More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4228 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  100 
 
 		 357 aa  737    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  99.72 
 
 		 357 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  99.72 
 
 		 357 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  100 
 
 		 357 aa  737    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  94.96 
 
 		 357 aa  706    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  94.4 
 
 		 357 aa  704    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  95.24 
 
 		 357 aa  707    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  99.44 
 
 		 357 aa  733    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  82.25 
 
 		 361 aa  617  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  80.56 
 
 		 361 aa  603  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  79.78 
 
 		 361 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  79.78 
 
 		 361 aa  601  1.0000000000000001e-171  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  80.06 
 
 		 361 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  80.28 
 
 		 361 aa  601  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  80.28 
 
 		 361 aa  601  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  78.93 
 
 		 361 aa  594  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  56.58 
 
 		 358 aa  447  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  57.02 
 
 		 359 aa  436  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  54.78 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  54.78 
 
 		 357 aa  411  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  53.89 
 
 		 363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  47.9 
 
 		 359 aa  350  1e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  47.06 
 
 		 360 aa  349  5e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  46.78 
 
 		 365 aa  343  4e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  45.66 
 
 		 360 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  46.22 
 
 		 360 aa  339  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  45.94 
 
 		 360 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  45.94 
 
 		 360 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  45.94 
 
 		 360 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  45.94 
 
 		 360 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  45.94 
 
 		 360 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  45.94 
 
 		 360 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  45.66 
 
 		 360 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  45.94 
 
 		 360 aa  334  1e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  46.22 
 
 		 360 aa  332  5e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  44.82 
 
 		 360 aa  330  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  45.38 
 
 		 360 aa  325  6e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  44.26 
 
 		 360 aa  324  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  42.22 
 
 		 367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  41.48 
 
 		 367 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  41.21 
 
 		 367 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  41.21 
 
 		 367 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.56 
 
 		 367 aa  279  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  40.66 
 
 		 369 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  40.93 
 
 		 367 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  40.28 
 
 		 367 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  40.38 
 
 		 369 aa  276  5e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  39.84 
 
 		 367 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  40.44 
 
 		 365 aa  268  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  39.17 
 
 		 361 aa  266  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.5 
 
 		 363 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  38.87 
 
 		 368 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.34 
 
 		 362 aa  239  4e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  37.74 
 
 		 367 aa  237  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  34.53 
 
 		 353 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  34.53 
 
 		 353 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.22 
 
 		 360 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  35.14 
 
 		 357 aa  225  8e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  35.14 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  34.64 
 
 		 338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.15 
 
 		 373 aa  218  8.999999999999998e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  35.34 
 
 		 363 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  39.78 
 
 		 359 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.73 
 
 		 377 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.29 
 
 		 354 aa  201  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  34.93 
 
 		 349 aa  186  5e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  33.52 
 
 		 364 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  33.97 
 
 		 364 aa  183  3e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  33.97 
 
 		 364 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  33.15 
 
 		 365 aa  176  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.07 
 
 		 370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.59 
 
 		 402 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.25 
 
 		 350 aa  160  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0002  DNA replication and repair protein RecF  32.25 
 
 		 350 aa  160  5e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.73 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  31 
 
 		 373 aa  151  1e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.88 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.78 
 
 		 404 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  0.00000172391 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  28.84 
 
 		 364 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 		 364 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  27.82 
 
 		 368 aa  145  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  26.98 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.79 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  30.71 
 
 		 363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  26.67 
 
 		 374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  24.46 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  24.46 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.47 
 
 		 360 aa  133  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  23.99 
 
 		 371 aa  133  6e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  27.78 
 
 		 370 aa  133  6e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.4 
 
 		 386 aa  132  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  26.61 
 
 		 375 aa  132  6.999999999999999e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>