More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0168 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  588  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  74.54 
 
 		 270 aa  426  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  73.96 
 
 		 270 aa  422  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  45.75 
 
 		 259 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4427  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 257 aa  182  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 263 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  38.15 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  37.35 
 
 		 250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 249 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1861  helix-turn-helix domain-containing protein  32.42 
 
 		 259 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0711253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3800  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000600898 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1400  helix-turn-helix domain-containing protein  34.16 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113749  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 255 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2872  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 259 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4881  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000645238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4511  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0764519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22580  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 254 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000567306  hitchhiker  0.000118862 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 259 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4383  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 257 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1906  putative transcriptional regulator  32.23 
 
 		 254 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1474  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 254 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.705391  normal  0.109317 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 257 aa  96.7  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 256 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 255 aa  94.7  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5558  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 255 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3735  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 255 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724419  normal  0.587123 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4719  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 255 aa  92  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0234  transcription regulator protein  29.58 
 
 		 248 aa  92  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.942813 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1820  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.167781  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4528  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 257 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3835  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 257 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0110424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3690  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 257 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2748  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.195621  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 285 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 204 aa  87.8  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0392  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 234 aa  87  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 291 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 255 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  27.54 
 
 		 255 aa  86.7  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 301 aa  85.5  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 274 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 346 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6428  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.980502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6085  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 308 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0083  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  37.69 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 		 291 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  37.69 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0091  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 240 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.994797 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.8 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  41.67 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 330 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 291 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.4 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 282 aa  78.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  34.65 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  40.66 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 328 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 318 aa  75.9  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 317 aa  75.9  0.0000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2988  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 287 aa  75.1  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5349  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  43.48 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3030  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 275 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2976  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00165868  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  30.16 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3328  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 275 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  38.14 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  35.94 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3298  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 275 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>