138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7362 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  100 
 
 		 326 aa  674    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  67.01 
 
 		 296 aa  410  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  51.39 
 
 		 323 aa  339  4e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.6 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  36.99 
 
 		 709 aa  209  6e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  38.14 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.35 
 
 		 332 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19520  xylose isomerase  30 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  30.31 
 
 		 354 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.26 
 
 		 368 aa  101  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  28.69 
 
 		 371 aa  93.6  4e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  26.02 
 
 		 382 aa  82.8  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  22.61 
 
 		 380 aa  82  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  29.79 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  27.88 
 
 		 389 aa  79.3  0.00000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  28.21 
 
 		 396 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  27.91 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  26.17 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  27.23 
 
 		 387 aa  76.3  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  27.54 
 
 		 389 aa  75.9  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  27.24 
 
 		 392 aa  75.5  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  26.94 
 
 		 398 aa  75.5  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2375  xylose isomerase  26.02 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  25.46 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  25.93 
 
 		 381 aa  73.2  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1762  xylose isomerase  29.38 
 
 		 386 aa  72.4  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1603  xylose isomerase  24.68 
 
 		 385 aa  71.2  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  27.39 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  26.92 
 
 		 382 aa  71.2  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  29.73 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  27.2 
 
 		 427 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  26.29 
 
 		 390 aa  70.5  0.00000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  26.03 
 
 		 385 aa  70.1  0.00000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  27.98 
 
 		 388 aa  69.3  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  30.05 
 
 		 409 aa  68.9  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  27.8 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  28.99 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  26.32 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  29.53 
 
 		 408 aa  67  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.27 
 
 		 424 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  26.72 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  26.01 
 
 		 395 aa  66.2  0.0000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  24.35 
 
 		 384 aa  66.2  0.0000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1795  xylose isomerase  26.19 
 
 		 379 aa  66.2  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000406384  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  25.89 
 
 		 405 aa  65.5  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  26.34 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  26.51 
 
 		 430 aa  64.7  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  27.38 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3254  xylose isomerase  26.41 
 
 		 390 aa  64.3  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.150364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  26.22 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  27.13 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.98 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  27.98 
 
 		 396 aa  63.5  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3307  xylose isomerase  25.65 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0151761 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0903  xylose isomerase  25.37 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.122683 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  25.62 
 
 		 395 aa  62.8  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 		 424 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  27.78 
 
 		 396 aa  62  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  24.21 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  26.39 
 
 		 396 aa  61.2  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  26.52 
 
 		 395 aa  61.2  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  25.7 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.64 
 
 		 424 aa  60.8  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  23.56 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  26.06 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  26.06 
 
 		 382 aa  59.7  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0181  xylose isomerase  28.12 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  26.06 
 
 		 382 aa  59.3  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  28.74 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  25.69 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  26.26 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4665  xylose isomerase  25.76 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.025606  normal  0.682712 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  26.9 
 
 		 396 aa  55.8  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  23.76 
 
 		 429 aa  54.7  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  24.07 
 
 		 430 aa  54.3  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  24.43 
 
 		 429 aa  53.1  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  25.15 
 
 		 435 aa  52  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  31.73 
 
 		 257 aa  52  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  27.05 
 
 		 388 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  22.27 
 
 		 430 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  28.36 
 
 		 394 aa  50.8  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  35.24 
 
 		 253 aa  50.4  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  24.56 
 
 		 435 aa  49.7  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  28.05 
 
 		 255 aa  49.7  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  22.32 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  26.34 
 
 		 388 aa  48.9  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  24.84 
 
 		 430 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  25.57 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  27.5 
 
 		 445 aa  47  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  25.32 
 
 		 436 aa  47.4  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47.4  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  27.78 
 
 		 440 aa  47  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  27.78 
 
 		 440 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>