More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1135 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1135  MSHA biogenesis protein MshL  100 
 
 		 543 aa  1093    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00664047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0385  type II and III secretion system protein  46.08 
 
 		 537 aa  424  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.16862  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0170  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  44.82 
 
 		 550 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0560  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  42.96 
 
 		 558 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0505  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  44.9 
 
 		 559 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0454  MSHA biogenesis protein MshL  43.14 
 
 		 561 aa  404  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0484  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  45.1 
 
 		 559 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3751  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  43.89 
 
 		 556 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0508  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  44.9 
 
 		 559 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3835  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  44.9 
 
 		 559 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139484  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3347  type II and III secretion system protein  46.06 
 
 		 549 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.292077  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3486  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  45.06 
 
 		 561 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.552648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0466  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  45.06 
 
 		 561 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.142109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3663  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  45.27 
 
 		 561 aa  398  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0753  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  42.94 
 
 		 572 aa  393  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.22971  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3768  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  42.36 
 
 		 556 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4417  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  41.59 
 
 		 562 aa  391  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0389  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  42.55 
 
 		 563 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4112  MSHA biogenesis protein MshL  45.13 
 
 		 560 aa  385  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0544  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  41.21 
 
 		 567 aa  384  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4576  MSHA biogenesis protein MshL  42.57 
 
 		 609 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03698  hypothetical protein  40.45 
 
 		 544 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002368  MSHA biogenesis protein MshL  42.02 
 
 		 530 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0469  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin D (MSHD)  39.89 
 
 		 546 aa  358  1.9999999999999998e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00341212  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2820  MSHA biogenesis protein MshL  38.48 
 
 		 559 aa  348  2e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00251  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshL (pilus type IV)  38.83 
 
 		 569 aa  347  4e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0893  type II and III secretion system secretin  38.51 
 
 		 585 aa  342  1e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0764  general secretion pathway protein D  37.81 
 
 		 554 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000564128  normal  0.152478 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3332  type II and III secretion system protein  36.13 
 
 		 614 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.449777  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0329  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  37.52 
 
 		 538 aa  334  3e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.683129  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3096  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  40.04 
 
 		 577 aa  332  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3259  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  27.53 
 
 		 830 aa  188  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701174 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3405  type II and III secretion system protein  28.25 
 
 		 594 aa  184  5.0000000000000004e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0887  type II and III secretion system protein  29.39 
 
 		 625 aa  182  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0606978  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0076  type II and III secretion system protein  28.57 
 
 		 539 aa  176  8e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0549  putative Type II secretory pathway component PulD  27.98 
 
 		 581 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  27.83 
 
 		 569 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1384  type II and III secretion system protein  27.38 
 
 		 563 aa  162  1e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.157655  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1343  Type II secretory pathway component PulD-like  28.36 
 
 		 546 aa  162  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.255385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0109  type II and III secretion system protein  27.85 
 
 		 547 aa  159  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.379094  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1007  type II and III secretion system protein  26.79 
 
 		 512 aa  151  4e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  26.1 
 
 		 506 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1227  PP family ATPase  25.06 
 
 		 508 aa  139  2e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1056  type II and III secretion system protein  24.89 
 
 		 541 aa  134  6e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0036675  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1647  general secretory pathway protein D  23.63 
 
 		 470 aa  129  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.948115  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1821  general secretory pathway protein D  23.24 
 
 		 470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.533467  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1467  general secretory pathway protein D  23 
 
 		 470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1036  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  23.67 
 
 		 506 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0500  type II secretion system protein, putative  24.33 
 
 		 500 aa  124  5e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.555962  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0390  putative type II protein secretion system D protein CtsD  23.04 
 
 		 463 aa  124  5e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0928  pilus (MSHA type) biogenesis protein MshL  28.1 
 
 		 574 aa  122  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0351042  normal  0.287685 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  28.53 
 
 		 736 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.82 
 
 		 803 aa  114  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  30.15 
 
 		 805 aa  112  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  29.56 
 
 		 807 aa  110  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0578  type II and III secretion system protein  25 
 
 		 527 aa  108  2e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000285943 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  29.39 
 
 		 672 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  31 
 
 		 791 aa  106  8e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  28.27 
 
 		 810 aa  106  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 793 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  29 
 
 		 787 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  29.67 
 
 		 686 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  27.97 
 
 		 702 aa  105  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  26.84 
 
 		 716 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3281  type II and III secretion system protein  25.62 
 
 		 915 aa  104  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  28.76 
 
 		 803 aa  104  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  27.49 
 
 		 675 aa  104  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  28.88 
 
 		 751 aa  103  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  29.66 
 
 		 763 aa  103  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  25.41 
 
 		 578 aa  103  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  31.01 
 
 		 745 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  24.5 
 
 		 710 aa  103  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1873  type II/III secretion system protein  29.75 
 
 		 482 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 		 781 aa  103  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2040  RhcC2  29.75 
 
 		 482 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.199191  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2459  type II/III secretion system protein  29.47 
 
 		 492 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.478191  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  26.82 
 
 		 738 aa  103  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1885  type II/III secretion system protein  29.75 
 
 		 482 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181819  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  28.18 
 
 		 787 aa  102  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  27.65 
 
 		 775 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0336  type II secretion system protein  29.11 
 
 		 482 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.377207  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  36.15 
 
 		 717 aa  102  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0825  RhcC2  29.11 
 
 		 482 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.667822  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1680  type II/III secretion system protein  29.11 
 
 		 482 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  29.04 
 
 		 771 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  29.03 
 
 		 803 aa  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  28.83 
 
 		 740 aa  101  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  29.04 
 
 		 777 aa  101  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  27.46 
 
 		 747 aa  100  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  28.7 
 
 		 700 aa  100  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  28.7 
 
 		 700 aa  100  9e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5909  type IVB pilus formation outer membrane protein  25.3 
 
 		 559 aa  99.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.918767  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.62 
 
 		 776 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  28.76 
 
 		 780 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 662 aa  100  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  29.11 
 
 		 814 aa  99.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  25.54 
 
 		 580 aa  99.8  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  28.77 
 
 		 781 aa  99.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  27.56 
 
 		 819 aa  99.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  27.44 
 
 		 658 aa  98.6  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>