More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2038 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  91.22 
 
 		 451 aa  786    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  68.57 
 
 		 557 aa  674    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  73.47 
 
 		 570 aa  670    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  100 
 
 		 516 aa  1051    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  98.45 
 
 		 516 aa  1034    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  62.96 
 
 		 525 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  62.75 
 
 		 525 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  62.75 
 
 		 525 aa  595  1e-169  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  61.51 
 
 		 564 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  62.88 
 
 		 529 aa  588  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  62.66 
 
 		 524 aa  588  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  61.51 
 
 		 564 aa  589  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  62.53 
 
 		 528 aa  588  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  61.72 
 
 		 561 aa  585  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  62.88 
 
 		 529 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.1 
 
 		 530 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  66.1 
 
 		 530 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  66.34 
 
 		 552 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  66.34 
 
 		 530 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  63.49 
 
 		 531 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.1 
 
 		 530 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  66.34 
 
 		 530 aa  578  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  66.1 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  50.64 
 
 		 547 aa  501  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  55.03 
 
 		 515 aa  487  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  53.94 
 
 		 504 aa  484  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  53.94 
 
 		 504 aa  484  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  54.53 
 
 		 524 aa  478  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  51.36 
 
 		 538 aa  478  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  53.08 
 
 		 467 aa  479  1e-134  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  51.52 
 
 		 511 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  55.42 
 
 		 578 aa  474  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2650  lytic transglycosylase, catalytic  57.6 
 
 		 514 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.012845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  50.81 
 
 		 509 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1021  lytic transglycosylase, catalytic  51.99 
 
 		 477 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.847474  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  46.08 
 
 		 518 aa  364  2e-99  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  54.8 
 
 		 512 aa  361  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  48.42 
 
 		 458 aa  327  3e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  42.57 
 
 		 543 aa  309  8e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  39.74 
 
 		 534 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  43.37 
 
 		 501 aa  302  7.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.07 
 
 		 530 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  39.22 
 
 		 498 aa  292  8e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  38.05 
 
 		 580 aa  285  2.0000000000000002e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  35.31 
 
 		 515 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  37.89 
 
 		 539 aa  282  1e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.09 
 
 		 534 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  40.49 
 
 		 556 aa  280  5e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  38.22 
 
 		 473 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  35.8 
 
 		 492 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  38.95 
 
 		 476 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  37.95 
 
 		 476 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  38.5 
 
 		 476 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  34.3 
 
 		 485 aa  263  6e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.96 
 
 		 532 aa  262  8.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.7 
 
 		 554 aa  262  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  33.47 
 
 		 548 aa  260  5.0000000000000005e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  38.97 
 
 		 446 aa  258  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  36.38 
 
 		 552 aa  253  4.0000000000000004e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  34.56 
 
 		 553 aa  251  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  33.77 
 
 		 511 aa  250  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  45.99 
 
 		 1001 aa  249  6e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  45.05 
 
 		 1021 aa  249  6e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  34.97 
 
 		 515 aa  247  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  35.19 
 
 		 515 aa  246  8e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  34.82 
 
 		 515 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  34.52 
 
 		 515 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  33.85 
 
 		 515 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  33.85 
 
 		 515 aa  243  5e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  33.85 
 
 		 515 aa  243  7e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  34.11 
 
 		 519 aa  242  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  33.85 
 
 		 514 aa  241  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0498  Lytic transglycosylase catalytic  34.01 
 
 		 527 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.112584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  34.07 
 
 		 519 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  34.07 
 
 		 479 aa  240  5e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  34.07 
 
 		 479 aa  240  5e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1945  lytic transglycosylase  36.12 
 
 		 445 aa  239  5.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106918  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  41.51 
 
 		 562 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  35.64 
 
 		 524 aa  239  8e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  32.58 
 
 		 518 aa  239  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  33.41 
 
 		 519 aa  239  1e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.59 
 
 		 517 aa  238  2e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  35.77 
 
 		 474 aa  238  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  37.92 
 
 		 550 aa  238  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  46.44 
 
 		 1079 aa  233  8.000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.62 
 
 		 472 aa  231  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  30.92 
 
 		 517 aa  231  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.62 
 
 		 459 aa  231  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  31.96 
 
 		 517 aa  230  4e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.68 
 
 		 455 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.48 
 
 		 455 aa  230  6e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  31.57 
 
 		 527 aa  228  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.22 
 
 		 475 aa  227  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  32.65 
 
 		 499 aa  227  4e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.2 
 
 		 457 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  30.98 
 
 		 528 aa  226  9e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.53 
 
 		 452 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.53 
 
 		 452 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  32.53 
 
 		 452 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  32.53 
 
 		 452 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>