More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2800 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  100 
 
 		 356 aa  684    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  59.78 
 
 		 369 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  57.26 
 
 		 357 aa  337  1.9999999999999998e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  52.55 
 
 		 391 aa  325  6e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  52.29 
 
 		 384 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  53.1 
 
 		 412 aa  317  3e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  52.02 
 
 		 384 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  50.95 
 
 		 387 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  49.73 
 
 		 374 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  49.46 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  49.18 
 
 		 374 aa  296  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  49.2 
 
 		 378 aa  292  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  48.27 
 
 		 379 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.87 
 
 		 385 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  47.34 
 
 		 379 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  51.53 
 
 		 382 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  49.47 
 
 		 385 aa  281  1e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  49.87 
 
 		 384 aa  280  2e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  50.28 
 
 		 382 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  48.12 
 
 		 378 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  49.46 
 
 		 409 aa  277  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  49.31 
 
 		 384 aa  276  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  46.38 
 
 		 378 aa  272  6e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  46.77 
 
 		 385 aa  269  4e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  49.73 
 
 		 392 aa  269  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  47.31 
 
 		 398 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  45.36 
 
 		 378 aa  268  1e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  48.31 
 
 		 358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  48.66 
 
 		 378 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  47.5 
 
 		 363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  46.67 
 
 		 368 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  48.13 
 
 		 363 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  47.17 
 
 		 379 aa  249  5e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  46.45 
 
 		 357 aa  244  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  47.03 
 
 		 403 aa  241  1e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  43.1 
 
 		 361 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  48.04 
 
 		 375 aa  233  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  43.64 
 
 		 375 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.41 
 
 		 384 aa  231  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  47.04 
 
 		 373 aa  231  1e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  46.24 
 
 		 379 aa  228  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.9 
 
 		 372 aa  179  8e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.03 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  27.86 
 
 		 365 aa  155  9e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  31.01 
 
 		 349 aa  137  3.0000000000000003e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.54 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  25 
 
 		 362 aa  134  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.75 
 
 		 377 aa  133  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.13 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.98 
 
 		 370 aa  127  2.0000000000000002e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  29.46 
 
 		 370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  32.86 
 
 		 364 aa  126  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  27.35 
 
 		 360 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.05 
 
 		 377 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.46 
 
 		 376 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  30.97 
 
 		 392 aa  119  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  28.3 
 
 		 359 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  32.61 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  27.76 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  27 
 
 		 357 aa  118  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.8 
 
 		 369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.64 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.14 
 
 		 386 aa  116  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  29.86 
 
 		 364 aa  116  5e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  25.28 
 
 		 369 aa  116  6e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  27.82 
 
 		 357 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.9 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  27 
 
 		 357 aa  115  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.23 
 
 		 371 aa  115  8.999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.17 
 
 		 382 aa  115  8.999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  27.07 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  26.2 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0596  DNA replication and repair protein RecF  30.84 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  27.07 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  27.07 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  27.07 
 
 		 360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  27.59 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  26.72 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  29.6 
 
 		 361 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  29.89 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  27 
 
 		 360 aa  114  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  29.07 
 
 		 364 aa  114  3e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  29.6 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  28.13 
 
 		 359 aa  114  4.0000000000000004e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  29.41 
 
 		 398 aa  113  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  27.67 
 
 		 360 aa  113  6e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  23.34 
 
 		 361 aa  113  6e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  23.34 
 
 		 361 aa  113  6e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  26.69 
 
 		 360 aa  113  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  26.67 
 
 		 360 aa  112  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  29.4 
 
 		 361 aa  112  9e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  27.22 
 
 		 359 aa  112  9e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  26.7 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.54 
 
 		 360 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  29.48 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  24.53 
 
 		 375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  29.68 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  26.67 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  29.48 
 
 		 361 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  26.67 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>