More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_1171 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010003  Pmob_1171  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
370 aa  746    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00934789  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  34.05 
 
 
366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0662  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 
366 aa  212  9e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000326321  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0535  DNA polymerase III, beta subunit  34.92 
 
 
366 aa  206  4e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1203  DNA polymerase III, beta subunit  30.19 
 
 
367 aa  178  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0971789  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.85 
 
 
376 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.42 
 
 
370 aa  144  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.18 
 
 
372 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 
365 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 
372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 
372 aa  135  9e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.08 
 
 
375 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.83 
 
 
378 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.63 
 
 
375 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.12 
 
 
375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  27.22 
 
 
378 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.7 
 
 
372 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.58 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  26.77 
 
 
377 aa  130  3e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.87 
 
 
372 aa  130  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.58 
 
 
381 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.18 
 
 
366 aa  130  5.0000000000000004e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.79 
 
 
378 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  29.49 
 
 
362 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
379 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  26.18 
 
 
374 aa  127  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 
377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.3 
 
 
377 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
379 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 
379 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.46 
 
 
365 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.17 
 
 
369 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  25.95 
 
 
378 aa  124  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  25.95 
 
 
378 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.73 
 
 
365 aa  123  4e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 
373 aa  123  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  29.54 
 
 
366 aa  122  8e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  25.87 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  25.41 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.7 
 
 
367 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 
384 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  26.68 
 
 
366 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  25.26 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000166783  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.75 
 
 
380 aa  119  6e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  28.11 
 
 
374 aa  119  7.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.74 
 
 
370 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 
377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  25.67 
 
 
367 aa  116  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  26.51 
 
 
374 aa  116  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  25.74 
 
 
366 aa  116  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.3 
 
 
368 aa  116  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  24.93 
 
 
366 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.64 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 
372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 
376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  25.46 
 
 
372 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 
373 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
368 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  22.31 
 
 
396 aa  113  4.0000000000000004e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.86 
 
 
372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.5 
 
 
366 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.59 
 
 
367 aa  113  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 
379 aa  112  7.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.23 
 
 
366 aa  113  7.000000000000001e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  25.46 
 
 
372 aa  112  9e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  23.54 
 
 
372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  24.45 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.77 
 
 
367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  26.2 
 
 
374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  24.54 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  24.54 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  24.6 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.66 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.66 
 
 
366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.52 
 
 
372 aa  111  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.65 
 
 
370 aa  110  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  26.33 
 
 
367 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.92 
 
 
375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.53 
 
 
367 aa  110  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  24.6 
 
 
373 aa  110  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  24.66 
 
 
365 aa  108  1e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  24.55 
 
 
379 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.6 
 
 
373 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.72 
 
 
374 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.13 
 
 
378 aa  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  24.33 
 
 
377 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  24.02 
 
 
372 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  23.77 
 
 
386 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.34 
 
 
374 aa  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  24.87 
 
 
386 aa  107  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.83 
 
 
380 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>