More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3735 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  83.9 
 
 		 646 aa  1137    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  83.9 
 
 		 646 aa  1137    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  52.09 
 
 		 645 aa  677    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  83.75 
 
 		 646 aa  1136    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  99.38 
 
 		 646 aa  1320    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  84.21 
 
 		 646 aa  1141    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  83.59 
 
 		 646 aa  1135    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  99.38 
 
 		 646 aa  1320    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  56.68 
 
 		 643 aa  751    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  51.17 
 
 		 638 aa  668    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  99.38 
 
 		 646 aa  1320    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  51.17 
 
 		 637 aa  664    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  83.59 
 
 		 646 aa  1134    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  51.17 
 
 		 638 aa  668    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  83.9 
 
 		 646 aa  1137    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  53.52 
 
 		 648 aa  679    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  83.9 
 
 		 646 aa  1137    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  83.9 
 
 		 646 aa  1137    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  79.72 
 
 		 646 aa  1080    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  99.23 
 
 		 646 aa  1319    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  53.75 
 
 		 640 aa  690    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 646 aa  1330    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  53.31 
 
 		 645 aa  688    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  33.59 
 
 		 673 aa  344  2.9999999999999997e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 		 676 aa  338  1.9999999999999998e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  31.2 
 
 		 669 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  32.65 
 
 		 661 aa  327  4.0000000000000003e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  30.03 
 
 		 631 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  30.72 
 
 		 634 aa  279  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  30.64 
 
 		 635 aa  272  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 636 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  31.4 
 
 		 636 aa  270  8e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 636 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  30.5 
 
 		 636 aa  266  8e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  29.07 
 
 		 636 aa  266  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  31.49 
 
 		 637 aa  264  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  30.77 
 
 		 657 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  29.43 
 
 		 647 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  29.58 
 
 		 647 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  29.23 
 
 		 647 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  29.58 
 
 		 647 aa  261  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  28.86 
 
 		 636 aa  256  9e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 		 635 aa  240  5e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.24 
 
 		 663 aa  143  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 		 634 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.62 
 
 		 648 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.37 
 
 		 634 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.3 
 
 		 634 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.3 
 
 		 634 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 634 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.45 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.19 
 
 		 634 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 634 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 642 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.98 
 
 		 632 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.21 
 
 		 632 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.88 
 
 		 634 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  23.36 
 
 		 646 aa  122  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.69 
 
 		 648 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.82 
 
 		 650 aa  120  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.51 
 
 		 648 aa  118  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.42 
 
 		 637 aa  118  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 		 637 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.46 
 
 		 650 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.73 
 
 		 638 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.41 
 
 		 663 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.91 
 
 		 1076 aa  114  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  22.36 
 
 		 639 aa  114  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.18 
 
 		 803 aa  113  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.48 
 
 		 649 aa  113  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  22.67 
 
 		 639 aa  112  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.49 
 
 		 642 aa  110  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.9 
 
 		 1072 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.71 
 
 		 994 aa  110  8.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  22.05 
 
 		 648 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 		 783 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  22.8 
 
 		 631 aa  110  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.11 
 
 		 650 aa  109  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.05 
 
 		 648 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  23.59 
 
 		 634 aa  107  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.96 
 
 		 800 aa  105  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.64 
 
 		 637 aa  104  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.24 
 
 		 655 aa  102  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.82 
 
 		 650 aa  102  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.66 
 
 		 928 aa  102  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2068  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.17 
 
 		 729 aa  101  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150667 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  20.08 
 
 		 645 aa  99.4  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.49 
 
 		 722 aa  99.4  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.07 
 
 		 644 aa  98.6  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  23.68 
 
 		 799 aa  98.2  4e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.816618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.06 
 
 		 645 aa  98.2  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 		 739 aa  95.5  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.33 
 
 		 587 aa  95.9  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.28 
 
 		 1002 aa  95.9  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.121951  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.24 
 
 		 739 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  26.61 
 
 		 817 aa  95.1  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.49 
 
 		 623 aa  94.7  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.89 
 
 		 728 aa  94.7  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>