76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4754 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4754  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000397464  hitchhiker  0.00227458 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4888  TetR family transcriptional regulator  62.56 
 
 		 209 aa  271  5.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4824  transcriptional regulator, TetR family  62.76 
 
 		 209 aa  269  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.870424 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4912  transcriptional regulator, TetR family  62.76 
 
 		 209 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.095587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1196  TetR family transcriptional regulator  53.81 
 
 		 214 aa  218  7.999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3680  TetR family transcriptional regulator  51.98 
 
 		 207 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3415  TetR family transcriptional regulator  51.98 
 
 		 207 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.573909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3310  hypothetical protein  50.25 
 
 		 212 aa  185  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.106528 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1527  TetR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3138  TetR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.293904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3681  TetR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.966495  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 231 aa  154  8e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0944  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 123 aa  115  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.335834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0946  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 206 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.826877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1299  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 202 aa  99  5e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.808118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2981  TetR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 180 aa  92  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1596  TetR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 192 aa  89  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000620531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3251  regulatory protein, TetR  31.9 
 
 		 205 aa  81.3  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000584066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1901  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3623  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4700  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 217 aa  77  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.804657  normal  0.0108792 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42260  TetR family regulatory protein  28.86 
 
 		 198 aa  76.3  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2407  TetR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 177 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0993242  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1872  TetR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2269  transcriptional regulator, TetR family  31.94 
 
 		 197 aa  74.3  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5117  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5497  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5206  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1210  regulatory protein, TetR  30.06 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0513  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 188 aa  72.8  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5846  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.472138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1421  transcriptional regulator, TetR family  28.1 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1619  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.776591 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1468  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 186 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.781673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01665  transcriptional regulator  32.37 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.152407  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1595  TetR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.201593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1565  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 192 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4460  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.20619 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3062  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 199 aa  65.1  0.0000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0638813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0301  TetR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 180 aa  63.2  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.246546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0883  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476269  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5303  TetR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 187 aa  62  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398356  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0802  regulatory protein, TetR  28.67 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334843  normal  0.796776 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4123  hypothetical protein  24.44 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3891  TetR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 207 aa  58.9  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.75762  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6023  transcriptional regulator, TetR family  23.89 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620449  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4608  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 182 aa  58.9  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3817  TetR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.287238  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3960  transcriptional regulator, TetR family  27.94 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.879503  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5605  transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 184 aa  57  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2656  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754114  normal  0.0141418 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3873  regulatory protein TetR  24.46 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2100  regulatory protein TetR  26.47 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.726154  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1007  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.85068  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0282  TetR family regulatory protein  28.97 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.381975  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1312  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1726  transcriptional regulator, TetR family protein  28.97 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0513672  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1810  transcriptional regulator, TetR family protein  28.97 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976243  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0284  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 238 aa  52.8  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0846937  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2657  TetR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 202 aa  48.5  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.613192  normal  0.699424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5294  TetR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 188 aa  48.5  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0307229 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 199 aa  44.7  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6384  putative transcriptional regulator, TetR family  31.36 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.317451  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0076  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.548175 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0095  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0333517 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 208 aa  43.1  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0086  TetR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0325  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.690003 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0336  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.153342  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0346  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 202 aa  42.4  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.617335 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11383  transcriptional regulator  31.17 
 
 		 261 aa  42  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.900966 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3103  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 207 aa  42  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.960941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 191 aa  41.6  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 231 aa  42  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2251  putative transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 187 aa  42  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1718  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 228 aa  41.6  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.114077  normal  1 
 
 
-
 
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