More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0428 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  95.34 
 
 		 537 aa  1049    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 537 aa  1091    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  78.14 
 
 		 542 aa  861    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  75.85 
 
 		 541 aa  847    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 		 546 aa  356  6.999999999999999e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 		 555 aa  336  7e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  38.86 
 
 		 511 aa  334  2e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  35.51 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  35.89 
 
 		 551 aa  311  2e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  37 
 
 		 560 aa  310  4e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.48 
 
 		 550 aa  293  4e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 		 546 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  35.65 
 
 		 546 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  35.65 
 
 		 546 aa  290  6e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  31.81 
 
 		 553 aa  257  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 532 aa  254  3e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 535 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  31.38 
 
 		 560 aa  249  6e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  33.27 
 
 		 544 aa  243  7e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 542 aa  242  1e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  31.75 
 
 		 558 aa  235  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 557 aa  229  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.25 
 
 		 562 aa  227  4e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  31.5 
 
 		 551 aa  226  6e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  30.73 
 
 		 542 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 587 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  31.29 
 
 		 543 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.24 
 
 		 539 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 556 aa  218  2.9999999999999998e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  31.64 
 
 		 554 aa  205  2e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  30.51 
 
 		 547 aa  203  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  32.34 
 
 		 545 aa  203  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  31.64 
 
 		 545 aa  201  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.29 
 
 		 543 aa  193  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.12 
 
 		 550 aa  185  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  30.28 
 
 		 547 aa  182  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.21 
 
 		 521 aa  181  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.21 
 
 		 521 aa  180  7e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.21 
 
 		 521 aa  180  7e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.21 
 
 		 521 aa  180  7e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 521 aa  180  7e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.74 
 
 		 516 aa  178  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 557 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.32 
 
 		 541 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 562 aa  176  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  29.62 
 
 		 526 aa  174  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.62 
 
 		 526 aa  174  3.9999999999999995e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  29.78 
 
 		 519 aa  174  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 564 aa  174  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 541 aa  173  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  28.11 
 
 		 554 aa  172  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.93 
 
 		 495 aa  168  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  29.45 
 
 		 550 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  33.25 
 
 		 544 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  29.57 
 
 		 551 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 601 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  27.4 
 
 		 517 aa  166  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  29.44 
 
 		 544 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 		 547 aa  164  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  27.29 
 
 		 532 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.08 
 
 		 524 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  28.6 
 
 		 517 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.71 
 
 		 513 aa  163  7e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000477414  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  28.28 
 
 		 505 aa  163  9e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  28.17 
 
 		 530 aa  162  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 490 aa  162  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  28.43 
 
 		 550 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4050  extracellular solute-binding protein family 5  26.38 
 
 		 548 aa  162  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  28.99 
 
 		 526 aa  160  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.63 
 
 		 510 aa  160  7e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.06 
 
 		 538 aa  160  8e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  30.53 
 
 		 531 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  28.77 
 
 		 554 aa  159  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1920  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 607 aa  159  1e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.689476  normal  0.0152046 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.21 
 
 		 513 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  31.23 
 
 		 547 aa  157  3e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 		 532 aa  157  4e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  31.35 
 
 		 535 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  31.36 
 
 		 544 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 501 aa  157  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  31.23 
 
 		 544 aa  156  8e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 		 510 aa  155  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0365  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.56 
 
 		 521 aa  156  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 		 510 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  27.82 
 
 		 518 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.26 
 
 		 524 aa  154  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.22 
 
 		 525 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  29.03 
 
 		 503 aa  153  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  28.23 
 
 		 513 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 		 516 aa  151  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.7 
 
 		 520 aa  150  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.46 
 
 		 534 aa  150  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.08 
 
 		 540 aa  150  6e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  26.71 
 
 		 513 aa  150  7e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  26.31 
 
 		 513 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.32 
 
 		 502 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 559 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.88 
 
 		 520 aa  148  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 511 aa  148  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 534 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>