110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3045 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3045  L-rhamnose isomerase  100 
 
 		 396 aa  806    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0111676  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0428  L-rhamnose isomerase  75.9 
 
 		 390 aa  592  1e-168  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6712  L-rhamnose isomerase  73.03 
 
 		 388 aa  588  1e-167  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.583299  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2382  L-rhamnose isomerase  76.55 
 
 		 392 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05810  L-rhamnose isomerase  70.87 
 
 		 391 aa  553  1e-156  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1387  L-rhamnose isomerase  69.35 
 
 		 398 aa  545  1e-154  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.568177  normal  0.0266628 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3624  L-rhamnose isomerase  69.71 
 
 		 388 aa  542  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000224876  normal  0.0801622 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4391  rhamnose isomerase related  66.4 
 
 		 382 aa  531  1e-149  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0558803  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3306  L-rhamnose isomerase  67.46 
 
 		 388 aa  531  1e-149  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.984678  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4478  L-rhamnose isomerase  66.4 
 
 		 382 aa  531  1e-149  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4772  L-rhamnose isomerase  66.4 
 
 		 382 aa  530  1e-149  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3107  L-rhamnose isomerase  66.24 
 
 		 388 aa  529  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29630  L-rhamnose isomerase  64.62 
 
 		 392 aa  523  1e-147  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0886  L-rhamnose isomerase  67.46 
 
 		 388 aa  524  1e-147  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4673  L-rhamnose isomerase  68.05 
 
 		 388 aa  520  1e-146  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.239648  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3703  L-rhamnose isomerase  63.47 
 
 		 387 aa  508  1e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.627849 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1680  rhamnose isomerase related  57.7 
 
 		 405 aa  457  1e-127  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0758424  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2455  rhamnose isomerase-related protein  57.62 
 
 		 396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2856  L-rhamnose isomerase  55.67 
 
 		 396 aa  445  1.0000000000000001e-124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2253  L-rhamnose isomerase  56.33 
 
 		 408 aa  441  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000884653  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0706  L-rhamnose isomerase  55.17 
 
 		 409 aa  413  1e-114  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.422023  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0427  L-rhamnose isomerase  50.67 
 
 		 397 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0217069  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2987  L-rhamnose isomerase  56.8 
 
 		 394 aa  389  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1673  L-rhamnose isomerase  48.4 
 
 		 382 aa  389  1e-107  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0909219  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  50.26 
 
 		 403 aa  383  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0692  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.95 
 
 		 428 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.822847  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0222  L-rhamnose catabolism isomerase  41.96 
 
 		 430 aa  315  8e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.206591 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1804  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.99 
 
 		 424 aa  315  9e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1726  xylose isomerase-like TIM barrel  44 
 
 		 429 aa  312  7.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.302713  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6263  L-rhamnose catabolism isomerase  42.67 
 
 		 430 aa  309  5.9999999999999995e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.290662  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4214  xylose isomerase domain-containing protein  40.05 
 
 		 424 aa  306  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5806  L-rhamnose catabolism isomerase  41.12 
 
 		 430 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142354  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2213  L-rhamnose catabolism isomerase  41.62 
 
 		 429 aa  303  2.0000000000000002e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.118721 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6706  L-rhamnose catabolism isomerase  40.86 
 
 		 430 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.161678 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2116  L-rhamnose catabolism isomerase  40.71 
 
 		 428 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.885684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4924  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.84 
 
 		 424 aa  295  9e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000076523  normal  0.290794 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3573  L-rhamnose catabolism isomerase  43.24 
 
 		 430 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3883  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.11 
 
 		 424 aa  293  4e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4611  xylose isomerase domain-containing protein  39.16 
 
 		 427 aa  278  9e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.28145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7362  xylose isomerase  28.21 
 
 		 326 aa  78.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.730487  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2108  xylose isomerase-like  26.49 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.546252  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0246  xylose isomerase domain-containing protein  27.57 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.483047  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0405  xylose isomerase domain-containing protein  29.22 
 
 		 298 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0401  xylose isomerase-like TIM barrel  24.26 
 
 		 354 aa  59.7  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0010085  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45308  ribokinase  27.32 
 
 		 709 aa  60.1  0.00000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.394155  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2026  xylose isomerase-like TIM barrel  23.95 
 
 		 380 aa  57  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  29.79 
 
 		 395 aa  55.5  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  29.26 
 
 		 395 aa  53.1  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  29.56 
 
 		 396 aa  51.6  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  26.2 
 
 		 440 aa  50.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0466  xylose isomerase  28.92 
 
 		 392 aa  50.8  0.00005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06190  xylose isomerase  28.43 
 
 		 393 aa  50.8  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  30.52 
 
 		 440 aa  49.7  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  25.35 
 
 		 440 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  25.81 
 
 		 440 aa  48.9  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  27.84 
 
 		 440 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3592  xylose isomerase  28.87 
 
 		 395 aa  47.4  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.239598  normal  0.862129 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1696  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.16 
 
 		 368 aa  47.8  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01690  xylose isomerase  26.57 
 
 		 397 aa  47.4  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  27.84 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  27.84 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  27.84 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  28.3 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  29.87 
 
 		 440 aa  47.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  23.96 
 
 		 441 aa  47  0.0006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2644  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.91 
 
 		 332 aa  47  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00164635  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  23.58 
 
 		 440 aa  46.6  0.0007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3973  xylose isomerase  27.84 
 
 		 395 aa  46.6  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.025652 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  27.84 
 
 		 440 aa  47  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  25.35 
 
 		 440 aa  47  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  26.6 
 
 		 436 aa  46.6  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  26.53 
 
 		 382 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  25.81 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  25.81 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  25.81 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  27.42 
 
 		 435 aa  46.2  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  25.81 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  24.88 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0708  xylose isomerase domain-containing protein  27.38 
 
 		 371 aa  45.4  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00278763  hitchhiker  0.000000000165231 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  27.1 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0272  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.64 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  27.14 
 
 		 384 aa  45.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  23.7 
 
 		 439 aa  44.3  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  25.77 
 
 		 386 aa  44.7  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  27.01 
 
 		 436 aa  45.1  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  27.27 
 
 		 434 aa  44.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  27.01 
 
 		 399 aa  44.7  0.003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>