192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1102 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009469  Acry_3496  transposase Tn3 family protein  100 
 
 
2991 bp  5929    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0968755  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3497  resolvase domain-containing protein  100 
 
 
660 bp  1308    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503079  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3568  transposase Tn3 family protein  97.29 
 
 
2991 bp  5287    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3570  resolvase domain-containing protein  97.68 
 
 
594 bp  1007    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3605  transposase Tn3 family protein  100 
 
 
2991 bp  5929    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3606  resolvase domain-containing protein  100 
 
 
660 bp  1308    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.996271 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1102    100 
 
 
6388 bp  12660    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1104  resolvase domain-containing protein  100 
 
 
660 bp  1308    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1105  transposase Tn3 family protein  100 
 
 
2991 bp  5929    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1106    100 
 
 
297 bp  589  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3495  hypothetical protein  100 
 
 
399 bp  111  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733733  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  87.5 
 
 
2490 bp  103  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  91.03 
 
 
2103 bp  99.6  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  91.03 
 
 
2103 bp  99.6  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.615666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2503  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  92.54 
 
 
2418 bp  93.7  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.080516  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  92.06 
 
 
3201 bp  85.7  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0010376 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  88.46 
 
 
2151 bp  83.8  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.53 
 
 
2295 bp  77.8  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.423173 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  89.55 
 
 
2412 bp  77.8  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05432  hypothetical protein  88.57 
 
 
2748 bp  75.8  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  88.57 
 
 
2568 bp  75.8  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  91.23 
 
 
3009 bp  73.8  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  90.16 
 
 
2334 bp  73.8  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1827  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.23 
 
 
1710 bp  73.8  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.161362  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4458  transposase Tn3 family protein  86.25 
 
 
2967 bp  71.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.386666  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4289  transposase Tn3 family protein  86.25 
 
 
2967 bp  71.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4189  transposase Tn3 family protein  86.25 
 
 
2967 bp  71.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.346248  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  82.61 
 
 
2394 bp  69.9  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26340  cyclic di-GMP signal transduction protein  89.83 
 
 
3315 bp  69.9  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.495435  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2447  signal transduction protein  89.83 
 
 
2898 bp  69.9  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.936876  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  82.11 
 
 
1878 bp  69.9  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1265  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  95.24 
 
 
2277 bp  67.9  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2189  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  93.48 
 
 
2190 bp  67.9  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  86.49 
 
 
2718 bp  67.9  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.000234438  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  87.14 
 
 
2172 bp  67.9  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  83.67 
 
 
2502 bp  67.9  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  87.14 
 
 
2883 bp  67.9  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0967779  normal  0.228544 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1496  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  95.12 
 
 
2226 bp  65.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  89.29 
 
 
585 bp  63.9  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4259  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  88.33 
 
 
2460 bp  63.9  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.784351  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  89.29 
 
 
3186 bp  63.9  0.0000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  88.33 
 
 
2319 bp  63.9  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  86.76 
 
 
2310 bp  63.9  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  86.76 
 
 
2232 bp  63.9  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  89.29 
 
 
585 bp  63.9  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1813  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  93.02 
 
 
2334 bp  61.9  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.223015  normal  0.437082 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  88.14 
 
 
2292 bp  61.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  91.49 
 
 
2373 bp  61.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2345  transposase Tn3 family protein  85.92 
 
 
2967 bp  61.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1269  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  91.3 
 
 
2118 bp  60  0.000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  94.74 
 
 
2337 bp  60  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  88.89 
 
 
2334 bp  60  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392311  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  92.86 
 
 
2277 bp  60  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0613125 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  88.89 
 
 
2154 bp  60  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  85.71 
 
 
3021 bp  60  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1552  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  84.69 
 
 
2844 bp  60  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4485  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  87.1 
 
 
2724 bp  60  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.253902  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  86.15 
 
 
2454 bp  58  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3642  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.68 
 
 
1581 bp  58  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3175  sensory box protein  91.11 
 
 
1884 bp  58  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  87.72 
 
 
594 bp  58  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4790  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  81.2 
 
 
2424 bp  58  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0583    85.51 
 
 
2481 bp  58  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00150779 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  87.72 
 
 
594 bp  58  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6343    87.72 
 
 
366 bp  58  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00153722  unclonable  0.000000047635 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00530  hypothetical protein with two C-terminal GGDEF motifs  91.11 
 
 
2160 bp  58  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.409537  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  94.59 
 
 
2697 bp  58  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  87.72 
 
 
594 bp  58  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5339  DNA-invertase  87.72 
 
 
579 bp  58  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  86.15 
 
 
2454 bp  58  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.866609 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3195  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.68 
 
 
1803 bp  58  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0259315 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0256  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
1962 bp  56  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2221  EAL/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
2361 bp  56  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1993  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  100 
 
 
3105 bp  56  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.717773  normal  0.933886 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1311  hypothetical protein  100 
 
 
2361 bp  56  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432908  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  100 
 
 
2295 bp  56  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  90.91 
 
 
3906 bp  56  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0948  EAL/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
2361 bp  56  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.239012  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  90.91 
 
 
3159 bp  56  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  92.5 
 
 
1722 bp  56  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0969202  normal  0.0933815 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0159  GGDEF domain-containing protein  83.75 
 
 
2229 bp  56  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.43432  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
2652 bp  56  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1614  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  86.67 
 
 
2316 bp  56  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0431388 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
2340 bp  56  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  85.29 
 
 
2577 bp  56  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3983  transposase Tn3 family protein  86.67 
 
 
2967 bp  56  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.948733  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0630  transposase Tn3 family protein  86.67 
 
 
2967 bp  56  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  89.58 
 
 
2436 bp  56  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  85.94 
 
 
3192 bp  56  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2540  EAL/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
2361 bp  56  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.477872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1151  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
2319 bp  56  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1160  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
2319 bp  56  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2074  EAL/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 
2361 bp  56  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.257022  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
2373 bp  56  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3968  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  100 
 
 
2664 bp  56  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.552435  normal  0.160196 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
2502 bp  56  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0632  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  100 
 
 
2898 bp  56  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0919464 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  92.5 
 
 
3012 bp  56  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5092  transposase Tn3 family protein  96.88 
 
 
2952 bp  56  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2927  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
1644 bp  56  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.88405  normal  0.302817 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>