More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4174 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  73.73 
 
 		 541 aa  781    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  96.33 
 
 		 545 aa  1046    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  71.03 
 
 		 543 aa  784    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 545 aa  1110    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  84.16 
 
 		 547 aa  935    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  69.66 
 
 		 554 aa  770    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  74.85 
 
 		 557 aa  810    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  85.93 
 
 		 547 aa  902    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  60.43 
 
 		 562 aa  670    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  49.63 
 
 		 550 aa  494  9.999999999999999e-139  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  49.03 
 
 		 550 aa  479  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  35.2 
 
 		 562 aa  261  2e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  34.85 
 
 		 550 aa  261  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  33.64 
 
 		 551 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  34.77 
 
 		 535 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 554 aa  255  1.0000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.71 
 
 		 542 aa  252  1e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  32.67 
 
 		 547 aa  239  8e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  35.19 
 
 		 532 aa  238  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  32.58 
 
 		 554 aa  224  4e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  33.21 
 
 		 558 aa  220  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  30.85 
 
 		 553 aa  213  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 556 aa  211  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  32.01 
 
 		 557 aa  207  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  32.09 
 
 		 537 aa  206  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  32.32 
 
 		 587 aa  206  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  29.2 
 
 		 546 aa  204  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  31 
 
 		 555 aa  205  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  31.38 
 
 		 537 aa  200  6e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  30.73 
 
 		 542 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  31.24 
 
 		 542 aa  195  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  28.6 
 
 		 511 aa  194  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  29.87 
 
 		 541 aa  193  9e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 543 aa  190  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  29.61 
 
 		 560 aa  190  5e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.53 
 
 		 539 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  29.59 
 
 		 560 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  29.37 
 
 		 535 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  29.23 
 
 		 546 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 546 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  29.23 
 
 		 546 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  27.5 
 
 		 544 aa  168  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  27.79 
 
 		 551 aa  165  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.62 
 
 		 550 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 551 aa  153  5.9999999999999996e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 601 aa  151  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.77 
 
 		 534 aa  144  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  27.97 
 
 		 564 aa  142  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.8 
 
 		 535 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.26 
 
 		 524 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  24.61 
 
 		 527 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  25.78 
 
 		 530 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.85 
 
 		 538 aa  126  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  26.85 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.85 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.77 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.57 
 
 		 512 aa  124  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.57 
 
 		 512 aa  124  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.57 
 
 		 512 aa  123  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 512 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.47 
 
 		 524 aa  123  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  26.57 
 
 		 512 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 531 aa  122  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.57 
 
 		 493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.57 
 
 		 512 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  29.64 
 
 		 547 aa  121  3e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  25.87 
 
 		 631 aa  120  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.2 
 
 		 529 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  29.16 
 
 		 553 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  29.36 
 
 		 544 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.46 
 
 		 511 aa  119  1.9999999999999998e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  26.04 
 
 		 513 aa  118  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.31 
 
 		 541 aa  118  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  26.79 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  26.46 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  24.22 
 
 		 524 aa  117  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 		 544 aa  117  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 520 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.79 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.79 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.79 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  26.53 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  25.6 
 
 		 515 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.98 
 
 		 538 aa  115  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 530 aa  115  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  27.29 
 
 		 527 aa  115  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.28 
 
 		 524 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.26 
 
 		 531 aa  114  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 519 aa  114  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4405  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 532 aa  114  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  26.76 
 
 		 520 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 512 aa  113  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 		 518 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 529 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.1 
 
 		 520 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.51 
 
 		 520 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3130  extracellular solute-binding protein family 5  26.03 
 
 		 520 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.777715  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>