291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0003 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  88.28 
 
 		 367 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 367 aa  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  98.37 
 
 		 367 aa  741    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  91.55 
 
 		 367 aa  698    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  85.29 
 
 		 367 aa  655    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  88.28 
 
 		 367 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  88.28 
 
 		 367 aa  673    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  88.01 
 
 		 367 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  82.04 
 
 		 369 aa  625  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  81.77 
 
 		 369 aa  623  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  81.32 
 
 		 365 aa  607  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  52.78 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  48.33 
 
 		 368 aa  351  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  45 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  45 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  45 
 
 		 360 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  45 
 
 		 360 aa  322  8e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  44.44 
 
 		 360 aa  320  3e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  44.17 
 
 		 360 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  45 
 
 		 360 aa  317  2e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  45.28 
 
 		 360 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  45.28 
 
 		 360 aa  317  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  44.72 
 
 		 360 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  44.2 
 
 		 360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  42.78 
 
 		 360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  42.78 
 
 		 360 aa  295  8e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  43.7 
 
 		 373 aa  294  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  41 
 
 		 359 aa  294  2e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  41.73 
 
 		 361 aa  293  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  42.78 
 
 		 365 aa  292  7e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  42.5 
 
 		 360 aa  291  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  41.78 
 
 		 361 aa  290  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  41.73 
 
 		 361 aa  290  3e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  42.78 
 
 		 360 aa  290  4e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  41.1 
 
 		 361 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  41.39 
 
 		 357 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  41.67 
 
 		 359 aa  285  8e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  41.78 
 
 		 357 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  41.44 
 
 		 357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  40.83 
 
 		 357 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  40.92 
 
 		 361 aa  282  6.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  39.06 
 
 		 359 aa  281  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  41.37 
 
 		 363 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  40.56 
 
 		 357 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  40.56 
 
 		 357 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  40.56 
 
 		 357 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  40.56 
 
 		 357 aa  279  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  40.56 
 
 		 357 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  40.67 
 
 		 361 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  40.67 
 
 		 361 aa  277  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  40.39 
 
 		 361 aa  275  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  40.06 
 
 		 358 aa  262  6e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  40.67 
 
 		 357 aa  253  3e-66  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  40.11 
 
 		 357 aa  249  6e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.17 
 
 		 360 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  41.1 
 
 		 367 aa  246  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.26 
 
 		 363 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  35.8 
 
 		 338 aa  234  3e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  36.54 
 
 		 363 aa  230  3e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  40.83 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  36.01 
 
 		 353 aa  228  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  35.71 
 
 		 353 aa  225  9e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.17 
 
 		 354 aa  222  7e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  38.72 
 
 		 359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.58 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.41 
 
 		 377 aa  212  7e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.15 
 
 		 357 aa  196  7e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  34.32 
 
 		 364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.09 
 
 		 402 aa  184  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.18 
 
 		 404 aa  177  2e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  0.00000172391 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  33.78 
 
 		 364 aa  177  3e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  34.22 
 
 		 365 aa  176  4e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  33.51 
 
 		 364 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.08 
 
 		 370 aa  166  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.94 
 
 		 359 aa  162  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.61 
 
 		 382 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.92 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0002  DNA replication and repair protein RecF  30.92 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.27 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  29.14 
 
 		 369 aa  147  3e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.82 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  28.78 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.99 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.55 
 
 		 372 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  26.83 
 
 		 364 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  29.26 
 
 		 366 aa  137  4e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.13 
 
 		 372 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.18 
 
 		 370 aa  136  6.0000000000000005e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.46 
 
 		 369 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.71 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  28.88 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  26.76 
 
 		 365 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  29.81 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>