More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0003 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  100 
 
 		 360 aa  735    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  82.5 
 
 		 360 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  82.22 
 
 		 360 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  82.22 
 
 		 360 aa  624  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  82.22 
 
 		 360 aa  623  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  81.39 
 
 		 360 aa  617  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  81.39 
 
 		 360 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  81.94 
 
 		 360 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  81.94 
 
 		 360 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  81.67 
 
 		 360 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  80 
 
 		 360 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  81.67 
 
 		 360 aa  594  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  80 
 
 		 365 aa  595  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  79.17 
 
 		 360 aa  593  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  78.61 
 
 		 360 aa  593  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  77.31 
 
 		 360 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  48.88 
 
 		 361 aa  361  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  49.16 
 
 		 361 aa  359  4e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  48.88 
 
 		 361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  48.88 
 
 		 361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  48.18 
 
 		 359 aa  353  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  48.6 
 
 		 361 aa  353  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  47.49 
 
 		 361 aa  352  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  48.18 
 
 		 357 aa  352  5.9999999999999994e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  47.21 
 
 		 361 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  47.21 
 
 		 361 aa  350  2e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  47.06 
 
 		 357 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  47.06 
 
 		 357 aa  349  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  47.06 
 
 		 357 aa  349  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  47.06 
 
 		 357 aa  349  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  46.93 
 
 		 359 aa  347  3e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  346  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  46.78 
 
 		 357 aa  345  7e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  46.78 
 
 		 357 aa  343  2e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  46.5 
 
 		 357 aa  343  4e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  46.54 
 
 		 363 aa  341  1e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  45.4 
 
 		 359 aa  336  3.9999999999999995e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  44.94 
 
 		 358 aa  331  1e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  44.44 
 
 		 369 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  44.44 
 
 		 369 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.17 
 
 		 367 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  44.17 
 
 		 367 aa  319  5e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  43.61 
 
 		 367 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  43.61 
 
 		 367 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  43.89 
 
 		 367 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  43.61 
 
 		 367 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  43.06 
 
 		 367 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  43.33 
 
 		 365 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  43.33 
 
 		 367 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  46.13 
 
 		 368 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  41 
 
 		 361 aa  291  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  37.85 
 
 		 357 aa  270  2.9999999999999997e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  37.57 
 
 		 357 aa  267  2e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.05 
 
 		 363 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.25 
 
 		 373 aa  258  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  38.51 
 
 		 338 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  37.47 
 
 		 367 aa  253  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.42 
 
 		 362 aa  243  3e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  35.79 
 
 		 364 aa  224  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.09 
 
 		 354 aa  223  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  36.64 
 
 		 363 aa  222  7e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  35.52 
 
 		 353 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.99 
 
 		 360 aa  222  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  37.64 
 
 		 359 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.7 
 
 		 377 aa  218  8.999999999999998e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  34.25 
 
 		 353 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  36.13 
 
 		 349 aa  216  4e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  35.54 
 
 		 365 aa  207  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  32.51 
 
 		 364 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  32.24 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.86 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.15 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.24 
 
 		 370 aa  178  1e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.05 
 
 		 402 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  30.22 
 
 		 368 aa  164  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.22 
 
 		 404 aa  161  2e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  0.00000172391 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.23 
 
 		 350 aa  155  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0002  DNA replication and repair protein RecF  33.23 
 
 		 350 aa  155  9e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.47 
 
 		 372 aa  146  6e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.6 
 
 		 364 aa  146  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  29.43 
 
 		 366 aa  146  7.0000000000000006e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  27.32 
 
 		 364 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  29.19 
 
 		 365 aa  143  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  26.76 
 
 		 358 aa  142  6e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  27.45 
 
 		 364 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  26.39 
 
 		 362 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.94 
 
 		 369 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.2 
 
 		 382 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  28.45 
 
 		 359 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  26.45 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  26.45 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  26.68 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25.61 
 
 		 369 aa  136  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>