94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4608 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 182 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  89.56 
 
 		 182 aa  332  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  88.46 
 
 		 185 aa  329  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 180 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 177 aa  92  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  34.38 
 
 		 205 aa  87.4  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 180 aa  85.5  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 192 aa  85.5  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  37.25 
 
 		 208 aa  83.2  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 202 aa  81.6  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  32.21 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 209 aa  78.2  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 205 aa  76.3  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 187 aa  74.3  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 224 aa  73.6  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  37.31 
 
 		 188 aa  70.9  0.000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  26.88 
 
 		 189 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 211 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 211 aa  68.6  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 217 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 217 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  29.94 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 186 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 199 aa  65.5  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 209 aa  65.5  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  32.77 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 194 aa  64.3  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 188 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 205 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.548175 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 187 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  31.01 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  29.32 
 
 		 197 aa  55.5  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  24.59 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  24.19 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0102  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 188 aa  54.3  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.508709  normal  0.486637 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0745  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 187 aa  52.8  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 207 aa  51.2  0.000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  34.26 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  34.26 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  34.26 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  21.71 
 
 		 213 aa  47.8  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5889  TetR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4190  hypothetical protein  30.15 
 
 		 215 aa  45.1  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 191 aa  43.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  28.85 
 
 		 212 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.17 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.99 
 
 		 218 aa  42.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.99 
 
 		 218 aa  42.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  28.99 
 
 		 218 aa  42.7  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  14.89 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.59 
 
 		 213 aa  42  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  29.51 
 
 		 217 aa  41.2  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.91 
 
 		 220 aa  41.2  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  31.91 
 
 		 220 aa  40.8  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>