More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0003 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  100 
 
 		 379 aa  753    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  86.24 
 
 		 378 aa  650    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  86.51 
 
 		 378 aa  649    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  80.16 
 
 		 378 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  79.95 
 
 		 379 aa  597  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  79.68 
 
 		 379 aa  554  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  74.2 
 
 		 385 aa  548  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  56.27 
 
 		 398 aa  370  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  56.84 
 
 		 378 aa  368  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.47 
 
 		 382 aa  364  2e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.11 
 
 		 385 aa  361  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  54.52 
 
 		 384 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  54.67 
 
 		 382 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.57 
 
 		 385 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  55.25 
 
 		 384 aa  355  1e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  52.83 
 
 		 374 aa  342  5e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  51.21 
 
 		 391 aa  338  9.999999999999999e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  50.27 
 
 		 374 aa  335  5e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  50 
 
 		 374 aa  332  9e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  50.94 
 
 		 384 aa  315  6e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  50.94 
 
 		 412 aa  315  9e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  50.4 
 
 		 384 aa  311  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  51.21 
 
 		 403 aa  310  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  50.13 
 
 		 387 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  49.46 
 
 		 409 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  46.76 
 
 		 378 aa  290  3e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  47.34 
 
 		 356 aa  271  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  44.47 
 
 		 375 aa  255  8e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  42.74 
 
 		 375 aa  252  7e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  42.7 
 
 		 361 aa  249  7e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  44.54 
 
 		 363 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  46.76 
 
 		 357 aa  247  3e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  44.26 
 
 		 368 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  44.11 
 
 		 363 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  44.36 
 
 		 392 aa  236  6e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.19 
 
 		 384 aa  234  2.0000000000000002e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  42.86 
 
 		 358 aa  226  5.0000000000000005e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.77 
 
 		 369 aa  223  4e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  40.45 
 
 		 357 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  43.13 
 
 		 373 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  40.91 
 
 		 379 aa  199  9e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.13 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.51 
 
 		 372 aa  179  4.999999999999999e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  26.15 
 
 		 365 aa  156  5.0000000000000005e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  30.34 
 
 		 349 aa  138  2e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  28.31 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  28.31 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  28.31 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  29.02 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  29.02 
 
 		 360 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  28.57 
 
 		 370 aa  122  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  28.76 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  28.76 
 
 		 360 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  28.17 
 
 		 360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  27.91 
 
 		 360 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.8 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.79 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.3 
 
 		 398 aa  116  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  26.26 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  29.63 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.23 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  28.8 
 
 		 360 aa  113  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  32.64 
 
 		 366 aa  112  8.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  26.39 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  28.72 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.44 
 
 		 374 aa  111  3e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.45 
 
 		 376 aa  110  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  24.4 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  28.2 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  27.69 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  25.53 
 
 		 358 aa  107  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  27.13 
 
 		 368 aa  107  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  26.72 
 
 		 360 aa  106  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.36 
 
 		 390 aa  106  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25.19 
 
 		 369 aa  106  9e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  26.26 
 
 		 363 aa  105  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  29.14 
 
 		 361 aa  104  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  25.87 
 
 		 374 aa  104  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  29.14 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  26.74 
 
 		 371 aa  103  4e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  29.14 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  30.97 
 
 		 347 aa  103  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  26.05 
 
 		 338 aa  103  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  23.36 
 
 		 367 aa  102  8e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  25.53 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  28.84 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.27 
 
 		 386 aa  100  3e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  25.73 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  26.01 
 
 		 357 aa  100  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  27.93 
 
 		 361 aa  100  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  27.93 
 
 		 361 aa  100  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.26 
 
 		 378 aa  99.8  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  24.16 
 
 		 371 aa  99.8  8e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  25.92 
 
 		 357 aa  99.4  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  26.53 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.83 
 
 		 372 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  26.59 
 
 		 368 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  29.57 
 
 		 349 aa  98.2  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  25.98 
 
 		 359 aa  97.8  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  28.5 
 
 		 367 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>