More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0519 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0519  Fnr-like transcriptional activator  100 
 
 
246 aa  504  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3301  cyclic nucleotide-binding protein  35.68 
 
 
229 aa  132  6e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00259627 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3304  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.17 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010506 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6568  cyclic nucleotide-binding protein  30.84 
 
 
228 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538415  normal  0.0410288 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6767  cyclic nucleotide-binding protein  30.4 
 
 
228 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171014  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2874  cyclic nucleotide-binding protein  31.13 
 
 
228 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191735 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4711  cyclic nucleotide-binding protein  32.08 
 
 
230 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.754309  decreased coverage  0.00295307 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4566  cyclic nucleotide-binding protein  31.94 
 
 
234 aa  102  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.940335  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4195  cyclic nucleotide-binding  31.94 
 
 
234 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.164725  normal  0.773983 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
234 aa  94.4  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
236 aa  89.7  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.2 
 
 
236 aa  82  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.02 
 
 
219 aa  79.3  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  24.41 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.07 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2635  cyclic nucleotide-binding protein  27.37 
 
 
228 aa  72.4  0.000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5695  cyclic nucleotide-binding protein  31.4 
 
 
233 aa  72  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0746044  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
223 aa  71.6  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6822  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
222 aa  71.2  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  26.55 
 
 
228 aa  70.5  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4140  cyclic nucleotide-binding protein  27.88 
 
 
243 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.11 
 
 
226 aa  70.5  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0327  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
233 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.539351  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.46 
 
 
231 aa  69.3  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1972  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
233 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
227 aa  69.3  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.56 
 
 
231 aa  68.6  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.41 
 
 
236 aa  68.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.46 
 
 
226 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.87 
 
 
231 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  23 
 
 
248 aa  67.4  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
240 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.02 
 
 
243 aa  67  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.65 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.69 
 
 
251 aa  65.5  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.24 
 
 
226 aa  65.5  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.44 
 
 
224 aa  64.7  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.61 
 
 
232 aa  64.7  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.53 
 
 
225 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.92 
 
 
225 aa  64.7  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5739  cyclic nucleotide-binding protein  27.98 
 
 
235 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.172184 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  23.56 
 
 
222 aa  64.7  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0968  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.67 
 
 
233 aa  64.3  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.37 
 
 
225 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.9 
 
 
252 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  28.8 
 
 
214 aa  63.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
231 aa  63.5  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4417  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.34 
 
 
258 aa  63.2  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.48784  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.48 
 
 
231 aa  63.5  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.15 
 
 
226 aa  63.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.02 
 
 
231 aa  63.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.52 
 
 
231 aa  63.2  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.7 
 
 
239 aa  63.2  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.33 
 
 
228 aa  61.6  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.39 
 
 
243 aa  61.6  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.85 
 
 
228 aa  60.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  21.62 
 
 
226 aa  60.8  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.51 
 
 
226 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
222 aa  60.5  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1659  cyclic nucleotide-binding  23.87 
 
 
223 aa  60.5  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.834954  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  24.64 
 
 
247 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.11 
 
 
242 aa  61.2  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.22 
 
 
226 aa  60.1  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6078  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
232 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.265097  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.3 
 
 
239 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4595  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.9 
 
 
229 aa  59.7  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596625  normal  0.548543 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  22.79 
 
 
226 aa  59.3  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.3 
 
 
222 aa  59.3  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.77 
 
 
252 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.77 
 
 
227 aa  59.3  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.76 
 
 
225 aa  58.9  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 
236 aa  58.9  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3413  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.63 
 
 
249 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0981  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
246 aa  58.5  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0154476 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0857  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 
229 aa  58.9  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3141  cyclic nucleotide-binding protein  25.81 
 
 
249 aa  58.9  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0400922  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  21.05 
 
 
212 aa  58.9  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.03 
 
 
224 aa  58.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.72 
 
 
220 aa  57.8  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0465  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.27 
 
 
223 aa  57.8  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000196856  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.81 
 
 
225 aa  58.2  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.88 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.15 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  24.51 
 
 
226 aa  57.4  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0257  transcriptional regulator NnrR  23.74 
 
 
232 aa  57.4  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3679  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.83 
 
 
216 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.170413  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  23.53 
 
 
225 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  22.32 
 
 
236 aa  57.8  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1838  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.22 
 
 
225 aa  56.6  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0983527  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4828  cyclic nucleotide-binding protein  24.7 
 
 
229 aa  57  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0724019 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.3 
 
 
239 aa  57  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.06 
 
 
232 aa  57  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  22.69 
 
 
225 aa  56.6  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3066  cyclic nucleotide-binding  23.85 
 
 
240 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
249 aa  56.2  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>