More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0436 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 379 aa  760    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  35.96 
 
 		 372 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  35.58 
 
 		 385 aa  209  9e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 		 385 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 		 385 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 		 382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  36.9 
 
 		 398 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 		 377 aa  179  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  32.57 
 
 		 377 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  32.58 
 
 		 392 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  31.71 
 
 		 403 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  34.81 
 
 		 382 aa  172  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 		 395 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  34.81 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 		 380 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  31.96 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  34.44 
 
 		 385 aa  160  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  31.76 
 
 		 378 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  32.1 
 
 		 375 aa  158  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 		 385 aa  158  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 		 371 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 		 370 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  31.33 
 
 		 378 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  30.95 
 
 		 385 aa  153  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  31.48 
 
 		 383 aa  152  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 		 380 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 367 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  29.61 
 
 		 384 aa  151  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  30.73 
 
 		 379 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  29.75 
 
 		 368 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 386 aa  147  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 383 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  31.46 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 		 408 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 		 374 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 374 aa  138  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 		 374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 		 388 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  30.16 
 
 		 388 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 		 383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 370 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 370 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 		 472 aa  125  9e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 		 383 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  28.26 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  30.11 
 
 		 391 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 386 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 378 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  30.29 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.01 
 
 		 380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  29.57 
 
 		 383 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 411 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 382 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  27.9 
 
 		 386 aa  112  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  30.75 
 
 		 480 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  26.05 
 
 		 383 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 372 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 394 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  27.07 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 		 388 aa  103  5e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.8 
 
 		 388 aa  102  8e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  28.88 
 
 		 423 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  28.07 
 
 		 390 aa  101  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 		 387 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 		 382 aa  98.6  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 425 aa  98.2  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.35 
 
 		 370 aa  98.2  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 		 386 aa  97.8  3e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 		 380 aa  97.1  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 386 aa  95.9  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 		 592 aa  93.6  5e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 384 aa  93.6  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 426 aa  91.3  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.95 
 
 		 517 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.93 
 
 		 519 aa  87  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 		 382 aa  86.7  6e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 		 392 aa  86.3  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  37.84 
 
 		 430 aa  86.3  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.33 
 
 		 497 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.56 
 
 		 512 aa  84.7  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  46.15 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  28.45 
 
 		 539 aa  81.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 		 407 aa  80.5  0.00000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  40 
 
 		 395 aa  80.5  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2660  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 		 379 aa  79.7  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  26.26 
 
 		 400 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  27.56 
 
 		 496 aa  79.3  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  27.55 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.86 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 		 410 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 403 aa  77.4  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>