More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_0003 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  100 
 
 		 391 aa  779    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  65.36 
 
 		 387 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  63.61 
 
 		 384 aa  444  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  63.35 
 
 		 384 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  56.5 
 
 		 374 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  56.27 
 
 		 374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  56.84 
 
 		 374 aa  404  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  57.67 
 
 		 409 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  54.93 
 
 		 378 aa  385  1e-106  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  56.04 
 
 		 412 aa  380  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.25 
 
 		 382 aa  365  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  51.06 
 
 		 382 aa  355  1e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  51.35 
 
 		 385 aa  354  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  52.56 
 
 		 378 aa  352  5e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  50.27 
 
 		 385 aa  347  1e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  51.35 
 
 		 379 aa  345  6e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.8 
 
 		 384 aa  345  7e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  50.53 
 
 		 385 aa  345  8e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  51.62 
 
 		 378 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  51.21 
 
 		 379 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  50 
 
 		 378 aa  336  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  49.49 
 
 		 398 aa  335  5.999999999999999e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  50.27 
 
 		 384 aa  332  9e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  52.16 
 
 		 379 aa  328  7e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  53.49 
 
 		 378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  52.55 
 
 		 356 aa  311  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  49.06 
 
 		 403 aa  283  5.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  47.28 
 
 		 368 aa  279  8e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  48.24 
 
 		 358 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  47.28 
 
 		 363 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  45.91 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  46.74 
 
 		 363 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  44.09 
 
 		 375 aa  269  5e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  48 
 
 		 384 aa  269  5e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  47.66 
 
 		 392 aa  263  4.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  48.68 
 
 		 357 aa  260  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  46.51 
 
 		 369 aa  259  4e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  43.32 
 
 		 361 aa  258  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  45.73 
 
 		 357 aa  256  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  43.52 
 
 		 379 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  43.16 
 
 		 373 aa  217  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  29.26 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  31.1 
 
 		 365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.59 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  30.25 
 
 		 349 aa  147  3e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.17 
 
 		 370 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.36 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.51 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.76 
 
 		 376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  31.75 
 
 		 398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.38 
 
 		 369 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.51 
 
 		 372 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.81 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.25 
 
 		 372 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.13 
 
 		 362 aa  126  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  28.49 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  30.69 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  25.34 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  28.49 
 
 		 374 aa  124  2e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  25.34 
 
 		 366 aa  124  2e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.28 
 
 		 377 aa  122  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  31.76 
 
 		 394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.85 
 
 		 401 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  26.99 
 
 		 370 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  26.99 
 
 		 370 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.07 
 
 		 374 aa  120  3e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25.61 
 
 		 369 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  28.73 
 
 		 363 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  25.69 
 
 		 369 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  25.6 
 
 		 371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  26.59 
 
 		 373 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  117  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  26.04 
 
 		 375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  28.49 
 
 		 367 aa  117  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.71 
 
 		 360 aa  116  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.89 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  25.63 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  25.63 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  25.35 
 
 		 360 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  28.53 
 
 		 367 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  25.71 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  26.18 
 
 		 360 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.43 
 
 		 402 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.59 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.71 
 
 		 358 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  25.14 
 
 		 374 aa  111  3e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  28.53 
 
 		 349 aa  111  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  26.69 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  28.75 
 
 		 401 aa  110  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  32.08 
 
 		 404 aa  110  5e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.78 
 
 		 397 aa  110  5e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.42 
 
 		 373 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>