194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0946 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  414  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 215 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  35.23 
 
 		 198 aa  108  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 209 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  35.63 
 
 		 209 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 204 aa  98.2  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  35.56 
 
 		 205 aa  97.8  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 217 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 		 217 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 214 aa  92.8  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 192 aa  91.3  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 207 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  34.48 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 187 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  31.64 
 
 		 207 aa  79.3  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 194 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 187 aa  75.9  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 202 aa  74.7  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  29.83 
 
 		 188 aa  73.9  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 186 aa  71.2  0.000000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 202 aa  69.7  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 184 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 188 aa  68.2  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 180 aa  67.8  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  30.72 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  25.17 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 192 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 184 aa  64.7  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  28.4 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  27.5 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 209 aa  61.2  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 182 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 188 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  27.66 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 205 aa  58.9  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.548175 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  31.29 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  31.29 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  31.29 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  28.03 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31550  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0282  TetR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 201 aa  52  0.000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.356366  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0102  TetR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 188 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.508709  normal  0.486637 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2358  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0281012 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3457  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 238 aa  50.1  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  32.98 
 
 		 196 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4995  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 198 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 209 aa  48.9  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2441  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 205 aa  48.9  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.21008  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 		 204 aa  48.5  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2242  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.640782  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2176  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000096918  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2162  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.116975  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1196  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 235 aa  47.4  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0270816  normal  0.528782 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2406  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2423  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 207 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_008686  Pden_0944  TetR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 123 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.335834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2959  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177797 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1924  TetR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5228  TetR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 290 aa  47.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2373  transcriptional regulator, TetR family  23.96 
 
 		 207 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1941  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 189 aa  46.6  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.842083  normal  1 
 
 
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NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 		 193 aa  46.6  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4404  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 199 aa  45.8  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0114676  normal  0.191291 
 
 
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NC_009674  Bcer98_3952  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 291 aa  46.2  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_0324  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 203 aa  45.8  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.720161 
 
 
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NC_009656  PSPA7_4107  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 187 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.198218  n/a   
 
 
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NC_013595  Sros_6827  putative transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 200 aa  45.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0995041 
 
 
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NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 191 aa  45.4  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_003909  BCE_5567  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 290 aa  45.1  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A5615  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 291 aa  45.1  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009667  Oant_1884  TetR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 189 aa  45.4  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.652086  n/a   
 
 
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NC_008752  Aave_2157  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 187 aa  45.1  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.105803  normal  1 
 
 
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NC_013093  Amir_0421  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 		 189 aa  45.1  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0114693  n/a   
 
 
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NC_013521  Sked_03760  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 201 aa  45.1  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.599281  normal  0.484799 
 
 
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