103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0883 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 185 aa  373  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  88.46 
 
 		 182 aa  329  1e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  85.16 
 
 		 182 aa  317  5e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 180 aa  107  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  34.97 
 
 		 205 aa  92.4  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 177 aa  91.7  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 180 aa  89  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 192 aa  88.6  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 202 aa  87.8  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  34.23 
 
 		 198 aa  87  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 179 aa  86.7  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  37.25 
 
 		 208 aa  84.7  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 205 aa  82.8  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 187 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 209 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  28.12 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  37.01 
 
 		 217 aa  74.7  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  37.01 
 
 		 217 aa  74.7  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 184 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  32.1 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 192 aa  70.5  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 194 aa  70.1  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  32.67 
 
 		 199 aa  69.7  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  36.64 
 
 		 210 aa  70.1  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  31.79 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  33.55 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 184 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 209 aa  63.2  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 186 aa  62.4  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 214 aa  61.2  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 197 aa  60.1  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.548175 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0102  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.508709  normal  0.486637 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 187 aa  54.3  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  30.51 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 207 aa  52  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.87 
 
 		 213 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 238 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  32.73 
 
 		 238 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 238 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  32.73 
 
 		 238 aa  49.7  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  32.73 
 
 		 238 aa  50.1  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 238 aa  49.7  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 207 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 207 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5889  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 186 aa  48.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  30.88 
 
 		 215 aa  48.1  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.05 
 
 		 213 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  29.94 
 
 		 212 aa  46.2  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.15 
 
 		 217 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.15 
 
 		 217 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.15 
 
 		 217 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.15 
 
 		 217 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.15 
 
 		 217 aa  44.7  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.3 
 
 		 218 aa  44.7  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.3 
 
 		 218 aa  44.7  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.3 
 
 		 218 aa  44.7  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.51 
 
 		 217 aa  43.9  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4190  hypothetical protein  28.35 
 
 		 215 aa  44.3  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  16.43 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.6 
 
 		 227 aa  42.7  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0870  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 186 aa  42.4  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.65823  normal  0.649746 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 		 220 aa  42  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 220 aa  42  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5351  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 		 195 aa  42  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0124857 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.41 
 
 		 220 aa  42  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.41 
 
 		 220 aa  42  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.41 
 
 		 220 aa  42  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.41 
 
 		 220 aa  42  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3546  transcriptional regulator, TetR family  32.47 
 
 		 206 aa  42  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.726096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  29.41 
 
 		 220 aa  42  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>