More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4854 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  100 
 
 		 554 aa  1124    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  70.52 
 
 		 545 aa  756    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  73.35 
 
 		 557 aa  764    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  66.6 
 
 		 541 aa  735    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  61.33 
 
 		 562 aa  666    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  69.24 
 
 		 543 aa  766    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  69.98 
 
 		 547 aa  758    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  71.35 
 
 		 547 aa  748    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  71.1 
 
 		 545 aa  767    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  48.93 
 
 		 550 aa  480  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  48.45 
 
 		 550 aa  472  1e-132  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  33.15 
 
 		 551 aa  258  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  31.87 
 
 		 550 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  33.84 
 
 		 535 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.74 
 
 		 562 aa  250  5e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  33.39 
 
 		 547 aa  246  6e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  34.05 
 
 		 532 aa  246  6.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  32.28 
 
 		 554 aa  244  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  31.89 
 
 		 558 aa  236  7e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.46 
 
 		 542 aa  227  3e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  32.5 
 
 		 554 aa  223  4.9999999999999996e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 		 557 aa  223  4.9999999999999996e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 		 556 aa  208  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 		 546 aa  192  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  32.37 
 
 		 587 aa  192  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  31.31 
 
 		 542 aa  189  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  30.89 
 
 		 541 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  30.42 
 
 		 539 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  30.06 
 
 		 542 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  27.51 
 
 		 553 aa  182  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 		 543 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  30.67 
 
 		 511 aa  178  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  30.76 
 
 		 560 aa  176  9e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 555 aa  173  5.999999999999999e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 		 546 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 		 546 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  28.65 
 
 		 537 aa  172  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  30.57 
 
 		 546 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 537 aa  172  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  31.9 
 
 		 535 aa  172  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  28.14 
 
 		 544 aa  162  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  28.73 
 
 		 551 aa  159  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  28.21 
 
 		 560 aa  156  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  24.37 
 
 		 551 aa  144  4e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  25.92 
 
 		 527 aa  143  7e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 		 564 aa  140  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 601 aa  137  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.8 
 
 		 550 aa  136  8e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 		 544 aa  136  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  25.42 
 
 		 530 aa  134  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.63 
 
 		 524 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  24.9 
 
 		 534 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.49 
 
 		 535 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 		 513 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 530 aa  127  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  29.91 
 
 		 518 aa  125  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  25.85 
 
 		 553 aa  124  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.04 
 
 		 520 aa  124  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  30.28 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.72 
 
 		 512 aa  121  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.65 
 
 		 512 aa  121  3e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.72 
 
 		 512 aa  121  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.72 
 
 		 512 aa  121  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.65 
 
 		 493 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  28.65 
 
 		 512 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  28.65 
 
 		 512 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  28.46 
 
 		 512 aa  120  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 		 519 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  30 
 
 		 513 aa  120  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1113  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein, putative  26.93 
 
 		 520 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.322522  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1324  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 		 512 aa  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.34 
 
 		 541 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.1 
 
 		 524 aa  118  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.15 
 
 		 520 aa  118  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 544 aa  117  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.33 
 
 		 529 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 517 aa  117  6e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  28.38 
 
 		 512 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.36 
 
 		 524 aa  117  6.9999999999999995e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  24.27 
 
 		 517 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  30.75 
 
 		 524 aa  116  8.999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0975  putative dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26.18 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.124849  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0324  putative ABC transporter substrate-binding protein  26.18 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 505 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  28.12 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0402  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 521 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0238  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1853  putative binding protein YliB  26.18 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1768  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.852283  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1359  putative glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein  26.18 
 
 		 520 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.442837  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 		 520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 513 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 		 522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1965  extracellular solute-binding protein family 5  30.38 
 
 		 556 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 525 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>