More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1535 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_1535  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
204 aa  419  1e-116  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1567  TetR family transcriptional regulator  60.89 
 
 
202 aa  261  4e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.246189  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1697  hypothetical protein  45.64 
 
 
199 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1694  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
219 aa  102  4e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0960426 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0899  TetR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
193 aa  101  8e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.494549  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0726  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 
203 aa  95.5  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2740  TetR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
230 aa  91.7  7e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0291953  hitchhiker  0.000390237 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0191  transcriptional regulator, TetR family  23.56 
 
 
243 aa  83.6  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00113557  decreased coverage  0.000257741 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1502  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 
195 aa  77  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.385487  normal  0.318035 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1656  TetR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
196 aa  72  0.000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0515046  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 
199 aa  62  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1088  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 
193 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1427  TetR family transcriptional regulator  46.97 
 
 
204 aa  59.7  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.286714  hitchhiker  0.000126282 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1705  TetR family transcriptional regulator  23.3 
 
 
203 aa  59.3  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.164694  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
205 aa  59.3  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  37.36 
 
 
230 aa  58.5  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4972  transcriptional regulator, TetR family  31.88 
 
 
317 aa  58.5  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 
195 aa  58.2  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  23.88 
 
 
189 aa  57.4  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3011  TetR family transcriptional regulator  54.72 
 
 
214 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0859343 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
201 aa  57.4  0.0000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4217  transcriptional regulator, TetR family  23.66 
 
 
193 aa  57.8  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.152492 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.79 
 
 
215 aa  57.4  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 
213 aa  57.4  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  22.42 
 
 
212 aa  57.8  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6035  transcriptional regulator, TetR family  25.52 
 
 
203 aa  56.6  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.95 
 
 
218 aa  56.6  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
214 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0971  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
193 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.95 
 
 
218 aa  56.6  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  25.79 
 
 
215 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.95 
 
 
218 aa  56.6  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5412  TetR family transcriptional regulator  22.92 
 
 
212 aa  57  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00435132  normal  0.234222 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  41.67 
 
 
202 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0982  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
193 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0971  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
193 aa  56.6  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1217  transcriptional regulator, TetR family  23.66 
 
 
193 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  26.43 
 
 
185 aa  56.2  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1052  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
193 aa  56.6  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.32 
 
 
213 aa  56.2  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 
223 aa  56.2  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2080  TetR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
219 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.740876  hitchhiker  0.00831587 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1137  transcriptional regulator, TetR family  23.66 
 
 
193 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5529  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 
290 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5615  transcriptional regulator, TetR family  34.62 
 
 
291 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5288  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
290 aa  55.8  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5130  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
290 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  25.3 
 
 
287 aa  56.2  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5685  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
290 aa  55.8  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 
199 aa  55.8  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5567  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
290 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0502  TetR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
221 aa  55.5  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5113  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
290 aa  55.8  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5186  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 
185 aa  55.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal  0.188797 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 
206 aa  55.8  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2067  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
216 aa  55.5  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.87 
 
 
227 aa  55.5  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3952  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
291 aa  55.1  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  45.1 
 
 
207 aa  55.5  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  21.94 
 
 
194 aa  55.5  0.0000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0974  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
194 aa  55.1  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 
194 aa  55.1  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
215 aa  55.1  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3421  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
223 aa  55.1  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.288907  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.47 
 
 
217 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.47 
 
 
217 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.47 
 
 
217 aa  55.1  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.47 
 
 
217 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.47 
 
 
217 aa  54.7  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22050  transcriptional regulator  28.03 
 
 
199 aa  54.7  0.0000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0903673 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3744  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
223 aa  54.7  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01891  transcription regulator protein  42.59 
 
 
219 aa  54.3  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0139537  normal  0.638618 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 
210 aa  53.9  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  23.08 
 
 
213 aa  54.3  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0824  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 
206 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 
217 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2016  TetR family transcriptional regulator  23.35 
 
 
194 aa  54.3  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0982631  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
220 aa  53.9  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6560  transcriptional regulator, TetR family  30.99 
 
 
203 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2129  TetR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
210 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 
194 aa  54.3  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
238 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
210 aa  53.9  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.75 
 
 
216 aa  53.5  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1156  TetR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
193 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.813518  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  25.68 
 
 
207 aa  53.1  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1553  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
194 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
218 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
228 aa  53.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 
221 aa  53.9  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  25.31 
 
 
189 aa  53.5  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  25.31 
 
 
189 aa  53.5  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>