103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3681 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



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Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  461  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 231 aa  198  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  39.09 
 
 		 209 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  38.07 
 
 		 209 aa  158  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 215 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 207 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 207 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  37.62 
 
 		 212 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 204 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 206 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 177 aa  89  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  31.79 
 
 		 198 aa  85.9  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  33.14 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0944  TetR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.335834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  32.4 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 192 aa  81.3  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  32.3 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 187 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 188 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  30.57 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 186 aa  73.2  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  29.53 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  35.26 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  29.3 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 180 aa  63.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  34.65 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 199 aa  62  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 205 aa  58.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 192 aa  57  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  32.69 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4611  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  35.51 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  32.69 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 238 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 187 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  25.54 
 
 		 184 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3535  transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 191 aa  52.4  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 210 aa  52.4  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 211 aa  52  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  29.03 
 
 		 191 aa  49.3  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  35.29 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 238 aa  47  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1507  TetR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 224 aa  46.6  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0289697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5257  transcriptional regulator, TetR family  29.03 
 
 		 194 aa  47  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.570583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2025  transcriptional regulator, TetR family  38.64 
 
 		 196 aa  45.8  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0232401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5885  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 203 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.687121 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  27.15 
 
 		 187 aa  45.4  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2688  TetR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 207 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.357002  normal  0.760245 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 206 aa  44.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5073  transcriptional regulator TetR family  29.06 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.479761  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1775  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 207 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1489  transcriptional regulator, TetR family  32.05 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4190  hypothetical protein  29.94 
 
 		 215 aa  44.3  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5723  transcriptional regulator, TetR family  36.54 
 
 		 177 aa  44.7  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00322286 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0628  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 262 aa  43.9  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0323336 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4112  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 183 aa  43.5  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0592835  normal  0.670519 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2026  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.148832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1535  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 204 aa  43.9  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6173  transcriptional regulator, TetR family  27.1 
 
 		 202 aa  43.9  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 216 aa  43.5  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 204 aa  43.1  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  35.71 
 
 		 207 aa  43.1  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 214 aa  43.1  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2308  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 200 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.594902 
 
 
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NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 205 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.548175 
 
 
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NC_014210  Ndas_0392  transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 201 aa  42.7  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.022112  normal  1 
 
 
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NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 198 aa  42.4  0.006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008463  PA14_26760  putative transcriptional regulator  40.85 
 
 		 198 aa  42.4  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013171  Apre_1096  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 		 192 aa  42.4  0.006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009439  Pmen_3656  TetR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 223 aa  42  0.007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  34.33 
 
 		 208 aa  42  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
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NC_013159  Svir_07900  hypothetical protein  32 
 
 		 186 aa  42  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.591065  normal  1 
 
 
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