138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1147 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  88.57 
 
 		 559 aa  1027    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.49 
 
 		 541 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 560 aa  1163    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.93 
 
 		 560 aa  1154    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.93 
 
 		 560 aa  1152    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.35 
 
 		 575 aa  944    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  80.35 
 
 		 565 aa  948    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  73.89 
 
 		 554 aa  866    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.53 
 
 		 575 aa  944    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.45 
 
 		 556 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  56.75 
 
 		 547 aa  640    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.88 
 
 		 575 aa  951    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.2 
 
 		 570 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  48.34 
 
 		 574 aa  543  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  51.34 
 
 		 519 aa  486  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.76 
 
 		 534 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.14 
 
 		 534 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  43.2 
 
 		 542 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.91 
 
 		 529 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  42.34 
 
 		 545 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  38.15 
 
 		 521 aa  361  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  35.29 
 
 		 543 aa  358  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.03 
 
 		 575 aa  356  7.999999999999999e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  38.62 
 
 		 538 aa  348  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 530 aa  346  6e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.09 
 
 		 530 aa  343  5e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.16 
 
 		 539 aa  343  5.999999999999999e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  36.95 
 
 		 529 aa  339  9e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.85 
 
 		 526 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.02 
 
 		 525 aa  327  5e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  36.69 
 
 		 539 aa  320  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.86 
 
 		 525 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  36.92 
 
 		 536 aa  313  5.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  36 
 
 		 540 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  37.15 
 
 		 641 aa  310  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.28 
 
 		 551 aa  300  6e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  35.16 
 
 		 542 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.48 
 
 		 562 aa  291  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  35.2 
 
 		 524 aa  291  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  34.56 
 
 		 550 aa  283  6.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 506 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.95 
 
 		 506 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.62 
 
 		 507 aa  269  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  32.84 
 
 		 506 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  32.89 
 
 		 506 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  35.12 
 
 		 476 aa  253  6e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  33.1 
 
 		 627 aa  251  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  35.41 
 
 		 560 aa  241  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  31.68 
 
 		 553 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  29.74 
 
 		 529 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.8 
 
 		 560 aa  214  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.61 
 
 		 571 aa  203  7e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  28.85 
 
 		 519 aa  192  9e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.58 
 
 		 557 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  26.19 
 
 		 559 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.36 
 
 		 559 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.19 
 
 		 559 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.6 
 
 		 543 aa  144  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.65 
 
 		 525 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.81 
 
 		 533 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  25.39 
 
 		 540 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.92 
 
 		 547 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  27.71 
 
 		 519 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.16 
 
 		 525 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  24.34 
 
 		 534 aa  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 529 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.68 
 
 		 518 aa  105  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  22.3 
 
 		 546 aa  100  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  22.71 
 
 		 555 aa  93.6  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  23.62 
 
 		 527 aa  88.6  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.82 
 
 		 539 aa  87  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.14 
 
 		 374 aa  87  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  25.07 
 
 		 496 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.42 
 
 		 539 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  21.1 
 
 		 539 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  21.43 
 
 		 539 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.86 
 
 		 540 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.76 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  23.24 
 
 		 503 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 503 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 503 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  25.32 
 
 		 497 aa  70.1  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.03 
 
 		 501 aa  70.1  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  23.69 
 
 		 502 aa  67.8  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  20.7 
 
 		 403 aa  67  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  23.44 
 
 		 503 aa  65.1  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.34 
 
 		 389 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  24.35 
 
 		 366 aa  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  21.83 
 
 		 403 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.06 
 
 		 389 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  21.8 
 
 		 389 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  25.45 
 
 		 410 aa  60.1  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  22.51 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.9 
 
 		 399 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.39 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.39 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.13 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.22 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  25.1 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  22.06 
 
 		 398 aa  58.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>