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0271358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3641  amino acid permease-associated region  24.27 
 
 		 513 aa  70.5  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3928  amino acid permease-associated region  32.86 
 
 		 492 aa  70.5  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.183878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0435  amino acid permease-associated region  23.56 
 
 		 532 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0857728  normal  0.529934 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3527  amino acid permease-associated region  22.63 
 
 		 555 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238018  normal  0.261752 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00856  choline transporter (Eurofung)  21.9 
 
 		 518 aa  68.9  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.15169  normal  0.238191 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0097  amino acid transporter  23.21 
 
 		 465 aa  68.9  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000513472  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1168  amino acid transporter  28.12 
 
 		 478 aa  68.9  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0306264  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1487  amino acid transporter  25.31 
 
 		 452 aa  68.9  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.838437  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03347  GABA transporter, putative (Eurofung)  24.25 
 
 		 527 aa  68.6  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.315191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2034  amino acid permease family protein  22.91 
 
 		 559 aa  68.2  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.000000000879129  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  25.27 
 
 		 489 aa  68.6  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0499  amino acid permease  24.7 
 
 		 533 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>