More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2173 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 544 aa  1112    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  42.67 
 
 		 553 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  38.34 
 
 		 601 aa  336  7.999999999999999e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.96 
 
 		 550 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  33.27 
 
 		 537 aa  243  7e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  32.84 
 
 		 542 aa  240  5e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  33.27 
 
 		 537 aa  236  7e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  32.97 
 
 		 541 aa  236  7e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  34.03 
 
 		 551 aa  229  9e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  32.97 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 560 aa  223  4.9999999999999996e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  31.81 
 
 		 546 aa  215  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  34.92 
 
 		 535 aa  209  1e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  31.73 
 
 		 560 aa  206  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 		 564 aa  196  7e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 		 511 aa  191  4e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.77 
 
 		 562 aa  182  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 546 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 546 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  29.8 
 
 		 546 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  28.96 
 
 		 532 aa  177  6e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  31.82 
 
 		 551 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  31.2 
 
 		 550 aa  169  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  31.08 
 
 		 554 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  28.13 
 
 		 557 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 534 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  28.68 
 
 		 541 aa  163  6e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.89 
 
 		 542 aa  163  6e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 547 aa  163  6e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  28.14 
 
 		 554 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.92 
 
 		 535 aa  161  3e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  31.63 
 
 		 510 aa  160  6e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  26.81 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  27 
 
 		 545 aa  159  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  27.11 
 
 		 547 aa  157  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4050  extracellular solute-binding protein family 5  26.53 
 
 		 548 aa  156  7e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.63 
 
 		 543 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.82 
 
 		 516 aa  150  5e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.28 
 
 		 550 aa  150  6e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.91 
 
 		 520 aa  150  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.56 
 
 		 538 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  26.02 
 
 		 540 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  28.57 
 
 		 554 aa  148  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  30.92 
 
 		 551 aa  147  3e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 535 aa  147  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 535 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  28.99 
 
 		 524 aa  146  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 557 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  29.77 
 
 		 528 aa  145  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  28.27 
 
 		 527 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.75 
 
 		 524 aa  144  4e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.92 
 
 		 509 aa  144  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.17 
 
 		 542 aa  143  8e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  26.28 
 
 		 524 aa  143  8e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.86 
 
 		 539 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 519 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.73 
 
 		 512 aa  141  3e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 587 aa  141  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  27.83 
 
 		 558 aa  141  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 		 535 aa  141  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 528 aa  140  7.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  28.99 
 
 		 529 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 556 aa  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 520 aa  139  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 512 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 512 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  30.5 
 
 		 528 aa  139  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 512 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 531 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  31.39 
 
 		 532 aa  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4211  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 504 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  26.29 
 
 		 547 aa  136  9e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 		 532 aa  136  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  27.29 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.65 
 
 		 540 aa  136  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 		 522 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 503 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  29.09 
 
 		 504 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 		 509 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.35 
 
 		 503 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  29.1 
 
 		 550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  27.21 
 
 		 562 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  26.97 
 
 		 538 aa  135  3e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  25.18 
 
 		 543 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.52 
 
 		 517 aa  135  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 516 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 512 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2203  extracellular solute-binding protein family 5  29.89 
 
 		 549 aa  134  3.9999999999999996e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  27.02 
 
 		 504 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 		 509 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  30.33 
 
 		 503 aa  134  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 		 504 aa  133  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  29.53 
 
 		 526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  30.29 
 
 		 520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.83 
 
 		 512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  29.53 
 
 		 526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.83 
 
 		 512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.83 
 
 		 512 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 528 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>