33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6343 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007972  Rmet_6343    100 
 
 
366 bp  726    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00153722  unclonable  0.000000047635 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  100 
 
 
594 bp  656    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  100 
 
 
594 bp  656    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  100 
 
 
594 bp  656    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5339  DNA-invertase  100 
 
 
579 bp  626  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2111  Resolvase domain protein  88.92 
 
 
576 bp  349  3e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.813305  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2860  hypothetical protein  96.05 
 
 
228 bp  127  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.454672  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2997  hypothetical protein  100 
 
 
468 bp  75.8  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.520237 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3827  MobA/MobL protein  100 
 
 
705 bp  75.8  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2678  hypothetical protein  100 
 
 
468 bp  75.8  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.572298  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1204  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
405 bp  73.8  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6170    100 
 
 
783 bp  73.8  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000628127  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4597    97.3 
 
 
342 bp  65.9  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00627223  hitchhiker  0.00430609 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0585  resolvase-like protein  94.74 
 
 
570 bp  60  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.698292  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1572  hypothetical protein  97.06 
 
 
228 bp  60  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3497  resolvase domain-containing protein  87.72 
 
 
660 bp  58  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.503079  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3231  transposon Tn2501 resolvase  92.68 
 
 
576 bp  58  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1104  resolvase domain-containing protein  87.72 
 
 
660 bp  58  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0084  streptomycin phosphotransferase B  100 
 
 
783 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.707576 
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3606  resolvase domain-containing protein  87.72 
 
 
660 bp  58  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal  0.996271 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1102    87.72 
 
 
6388 bp  58  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2494  resolvase domain-containing protein  92.68 
 
 
576 bp  58  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2155  protein of unknown function DUF214  100 
 
 
1338 bp  56  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.755011  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  89.13 
 
 
585 bp  52  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  89.13 
 
 
585 bp  52  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8508    96.55 
 
 
315 bp  50.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174411  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5436  Resolvase domain  91.67 
 
 
582 bp  48.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  93.75 
 
 
558 bp  48.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2347  Resolvase domain protein  96.43 
 
 
615 bp  48.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2148  Beta-N-acetylhexosaminidase  100 
 
 
1650 bp  46.1  0.007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0482384  normal  0.117 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0139  hypothetical protein  100 
 
 
222 bp  46.1  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5535  inner-membrane translocator  100 
 
 
1086 bp  46.1  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.875545  hitchhiker  0.00000782274 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  93.55 
 
 
558 bp  46.1  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0694671 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>