295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0004 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  100 
 
 		 378 aa  751    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  80.69 
 
 		 378 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  80.75 
 
 		 378 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  80.16 
 
 		 379 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  79.2 
 
 		 379 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  73.94 
 
 		 385 aa  560  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  78.63 
 
 		 379 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  56.84 
 
 		 398 aa  379  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  56.99 
 
 		 378 aa  368  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  53.87 
 
 		 382 aa  363  3e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  54.28 
 
 		 382 aa  361  1e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.94 
 
 		 385 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  54.49 
 
 		 384 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  52.82 
 
 		 385 aa  355  8.999999999999999e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  52.83 
 
 		 384 aa  353  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  51.08 
 
 		 374 aa  343  2e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  50 
 
 		 391 aa  336  5e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  47.97 
 
 		 374 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  47.7 
 
 		 374 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  50.81 
 
 		 403 aa  315  8e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  49.87 
 
 		 384 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  48.79 
 
 		 412 aa  313  2.9999999999999996e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  49.6 
 
 		 384 aa  311  2e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  48.92 
 
 		 387 aa  310  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  47.03 
 
 		 409 aa  294  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  44.99 
 
 		 378 aa  277  3e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  46.38 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  40.93 
 
 		 375 aa  249  6e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  44.79 
 
 		 363 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  43.41 
 
 		 368 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  43.21 
 
 		 363 aa  246  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  40.87 
 
 		 361 aa  243  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  43.92 
 
 		 375 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  46.13 
 
 		 357 aa  233  5e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  44 
 
 		 384 aa  228  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  40.57 
 
 		 357 aa  226  6e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.53 
 
 		 358 aa  223  4.9999999999999996e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  41.8 
 
 		 392 aa  218  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  43.55 
 
 		 369 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.64 
 
 		 373 aa  209  5e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  41.08 
 
 		 379 aa  196  7e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  31 
 
 		 372 aa  190  4e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  29.38 
 
 		 372 aa  179  7e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  25.95 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  29.39 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  28.39 
 
 		 360 aa  119  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  28.39 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  28.39 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  28.28 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  27.51 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  27.91 
 
 		 360 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  27.91 
 
 		 360 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  27.91 
 
 		 360 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  26.55 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  27.91 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.15 
 
 		 360 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  26.88 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  27.42 
 
 		 360 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.11 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  26.68 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  26.06 
 
 		 358 aa  106  7e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  26.26 
 
 		 368 aa  105  9e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  25.86 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  25.65 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  25.39 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  25.46 
 
 		 357 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  23.42 
 
 		 367 aa  103  4e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  25.46 
 
 		 357 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  24.73 
 
 		 359 aa  103  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.17 
 
 		 376 aa  103  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.67 
 
 		 372 aa  102  9e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0230  DNA replication and repair protein RecF  25.4 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000612971  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  24.34 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  24.86 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  29.47 
 
 		 364 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  27.88 
 
 		 360 aa  100  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  27.71 
 
 		 392 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  24.14 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  24.62 
 
 		 374 aa  100  6e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  25.78 
 
 		 359 aa  99.8  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  23.8 
 
 		 366 aa  99.8  8e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  25.92 
 
 		 357 aa  99.8  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  25.85 
 
 		 360 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  26.2 
 
 		 398 aa  97.8  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  29.61 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  21.63 
 
 		 386 aa  95.1  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  24.8 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.98 
 
 		 373 aa  94.4  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.01 
 
 		 353 aa  93.6  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  28.99 
 
 		 347 aa  93.2  6e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.1 
 
 		 359 aa  93.2  6e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  26.55 
 
 		 365 aa  92.4  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  24.65 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  27.79 
 
 		 370 aa  91.3  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0596  DNA replication and repair protein RecF  27.65 
 
 		 351 aa  90.9  3e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.37 
 
 		 390 aa  90.5  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 		 368 aa  90.1  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  25.07 
 
 		 359 aa  89.7  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  23.75 
 
 		 360 aa  89.7  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>