More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2659 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 535 aa  1077    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  46.99 
 
 		 558 aa  481  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  50.4 
 
 		 532 aa  469  1.0000000000000001e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  48.67 
 
 		 562 aa  436  1e-121  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  41.83 
 
 		 542 aa  335  9e-91  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  36.98 
 
 		 543 aa  327  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  36.86 
 
 		 542 aa  325  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 		 587 aa  319  7.999999999999999e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  35.82 
 
 		 557 aa  306  6e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  36.5 
 
 		 539 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  39.05 
 
 		 554 aa  290  5.0000000000000004e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  36.12 
 
 		 542 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  34.94 
 
 		 541 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  34.01 
 
 		 547 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  34.43 
 
 		 562 aa  262  1e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  34.71 
 
 		 545 aa  258  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  34.36 
 
 		 547 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  33.2 
 
 		 537 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  34.85 
 
 		 541 aa  253  7e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  33.64 
 
 		 554 aa  252  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  32.41 
 
 		 537 aa  252  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  34.32 
 
 		 557 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  35.1 
 
 		 511 aa  251  3e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 		 546 aa  250  5e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  33.68 
 
 		 545 aa  244  3e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.11 
 
 		 543 aa  242  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 		 555 aa  229  7e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.53 
 
 		 550 aa  224  3e-57  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  31.92 
 
 		 556 aa  222  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  32.76 
 
 		 550 aa  218  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  32.7 
 
 		 551 aa  211  2e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  31.62 
 
 		 535 aa  211  4e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  32.25 
 
 		 560 aa  206  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  30.64 
 
 		 554 aa  201  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  30.19 
 
 		 560 aa  199  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  29.73 
 
 		 547 aa  196  7e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  30.04 
 
 		 546 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  30.21 
 
 		 550 aa  190  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.85 
 
 		 550 aa  189  7e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 546 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 546 aa  189  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  33.33 
 
 		 553 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  29.33 
 
 		 551 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  28.76 
 
 		 551 aa  175  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 517 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 517 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  29.76 
 
 		 544 aa  150  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.4 
 
 		 524 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.69 
 
 		 519 aa  145  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  30.81 
 
 		 526 aa  144  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.81 
 
 		 526 aa  144  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.82 
 
 		 510 aa  142  9.999999999999999e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  24.9 
 
 		 565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 564 aa  141  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.32 
 
 		 524 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.06 
 
 		 534 aa  140  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 490 aa  140  7e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 		 513 aa  140  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.19 
 
 		 541 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  24.67 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.54 
 
 		 535 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  25.66 
 
 		 513 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  26.9 
 
 		 530 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  26.92 
 
 		 509 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  26.36 
 
 		 544 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  27.7 
 
 		 525 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 525 aa  135  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  27.08 
 
 		 502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3427  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 		 526 aa  133  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.24 
 
 		 524 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 519 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.6 
 
 		 503 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  22.89 
 
 		 521 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 500 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  23.71 
 
 		 527 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  25.83 
 
 		 513 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 		 518 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  22.89 
 
 		 521 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.89 
 
 		 521 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  22.89 
 
 		 521 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 		 521 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 503 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  25.77 
 
 		 544 aa  128  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1615  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 541 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577375  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 520 aa  126  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70200  putative binding protein component of ABC dipeptide transporter  27.88 
 
 		 526 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2065  extracellular solute-binding protein family 5  26.72 
 
 		 543 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2739  extracellular solute-binding protein family 5  26.97 
 
 		 541 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.941667  normal  0.188577 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1638  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 525 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.547791 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1500  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 541 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1604  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 525 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 522 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  24.95 
 
 		 526 aa  124  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  26.32 
 
 		 544 aa  124  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000591223  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 		 506 aa  122  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0836  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  25.2 
 
 		 520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.385717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 520 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 510 aa  122  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  24.51 
 
 		 512 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 		 396 aa  121  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.302095 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>