73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3138 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  431  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 204 aa  229  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 209 aa  194  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  41.75 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  41.75 
 
 		 209 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 215 aa  175  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 214 aa  174  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 231 aa  152  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  41.12 
 
 		 212 aa  149  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0944  TetR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 123 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.335834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 187 aa  89  5e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 186 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  40.85 
 
 		 188 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  34.81 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 206 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  26.88 
 
 		 198 aa  80.5  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 180 aa  77.4  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  29.31 
 
 		 207 aa  74.7  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  31.91 
 
 		 205 aa  73.6  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  26.98 
 
 		 189 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 187 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 202 aa  67  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  33.86 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 180 aa  64.7  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 179 aa  62.4  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  29.87 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 185 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 187 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  28.65 
 
 		 202 aa  57  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  28.21 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 199 aa  53.9  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  34.19 
 
 		 208 aa  53.1  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2433  TetR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 211 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 184 aa  47.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 207 aa  46.2  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4190  hypothetical protein  27.7 
 
 		 215 aa  45.1  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 184 aa  45.1  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0947  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 205 aa  44.3  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0946183  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  24.42 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.75 
 
 		 215 aa  42.4  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0052  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 188 aa  42.4  0.004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.612692  normal  0.466149 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  28.75 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5889  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 186 aa  42.4  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0584  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 207 aa  42.4  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  27.71 
 
 		 238 aa  41.6  0.009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3715  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 208 aa  41.2  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2034  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 228 aa  41.2  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743283  decreased coverage  0.000716409 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>