286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2835 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  100 
 
 		 358 aa  706    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  59.94 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  55.83 
 
 		 375 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  59.04 
 
 		 363 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  58.38 
 
 		 363 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  58.47 
 
 		 368 aa  371  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  52.12 
 
 		 361 aa  338  9.999999999999999e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  51.1 
 
 		 412 aa  297  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  48.24 
 
 		 391 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  45.88 
 
 		 374 aa  255  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  45.6 
 
 		 374 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  48.31 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  45.45 
 
 		 384 aa  245  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  45.18 
 
 		 384 aa  242  7e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  44.35 
 
 		 374 aa  242  7e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  44.26 
 
 		 387 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.58 
 
 		 385 aa  229  7e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  41.18 
 
 		 378 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  41.6 
 
 		 385 aa  228  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  41.18 
 
 		 379 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  44.32 
 
 		 398 aa  227  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.58 
 
 		 384 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  42.86 
 
 		 379 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  46.89 
 
 		 369 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.3 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.45 
 
 		 384 aa  223  3e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  41.53 
 
 		 378 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  43.72 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.99 
 
 		 382 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  40.37 
 
 		 378 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  42.63 
 
 		 392 aa  218  8.999999999999998e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.71 
 
 		 382 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  41.82 
 
 		 375 aa  218  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  39.06 
 
 		 378 aa  215  9.999999999999999e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  43.82 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  40.66 
 
 		 384 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  41.21 
 
 		 378 aa  205  8e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  40.4 
 
 		 379 aa  199  7e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  31.28 
 
 		 372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  31.83 
 
 		 365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  38.67 
 
 		 403 aa  181  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  38.89 
 
 		 373 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  40.87 
 
 		 379 aa  169  7e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  32.25 
 
 		 372 aa  169  8e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  32.89 
 
 		 398 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  30.57 
 
 		 349 aa  122  9e-27  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.02 
 
 		 382 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  27.68 
 
 		 369 aa  119  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.63 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.79 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.95 
 
 		 372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  25.78 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.55 
 
 		 378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  24.45 
 
 		 362 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.18 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  29.56 
 
 		 392 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  23.08 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  28.33 
 
 		 365 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.3 
 
 		 370 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.27 
 
 		 390 aa  107  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 372 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  25.85 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.83 
 
 		 369 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  24.86 
 
 		 375 aa  106  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  24.57 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  24.57 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  24.57 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  27.81 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  24.57 
 
 		 375 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  24.57 
 
 		 375 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.34 
 
 		 397 aa  103  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  24.29 
 
 		 375 aa  103  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  24.29 
 
 		 375 aa  103  5e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  24.29 
 
 		 375 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  31.68 
 
 		 394 aa  103  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.16 
 
 		 370 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.27 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.35 
 
 		 358 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  23.82 
 
 		 375 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.73 
 
 		 382 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  24.29 
 
 		 355 aa  100  3e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  26.05 
 
 		 369 aa  100  5e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.56 
 
 		 399 aa  100  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  30.86 
 
 		 387 aa  99.8  7e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.5 
 
 		 372 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25.42 
 
 		 359 aa  99.8  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 		 372 aa  99.4  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.4 
 
 		 374 aa  98.6  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  26.7 
 
 		 374 aa  99  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  32.04 
 
 		 377 aa  98.2  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  23.06 
 
 		 361 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  23.06 
 
 		 361 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.92 
 
 		 377 aa  96.3  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.85 
 
 		 371 aa  95.9  8e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.78 
 
 		 364 aa  95.9  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  23.56 
 
 		 373 aa  95.9  9e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.33 
 
 		 373 aa  95.5  1e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  23.96 
 
 		 369 aa  94.7  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  26.32 
 
 		 368 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.54 
 
 		 365 aa  94.7  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>