278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0004 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  95.53 
 
 		 384 aa  710    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 385 aa  746    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  96.36 
 
 		 385 aa  721    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  83.06 
 
 		 384 aa  591  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  77.93 
 
 		 382 aa  568  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  77.39 
 
 		 382 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  57.95 
 
 		 398 aa  382  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  55.65 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  56.12 
 
 		 378 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  54.76 
 
 		 379 aa  362  6e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  55.11 
 
 		 379 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  54.01 
 
 		 385 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  52.94 
 
 		 378 aa  358  9.999999999999999e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  57.07 
 
 		 403 aa  352  5.9999999999999994e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  50.27 
 
 		 391 aa  347  3e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  56.95 
 
 		 378 aa  345  8.999999999999999e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  49.87 
 
 		 374 aa  339  5e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  54.69 
 
 		 379 aa  338  7e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  49.07 
 
 		 374 aa  336  5e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  49.46 
 
 		 374 aa  327  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  50.27 
 
 		 409 aa  317  3e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  53.1 
 
 		 412 aa  314  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  49.61 
 
 		 384 aa  313  2.9999999999999996e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  50.13 
 
 		 387 aa  312  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  49.09 
 
 		 384 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  44.15 
 
 		 378 aa  275  9e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  49.87 
 
 		 356 aa  265  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  48.66 
 
 		 357 aa  263  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  45.08 
 
 		 375 aa  249  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  44.39 
 
 		 363 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  44.08 
 
 		 357 aa  245  8e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  43.94 
 
 		 363 aa  242  9e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  43.85 
 
 		 368 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  42.23 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.58 
 
 		 358 aa  229  8e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.44 
 
 		 384 aa  227  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  39.4 
 
 		 361 aa  228  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  46.13 
 
 		 369 aa  226  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  42.6 
 
 		 392 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.35 
 
 		 373 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  41.81 
 
 		 379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  27.55 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  28.36 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  26.54 
 
 		 365 aa  145  2e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.94 
 
 		 386 aa  127  5e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  31.46 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  30.23 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.77 
 
 		 376 aa  119  9e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.7 
 
 		 369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  30.38 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  30.11 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.4 
 
 		 372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.4 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  29.03 
 
 		 361 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.35 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  28.76 
 
 		 361 aa  112  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.95 
 
 		 369 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  25.4 
 
 		 365 aa  110  5e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  28.27 
 
 		 367 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 382 aa  109  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  28.75 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  27.85 
 
 		 367 aa  106  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  27.92 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  28.07 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  26.01 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.53 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  26.08 
 
 		 358 aa  105  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  27.81 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  27.81 
 
 		 357 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.37 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  27.81 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  27.81 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  28.07 
 
 		 357 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  26.01 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  28.72 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.03 
 
 		 362 aa  103  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.41 
 
 		 357 aa  103  7e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  28.37 
 
 		 369 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  27.44 
 
 		 357 aa  102  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.43 
 
 		 364 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  28.46 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.35 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  27.81 
 
 		 357 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.37 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  25.99 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  28.33 
 
 		 365 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  28.93 
 
 		 365 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  27.2 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  32.26 
 
 		 347 aa  100  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  21.76 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.97 
 
 		 373 aa  99.4  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.93 
 
 		 360 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.07 
 
 		 365 aa  98.2  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>