More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0003 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 363 aa  758    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0752559  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00005  Recombinational DNA repair ATPase  56.05 
 
 		 338 aa  392  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000571812  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  38.44 
 
 		 360 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  37.05 
 
 		 360 aa  266  4e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  38.57 
 
 		 359 aa  265  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  38.72 
 
 		 360 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  38.72 
 
 		 360 aa  264  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  38.44 
 
 		 360 aa  264  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  38.16 
 
 		 361 aa  262  6e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  37.88 
 
 		 360 aa  262  8.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  37.88 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  37.88 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  37.88 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  37.95 
 
 		 357 aa  261  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  37.88 
 
 		 360 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  37.5 
 
 		 361 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  37.5 
 
 		 361 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  38.89 
 
 		 357 aa  259  5.0000000000000005e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  37.6 
 
 		 360 aa  259  6e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  37.5 
 
 		 361 aa  259  7e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  37.6 
 
 		 360 aa  258  9e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  37.5 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  37.5 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  38.06 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  37.5 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  37.5 
 
 		 357 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  37.33 
 
 		 360 aa  258  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  36.78 
 
 		 363 aa  257  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  37.88 
 
 		 365 aa  257  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  38.06 
 
 		 357 aa  257  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  36.91 
 
 		 361 aa  256  5e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  37.19 
 
 		 361 aa  256  6e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  37.36 
 
 		 361 aa  255  8e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  37.22 
 
 		 357 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  36.91 
 
 		 361 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  37.4 
 
 		 358 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  38.36 
 
 		 359 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  37.05 
 
 		 360 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  37.02 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  37.33 
 
 		 360 aa  250  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  35.28 
 
 		 359 aa  247  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0003  recombination protein F  36.36 
 
 		 361 aa  246  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0005  recombination protein F  36.54 
 
 		 367 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  35.99 
 
 		 367 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  36.26 
 
 		 367 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  36.26 
 
 		 367 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.26 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  36.26 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  35.26 
 
 		 367 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  34.88 
 
 		 369 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  35.15 
 
 		 369 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  35.57 
 
 		 368 aa  229  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00030  recombination protein F  35.36 
 
 		 365 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  34.64 
 
 		 357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  34.64 
 
 		 357 aa  222  7e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.34 
 
 		 360 aa  215  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  35.44 
 
 		 363 aa  212  7.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.92 
 
 		 377 aa  209  7e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  34.16 
 
 		 367 aa  208  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.6 
 
 		 373 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.32 
 
 		 362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000176519  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.65 
 
 		 354 aa  193  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  32.34 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03481  recombination protein F  32.87 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  31.23 
 
 		 359 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.14 
 
 		 357 aa  180  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.795799 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0003  recombination protein F  31.69 
 
 		 364 aa  179  7e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0185053  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0003  recombination protein F  31.42 
 
 		 364 aa  178  1e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.26612  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.19 
 
 		 359 aa  176  5e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  32.34 
 
 		 349 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  32.25 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.27 
 
 		 402 aa  170  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.478589  hitchhiker  0.000458598 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0003  RecF recombinational DNA repair ATPase  31.95 
 
 		 353 aa  169  7e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  29.38 
 
 		 370 aa  164  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 		 370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.09 
 
 		 404 aa  153  4e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00736355  unclonable  0.00000172391 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  27.73 
 
 		 364 aa  153  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.47 
 
 		 364 aa  151  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.65 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00329262  decreased coverage  0.000397503 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0002  DNA replication and repair protein RecF  26.65 
 
 		 350 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  28.15 
 
 		 364 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  28.73 
 
 		 362 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.02 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.84 
 
 		 376 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  28.46 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  28.11 
 
 		 368 aa  135  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.49 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  27.2 
 
 		 374 aa  133  5e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.1 
 
 		 382 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  27.79 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.74 
 
 		 369 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  27.03 
 
 		 370 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  27.03 
 
 		 370 aa  129  6e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>