296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4092 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  100 
 
 		 374 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  95.72 
 
 		 374 aa  717    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  73.92 
 
 		 409 aa  546  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  73.39 
 
 		 374 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  56.27 
 
 		 391 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  58.71 
 
 		 384 aa  404  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  58.18 
 
 		 384 aa  399  9.999999999999999e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  58.18 
 
 		 387 aa  397  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  56.45 
 
 		 412 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  50.93 
 
 		 378 aa  354  1e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.27 
 
 		 382 aa  348  8e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  50 
 
 		 382 aa  347  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  50.41 
 
 		 378 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  50.53 
 
 		 385 aa  342  7e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  49.86 
 
 		 378 aa  341  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.53 
 
 		 384 aa  340  2e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.87 
 
 		 385 aa  339  5e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  50.27 
 
 		 379 aa  335  5e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  49.59 
 
 		 379 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  49.73 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  47.97 
 
 		 378 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  50.68 
 
 		 384 aa  330  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  49.73 
 
 		 398 aa  322  5e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  50.13 
 
 		 378 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  48.66 
 
 		 379 aa  309  4e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  47.68 
 
 		 368 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  47.96 
 
 		 363 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  47.14 
 
 		 363 aa  286  4e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  47.15 
 
 		 403 aa  285  8e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  49.46 
 
 		 356 aa  281  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  44.84 
 
 		 375 aa  277  2e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  47.23 
 
 		 357 aa  265  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  45.53 
 
 		 357 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  45.57 
 
 		 369 aa  260  2e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  42.42 
 
 		 361 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  43.83 
 
 		 375 aa  257  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  45.6 
 
 		 358 aa  253  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.99 
 
 		 384 aa  246  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  44.97 
 
 		 392 aa  245  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  42.47 
 
 		 379 aa  235  9e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.51 
 
 		 373 aa  219  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  29.19 
 
 		 365 aa  166  8e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  29.95 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  28.91 
 
 		 372 aa  162  7e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  32.25 
 
 		 349 aa  139  1e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.02 
 
 		 386 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.72 
 
 		 372 aa  132  9e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  28.42 
 
 		 359 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  29.64 
 
 		 369 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  28.11 
 
 		 369 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  29.69 
 
 		 370 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.87 
 
 		 369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.54 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  26.9 
 
 		 369 aa  124  4e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  26.22 
 
 		 366 aa  123  4e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  26.7 
 
 		 367 aa  122  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  28.01 
 
 		 367 aa  122  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.87 
 
 		 398 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  27.64 
 
 		 357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.08 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  27.37 
 
 		 359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  28.61 
 
 		 367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.07 
 
 		 376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  30.35 
 
 		 349 aa  119  7e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  29.46 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.02 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  31.71 
 
 		 358 aa  119  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  26.76 
 
 		 359 aa  118  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  28.98 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  28.69 
 
 		 367 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  24.74 
 
 		 374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  29 
 
 		 361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  28.98 
 
 		 367 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  27.51 
 
 		 363 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  27.08 
 
 		 363 aa  116  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  28.84 
 
 		 357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.33 
 
 		 367 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  28.84 
 
 		 357 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  25.45 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.48 
 
 		 372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  29.01 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.18 
 
 		 373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  29.13 
 
 		 367 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  29.82 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  27.79 
 
 		 368 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  28.73 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  27.35 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.52 
 
 		 377 aa  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  28.46 
 
 		 361 aa  112  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  28.46 
 
 		 361 aa  112  7.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  22.97 
 
 		 359 aa  113  7.000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  28.38 
 
 		 357 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  27.47 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>