More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_0686 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  96.45 
 
 		 366 aa  694    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 366 aa  732    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1203  DNA polymerase III, beta subunit  46.03 
 
 		 367 aa  347  1e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0971789  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  45.1 
 
 		 366 aa  335  7.999999999999999e-91  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1171  DNA polymerase III, beta subunit  34.05 
 
 		 370 aa  222  9.999999999999999e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00934789  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.97 
 
 		 367 aa  192  8e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.25 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.5 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.5 
 
 		 375 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.5 
 
 		 375 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.18 
 
 		 376 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  30.55 
 
 		 366 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  28.88 
 
 		 376 aa  179  7e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.73 
 
 		 370 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.25 
 
 		 372 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.9 
 
 		 367 aa  176  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.26 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.77 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 		 366 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.91 
 
 		 366 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.97 
 
 		 372 aa  173  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 		 372 aa  172  5.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.77 
 
 		 372 aa  172  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.4 
 
 		 373 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.44 
 
 		 373 aa  170  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  27.45 
 
 		 366 aa  170  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  27.25 
 
 		 366 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.49 
 
 		 366 aa  169  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  26.56 
 
 		 367 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.07 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.22 
 
 		 366 aa  168  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 		 367 aa  168  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.72 
 
 		 365 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 		 372 aa  168  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.55 
 
 		 379 aa  168  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 385 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  27.57 
 
 		 366 aa  166  5e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  30.11 
 
 		 372 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.32 
 
 		 366 aa  166  8e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  29.03 
 
 		 374 aa  166  9e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 		 366 aa  165  9e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.11 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.3 
 
 		 365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 		 366 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.99 
 
 		 373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  27.25 
 
 		 366 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.02 
 
 		 385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 		 366 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 		 366 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.76 
 
 		 369 aa  164  3e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 		 366 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.63 
 
 		 366 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.73 
 
 		 367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.46 
 
 		 367 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.1 
 
 		 373 aa  162  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.68 
 
 		 366 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  27.17 
 
 		 366 aa  162  7e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.9 
 
 		 367 aa  161  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 		 385 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.22 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  27.22 
 
 		 369 aa  161  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.09 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  26.36 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.36 
 
 		 367 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 		 381 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000030299 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  27.45 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 		 366 aa  160  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.92 
 
 		 398 aa  160  4e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 		 373 aa  160  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.24 
 
 		 366 aa  160  5e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  27.22 
 
 		 366 aa  159  6e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.57 
 
 		 398 aa  159  7e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 		 374 aa  159  7e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 		 368 aa  159  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 		 373 aa  159  7e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 366 aa  159  8e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 366 aa  159  8e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.49 
 
 		 369 aa  159  8e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.55 
 
 		 368 aa  159  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.03 
 
 		 408 aa  159  9e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  27.82 
 
 		 368 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.35 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>