99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3222 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 385 aa  780    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  70.63 
 
 		 385 aa  568  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 398 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 378 aa  153  5e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  32.3 
 
 		 411 aa  152  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3777  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 377 aa  133  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0201784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2379  transcriptional regulator, LuxR family  26.6 
 
 		 377 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207918  decreased coverage  0.00252302 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 395 aa  97.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 379 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0385  regulatory protein LuxR  26.47 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 381 aa  86.7  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 379 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  22.22 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 374 aa  83.2  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 383 aa  82.8  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  27.38 
 
 		 405 aa  79.7  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  25.19 
 
 		 373 aa  79.7  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 402 aa  79.3  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 380 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 394 aa  76.3  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  27.54 
 
 		 395 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  24.93 
 
 		 387 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  20.54 
 
 		 374 aa  73.2  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  25.64 
 
 		 377 aa  73.2  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  27.37 
 
 		 378 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 391 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  23.39 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 362 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  22.37 
 
 		 369 aa  66.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  29.18 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  19.29 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 368 aa  56.2  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 363 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 363 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 363 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  28.64 
 
 		 380 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 394 aa  54.3  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  22.55 
 
 		 392 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 369 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  22.1 
 
 		 350 aa  53.9  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  27.55 
 
 		 417 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  27.55 
 
 		 417 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  28.63 
 
 		 380 aa  52.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2272  transcriptional regulator, LuxR family  24.17 
 
 		 388 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  36.44 
 
 		 370 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  27.76 
 
 		 388 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0653  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 206 aa  51.2  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.203226 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 367 aa  50.8  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  35.25 
 
 		 586 aa  50.8  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 367 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  22.52 
 
 		 385 aa  47.8  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4049  response regulator receiver protein  42.62 
 
 		 275 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00251355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 372 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3324  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 314 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 392 aa  47.4  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3288  transcriptional regulator, LuxR family  25.33 
 
 		 375 aa  47  0.0005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 222 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3602  hypothetical protein  25.22 
 
 		 374 aa  47  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1052  regulatory protein, LuxR  26.24 
 
 		 325 aa  46.6  0.0007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3340  regulatory protein, LuxR  34.44 
 
 		 364 aa  46.6  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.212677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3415  transcriptional regulator, LuxR family  26.36 
 
 		 394 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.127954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3095  regulatory protein LuxR  26.36 
 
 		 386 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0408  regulatory protein, LuxR  29.23 
 
 		 568 aa  46.6  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2440  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.21 
 
 		 220 aa  46.2  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000119534  normal  0.0380024 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1320  transcriptional regulator  24.04 
 
 		 365 aa  46.2  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169892  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 		 222 aa  46.2  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  31.09 
 
 		 321 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3770  regulatory protein, LuxR  39.06 
 
 		 369 aa  45.8  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00240032  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 229 aa  46.2  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 377 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3988  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.07 
 
 		 228 aa  45.1  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0354189  normal  0.736565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4220  LuxR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 222 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.848445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  27.27 
 
 		 393 aa  45.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1538  LuxR family transcriptional regulator  22.32 
 
 		 385 aa  45.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.437117 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 378 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1687  transcriptional regulator, LuxR family  39.39 
 
 		 376 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1758  transcriptional regulator, LuxR family  39.39 
 
 		 374 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2317  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 201 aa  44.3  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000209491  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 187 aa  44.3  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 191 aa  44.3  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 378 aa  44.3  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2191  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 374 aa  43.5  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.218442  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 219 aa  43.5  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1286  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 213 aa  43.5  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  41.07 
 
 		 588 aa  43.5  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 191 aa  43.1  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  25.32 
 
 		 496 aa  42.7  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  42.7  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>