More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5515 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5515  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 633 aa  1296    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0171495  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1677  extracellular solute-binding protein  39.51 
 
 		 655 aa  437  1e-121  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224475  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1687  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 		 664 aa  436  1e-121  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.789812  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0293  extracellular solute-binding protein family 5  39.55 
 
 		 640 aa  432  1e-120  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.835457  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1703  extracellular solute-binding protein family 5  39.71 
 
 		 638 aa  432  1e-119  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0510  extracellular solute-binding protein  38.64 
 
 		 655 aa  413  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00108617  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0868  extracellular solute-binding protein  36.38 
 
 		 657 aa  378  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0890  extracellular solute-binding protein  36.18 
 
 		 657 aa  375  1e-102  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0622  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 658 aa  366  1e-100  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.16709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0608  extracellular solute-binding protein  36.66 
 
 		 658 aa  366  1e-100  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0360846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0500  extracellular solute-binding protein  35.39 
 
 		 643 aa  365  1e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.464453  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5447  extracellular solute-binding protein family 5  33.44 
 
 		 645 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390622 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5178  extracellular solute-binding protein family 5  33.38 
 
 		 645 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758105  normal  0.361664 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2454  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 682 aa  322  9.999999999999999e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39331 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5555  extracellular solute-binding protein  33.7 
 
 		 642 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.140103  normal  0.0740019 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4483  twin-arginine translocation pathway signal  33.54 
 
 		 686 aa  301  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4593  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 		 633 aa  287  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.996188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7228  extracellular solute-binding protein family 5  33.5 
 
 		 664 aa  286  7e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0309461  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5255  extracellular solute-binding protein family 5  30.41 
 
 		 651 aa  284  4.0000000000000003e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.313455  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3373  extracellular solute-binding protein family 5  31.63 
 
 		 641 aa  277  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0279191  normal  0.223354 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7124  extracellular solute-binding protein family 5  30.71 
 
 		 635 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104115  normal  0.2013 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5971  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 		 635 aa  271  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.989436  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6476  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 		 643 aa  267  5e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.864629 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3931  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.11 
 
 		 626 aa  265  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5700  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.79 
 
 		 638 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0714934  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3683  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 		 639 aa  252  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.378617  normal  0.495229 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0595  extracellular solute-binding protein family 5  30.58 
 
 		 645 aa  238  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14300  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.84 
 
 		 671 aa  236  7e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.860083 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1805  extracellular solute-binding protein family 5  31.12 
 
 		 659 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1530  extracellular solute-binding protein family 5  31.78 
 
 		 656 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3160  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  27.43 
 
 		 679 aa  228  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0309  extracellular solute-binding protein family 5  32.68 
 
 		 765 aa  227  4e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2113  extracellular solute-binding protein family 5  34.91 
 
 		 729 aa  227  6e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1927  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 735 aa  226  1e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3050  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 		 757 aa  225  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0190244  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2110  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 		 735 aa  223  6e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2808  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 727 aa  207  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2424  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 		 728 aa  204  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.935396 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2830  extracellular solute-binding protein  30.07 
 
 		 655 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108136  normal  0.289716 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2595  extracellular solute-binding protein family 5  29.04 
 
 		 589 aa  159  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.118312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  26.16 
 
 		 580 aa  157  6e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1660  extracellular solute-binding protein family 5  28.22 
 
 		 589 aa  153  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.299882  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4140  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 693 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0860796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5120  ABC transporter substrate binding protein (alpha-galactoside)  25.41 
 
 		 695 aa  138  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0244807  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6877  extracellular solute-binding protein family 5  25.64 
 
 		 695 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0668794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4719  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 591 aa  132  2.0000000000000002e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.42042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0359  extracellular solute-binding protein family 5  28.39 
 
 		 607 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2592  extracellular solute-binding protein family 5  25.56 
 
 		 573 aa  129  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0366  extracellular solute-binding protein family 5  28.13 
 
 		 607 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1810  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 595 aa  124  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1386  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 		 578 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.37673  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5907  extracellular solute-binding protein family 5  24.52 
 
 		 696 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2510  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 		 584 aa  118  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.543923  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1649  extracellular solute-binding protein family 5  27.55 
 
 		 584 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1326  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 587 aa  117  6.9999999999999995e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000186412  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1832  extracellular solute-binding protein family 5  26.08 
 
 		 587 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.315611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1564  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 		 578 aa  116  1.0000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.00697686  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1172  family 1 extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 		 594 aa  116  1.0000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1663  extracellular solute-binding protein family 5  23.99 
 
 		 578 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0397427  normal  0.183706 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0390  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 		 579 aa  114  5e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0406  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 579 aa  114  7.000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1169  oligopeptide-binding protein of oligopeptide ABC transporter  25.8 
 
 		 587 aa  110  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1344  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 638 aa  100  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.439366 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1143  extracellular solute-binding protein family 5  22.65 
 
 		 577 aa  97.1  9e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0057674  normal  0.283725 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  25.35 
 
 		 580 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  25.35 
 
 		 580 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  26.02 
 
 		 557 aa  96.7  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 551 aa  95.9  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1182  extracellular solute-binding protein family 5  26.09 
 
 		 581 aa  93.2  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  24.7 
 
 		 531 aa  93.6  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 		 581 aa  92  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2731  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 		 622 aa  90.5  8e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 544 aa  90.5  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2397  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 597 aa  90.1  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  24.02 
 
 		 554 aa  89.7  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 586 aa  89.4  2e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1367  extracellular solute-binding protein family 5  22.28 
 
 		 577 aa  88.6  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0090511  hitchhiker  0.000580883 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  23.4 
 
 		 627 aa  87.8  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1398  extracellular solute-binding protein family 5  23.04 
 
 		 562 aa  87  9e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal  0.969327 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  27.23 
 
 		 533 aa  86.7  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  25.98 
 
 		 530 aa  85.1  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 549 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  25.66 
 
 		 554 aa  85.1  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  21.97 
 
 		 536 aa  84.3  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  26.18 
 
 		 545 aa  83.2  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  24.94 
 
 		 605 aa  83.2  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6684  extracellular solute-binding protein family 5  24.52 
 
 		 548 aa  83.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146405  normal  0.692475 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 588 aa  83.2  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5668  extracellular solute-binding protein family 5  23.53 
 
 		 557 aa  82.4  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6358  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 519 aa  82  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  22.25 
 
 		 538 aa  82  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 593 aa  81.3  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  27.3 
 
 		 571 aa  80.9  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  25.06 
 
 		 540 aa  80.5  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 531 aa  80.5  0.00000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  25.06 
 
 		 619 aa  80.5  0.00000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  24.26 
 
 		 533 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1615  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  23.34 
 
 		 587 aa  79.7  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  23.52 
 
 		 539 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  25.52 
 
 		 559 aa  80.1  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>