287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0003 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 382 aa  732    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  93.19 
 
 		 382 aa  690    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  79.14 
 
 		 384 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  79.3 
 
 		 385 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  77.93 
 
 		 385 aa  568  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  78.8 
 
 		 384 aa  556  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  58.93 
 
 		 398 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  55.88 
 
 		 378 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  56.12 
 
 		 379 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  55.88 
 
 		 378 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  55.47 
 
 		 379 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  52.25 
 
 		 391 aa  364  2e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  54.28 
 
 		 385 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  54.28 
 
 		 378 aa  361  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  56.8 
 
 		 403 aa  353  2e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  50 
 
 		 374 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  58.45 
 
 		 378 aa  347  2e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  49.73 
 
 		 374 aa  345  6e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  55.35 
 
 		 379 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  50.4 
 
 		 374 aa  333  3e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  51.59 
 
 		 409 aa  332  9e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  53.19 
 
 		 412 aa  322  8e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  49.07 
 
 		 384 aa  315  9.999999999999999e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  48.81 
 
 		 384 aa  312  5.999999999999999e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  48.81 
 
 		 387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  44.77 
 
 		 378 aa  282  6.000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  51.53 
 
 		 356 aa  265  8e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  49.2 
 
 		 357 aa  260  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  45.7 
 
 		 363 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  45.7 
 
 		 368 aa  252  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  44.05 
 
 		 375 aa  247  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  44.89 
 
 		 363 aa  246  4e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  44.08 
 
 		 357 aa  243  5e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  44.88 
 
 		 375 aa  242  7e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  41.96 
 
 		 361 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  46.52 
 
 		 369 aa  222  8e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.05 
 
 		 384 aa  222  9e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.99 
 
 		 358 aa  219  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  42.71 
 
 		 379 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  40.58 
 
 		 392 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.29 
 
 		 373 aa  187  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  29.19 
 
 		 372 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  26.24 
 
 		 372 aa  161  2e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  26.84 
 
 		 365 aa  155  8e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.25 
 
 		 370 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.94 
 
 		 386 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  28.42 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  30.38 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  29.84 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.5 
 
 		 372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  27.96 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  27.96 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.22 
 
 		 372 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.07 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.08 
 
 		 376 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  27.59 
 
 		 358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.82 
 
 		 373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  28.23 
 
 		 361 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  24.8 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.2 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  24.87 
 
 		 365 aa  107  4e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  29 
 
 		 367 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.31 
 
 		 367 aa  107  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  27.82 
 
 		 367 aa  106  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.86 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.34 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  27.05 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  27.84 
 
 		 368 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  26.27 
 
 		 365 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  28 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  27.53 
 
 		 367 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  28.49 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  25.13 
 
 		 359 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  27.9 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  26.2 
 
 		 364 aa  104  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  25.13 
 
 		 357 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  28.46 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  28.46 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  27.93 
 
 		 360 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  27.93 
 
 		 360 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  27.93 
 
 		 360 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  27.76 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  23.32 
 
 		 371 aa  102  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  26.89 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  27.76 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  28.85 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  25.71 
 
 		 360 aa  102  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.91 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  27.93 
 
 		 360 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  25.33 
 
 		 363 aa  101  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  27.87 
 
 		 369 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  27.43 
 
 		 357 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>