169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0516 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_3022  type VI secretion protein IcmF  34.41 
 
 		 1302 aa  649    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0399  putative lipoprotein  43.38 
 
 		 1209 aa  876    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196026  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4057  type VI secretion protein IcmF  47.2 
 
 		 1220 aa  994    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000260588 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3000  ImcF domain-containing protein  39.4 
 
 		 1212 aa  817    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1204  SciS protein  43.46 
 
 		 1209 aa  877    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263659  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1610  SciS protein  34.88 
 
 		 1302 aa  636    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17347  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1592  hypothetical protein  41.99 
 
 		 1208 aa  879    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.727557  normal  0.457538 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0254  putative lipoprotein  43.78 
 
 		 1209 aa  900    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.452905  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0148  hypothetical protein  41.09 
 
 		 1176 aa  873    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201488  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2464  type VI secretion protein IcmF  37.16 
 
 		 1207 aa  739    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00910  hypothetical protein  42.12 
 
 		 1102 aa  840    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.617351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1473  ImcF domain-containing protein  42.58 
 
 		 1209 aa  887    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0516  type VI secretion protein IcmF  100 
 
 		 1199 aa  2420    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1593  putative lipoprotein  43.38 
 
 		 1209 aa  876    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.736034  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3846  type VI secretion protein IcmF  43.01 
 
 		 1218 aa  878    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0318709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26710  hypothetical protein  44.59 
 
 		 1205 aa  919    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0957907  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1778  putative lipoprotein  43.38 
 
 		 1209 aa  876    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0213  type VI secretion protein IcmF  44.23 
 
 		 1211 aa  959    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2965  ImcF-related protein  43.46 
 
 		 1209 aa  877    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.449228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0140  ImcF/SciS family protein  35.04 
 
 		 1302 aa  638    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2840  ImcF-related protein  43.46 
 
 		 1209 aa  877    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0448  ImcF-related protein  43.38 
 
 		 1209 aa  876    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2316  ImcF domain-containing protein  41.41 
 
 		 1171 aa  846    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00185575  hitchhiker  0.000165437 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0127  putative lipoprotein  35.55 
 
 		 1302 aa  634  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0534605  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0163  ImcF/SciS family protein  34.88 
 
 		 1302 aa  635  1e-180  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.136069  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6679  type VI secretion protein IcmF  34.33 
 
 		 1302 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.79071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1673  type VI secretion protein IcmF  34.07 
 
 		 1268 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0143992 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2373  ImcF domain-containing protein  32.79 
 
 		 1182 aa  609  1e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.720279  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000016  IcmF-related protein  31.64 
 
 		 1172 aa  609  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0934  type VI secretion protein IcmF  31.99 
 
 		 1329 aa  598  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2088  ImcF domain-containing protein  34.4 
 
 		 1175 aa  582  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6108  type VI secretion protein IcmF  31.96 
 
 		 1348 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.916616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1522  hypothetical protein  30.88 
 
 		 1181 aa  577  1.0000000000000001e-163  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.29104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0318  type VI secretion protein IcmF  32.83 
 
 		 1289 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.277614 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0306  SciS protein  32.83 
 
 		 1289 aa  572  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.422511 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0311  type VI secretion protein IcmF  32.75 
 
 		 1289 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685526 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0323  type VI secretion protein IcmF  32.67 
 
 		 1289 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2352  type VI secretion protein IcmF  30.54 
 
 		 1181 aa  524  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6041  IcmF family protein  31.43 
 
 		 1164 aa  511  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693404  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3485  ImcF domain-containing protein  34.27 
 
 		 1365 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.547503 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1823  hypothetical protein  32.14 
 
 		 1332 aa  505  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2085  putative membrane protein, SciS/IcmF-like  32.95 
 
 		 1365 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.842355 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2453  ImcF domain-containing protein  32.61 
 
 		 1176 aa  492  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.322795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0992  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1369 aa  489  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.894672  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3182  type VI secretion protein IcmF  32.36 
 
 		 1317 aa  486  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0388038 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1689  SciS protein  34.95 
 
 		 1358 aa  486  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.79205  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3922  type VI secretion protein IcmF  34.01 
 
 		 1366 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.298439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0327  ImcF/SciS family protein  34.85 
 
 		 1358 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0236  ImcF/SciS family protein  34.85 
 
 		 1358 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3487  hypothetical protein  32.43 
 
 		 1173 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.883094  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3131  ImcF domain-containing protein  32.3 
 
 		 1173 aa  483  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  unclonable  0.00864499  normal  0.238793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3048  type VI secretion protein IcmF  32.79 
 
 		 1204 aa  480  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2881  type VI secretion protein IcmF  32.08 
 
 		 1148 aa  472  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0619949 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00250  SciS protein  32.69 
 
 		 1152 aa  456  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3550  type VI secretion protein IcmF  27.63 
 
 		 1164 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267985  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3421  hypothetical protein  27.63 
 
 		 1164 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3035  ImcF-related  30.59 
 
 		 1157 aa  441  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.393455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1373  hypothetical protein  28.59 
 
 		 1275 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1485  type VI secretion protein IcmF  28.59 
 
 		 1275 aa  436  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5418  hypothetical protein  29.36 
 
 		 1192 aa  425  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5577  hypothetical protein  29.52 
 
 		 1179 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3603  hypothetical protein  28.41 
 
 		 1175 aa  383  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.269333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1209  ImcF domain-containing protein  26.18 
 
 		 1182 aa  381  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1937  type VI secretion protein IcmF  28.3 
 
 		 1150 aa  381  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.502152  normal  0.887242 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42900  hypothetical protein  28.85 
 
 		 1175 aa  379  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.376126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0104  ImcF domain-containing protein  27.8 
 
 		 1179 aa  376  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2516  type VI secretion protein IcmF  25.61 
 
 		 1187 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2554  hypothetical protein  28.32 
 
 		 1168 aa  359  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.024238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2811  hypothetical protein  26.35 
 
 		 1195 aa  338  3.9999999999999995e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3720  Fis family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 1194 aa  325  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1885  ImcF-like family protein  26.64 
 
 		 1164 aa  324  8e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0217268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2188  hypothetical protein  28.02 
 
 		 1270 aa  321  5e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4071  hypothetical protein  26.53 
 
 		 1208 aa  318  5e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000209226 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4923  type VI secretion protein IcmF  26.1 
 
 		 1288 aa  316  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.163369 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0805  hypothetical protein  26.62 
 
 		 1167 aa  315  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00300591  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0717  hypothetical protein  26.62 
 
 		 1167 aa  315  3.9999999999999997e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.319931  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1026  hypothetical protein  26.62 
 
 		 1167 aa  314  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.170738  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2000  hypothetical protein  26.62 
 
 		 1167 aa  314  5.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3632  hypothetical protein  25.51 
 
 		 1297 aa  309  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.20293  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3625  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1297 aa  308  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2826  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1297 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0050  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1297 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.485623  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1717  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1297 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.624106  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3650  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1297 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3151  hypothetical protein  25.94 
 
 		 1297 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2130  ImcF domain-containing protein  26.87 
 
 		 1206 aa  305  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2627  hypothetical protein  26.74 
 
 		 1206 aa  304  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2954  ImcF-like family protein  25.74 
 
 		 1301 aa  304  7.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.858657  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3221  type VI secretion protein IcmF  26.85 
 
 		 1194 aa  300  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.79348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0326  putative lipoprotein  26.43 
 
 		 1177 aa  297  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0399  type VI secretion protein IcmF  26.43 
 
 		 1177 aa  297  7e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3575  hypothetical protein  33 
 
 		 1315 aa  297  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3242  type VI secretion protein IcmF  25.23 
 
 		 1165 aa  296  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748769  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0016  hypothetical protein  26.7 
 
 		 1008 aa  296  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0454  hypothetical protein  26.37 
 
 		 1147 aa  295  5e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.141895  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04696  ImcF-related family  27.16 
 
 		 1230 aa  293  1e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00810675  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2794  type VI secretion protein IcmF  25.64 
 
 		 1165 aa  292  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2090  hypothetical protein  26.48 
 
 		 1104 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127209  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0459  type VI secretion protein IcmF  32.32 
 
 		 1314 aa  287  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0485  ImcF domain-containing protein  32.32 
 
 		 1314 aa  287  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.752194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>