295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0003 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  91.8 
 
 		 378 aa  686    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  100 
 
 		 378 aa  747    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  86.51 
 
 		 379 aa  649    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  82.76 
 
 		 379 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  80.69 
 
 		 378 aa  611  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  81.53 
 
 		 379 aa  570  1e-161  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  76.27 
 
 		 385 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  58.31 
 
 		 378 aa  374  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  56.12 
 
 		 385 aa  370  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.88 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  55.23 
 
 		 398 aa  368  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.35 
 
 		 382 aa  368  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  55.74 
 
 		 384 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.23 
 
 		 384 aa  363  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.26 
 
 		 385 aa  362  6e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  50.41 
 
 		 374 aa  346  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  51.35 
 
 		 374 aa  345  1e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  51.62 
 
 		 391 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  50.14 
 
 		 374 aa  342  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  50.54 
 
 		 384 aa  322  6e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  51.21 
 
 		 412 aa  317  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  50 
 
 		 384 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  49.46 
 
 		 387 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  49.73 
 
 		 409 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  50.27 
 
 		 403 aa  305  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  46.13 
 
 		 378 aa  293  2e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  48.12 
 
 		 356 aa  265  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  46.72 
 
 		 363 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  46.17 
 
 		 368 aa  259  8e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  45.17 
 
 		 375 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  46.3 
 
 		 363 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  42.16 
 
 		 361 aa  250  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  41.21 
 
 		 375 aa  246  6.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  47.59 
 
 		 357 aa  240  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.97 
 
 		 384 aa  240  2.9999999999999997e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  40.33 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  44.65 
 
 		 392 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  40.37 
 
 		 358 aa  219  5e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.53 
 
 		 369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  42.16 
 
 		 373 aa  206  6e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  42.97 
 
 		 379 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.46 
 
 		 372 aa  186  5e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.59 
 
 		 372 aa  182  1e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  27.57 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  30.42 
 
 		 349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  29.44 
 
 		 360 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  29.44 
 
 		 360 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  29.63 
 
 		 360 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  27.56 
 
 		 365 aa  123  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  29.18 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  27.79 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  27.79 
 
 		 360 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  27.79 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  29.37 
 
 		 360 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  29.11 
 
 		 370 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  28.01 
 
 		 360 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  27.69 
 
 		 360 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.6 
 
 		 377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  27.63 
 
 		 360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  24.8 
 
 		 366 aa  114  4.0000000000000004e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  28.12 
 
 		 360 aa  113  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  29.7 
 
 		 398 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  28.27 
 
 		 360 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.33 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.58 
 
 		 376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  25.2 
 
 		 374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  25.59 
 
 		 374 aa  110  5e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  32.98 
 
 		 366 aa  110  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.44 
 
 		 373 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  25.71 
 
 		 370 aa  108  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.96 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  27.25 
 
 		 368 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  25.98 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25.4 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.44 
 
 		 372 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  24.87 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  25.13 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  25.67 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  27.08 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  26.39 
 
 		 359 aa  103  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  32.71 
 
 		 390 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  25.53 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.72 
 
 		 377 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  25.53 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  23.51 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.11 
 
 		 372 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  24.87 
 
 		 370 aa  99.8  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  28.46 
 
 		 361 aa  99.8  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  28.31 
 
 		 361 aa  100  6e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  24.87 
 
 		 370 aa  99.8  6e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  26.12 
 
 		 357 aa  99.4  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.53 
 
 		 386 aa  99  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  29.41 
 
 		 347 aa  99.4  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  26.12 
 
 		 371 aa  99  1e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  25 
 
 		 338 aa  99  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  28.21 
 
 		 392 aa  98.6  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  25.66 
 
 		 363 aa  98.2  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  29.24 
 
 		 367 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.46 
 
 		 369 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.93 
 
 		 353 aa  98.2  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>