293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1707 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  100 
 
 
369 aa  710    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  59.78 
 
 
356 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  53.12 
 
 
357 aa  318  1e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  50 
 
 
412 aa  301  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  45.57 
 
 
374 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  45.83 
 
 
374 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  46.26 
 
 
391 aa  286  5e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  47.43 
 
 
374 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  46.22 
 
 
409 aa  261  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  44.65 
 
 
384 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  46.61 
 
 
392 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  44.39 
 
 
384 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  44.93 
 
 
357 aa  253  3e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  44.62 
 
 
398 aa  252  9.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  46.13 
 
 
385 aa  250  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  46.89 
 
 
358 aa  249  6e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  44.77 
 
 
379 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  46.13 
 
 
385 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  42.4 
 
 
387 aa  246  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  43.94 
 
 
385 aa  245  8e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  44.65 
 
 
378 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  46.26 
 
 
379 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.58 
 
 
384 aa  243  3e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.22 
 
 
382 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  46.52 
 
 
382 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  42.12 
 
 
378 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  43.55 
 
 
378 aa  239  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  44.53 
 
 
378 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  44.6 
 
 
363 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.9 
 
 
384 aa  233  3e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  43.68 
 
 
363 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  44.97 
 
 
384 aa  232  8.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  43.13 
 
 
368 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  41.43 
 
 
361 aa  230  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  45.01 
 
 
378 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  42.61 
 
 
375 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  45.6 
 
 
375 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  44.77 
 
 
379 aa  213  3.9999999999999995e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  44.38 
 
 
403 aa  206  8e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  48.17 
 
 
379 aa  202  9e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  42.42 
 
 
373 aa  187  2e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.9 
 
 
372 aa  184  3e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  29.82 
 
 
372 aa  177  3e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  27.43 
 
 
365 aa  160  4e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  34.01 
 
 
349 aa  143  4e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
392 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.75 
 
 
372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  24.17 
 
 
362 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.51 
 
 
370 aa  126  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  27.05 
 
 
369 aa  125  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  27.13 
 
 
369 aa  124  3e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.27 
 
 
376 aa  123  6e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.79 
 
 
382 aa  123  6e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  32.1 
 
 
401 aa  120  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.04 
 
 
369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  27.69 
 
 
360 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  27.69 
 
 
360 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.29 
 
 
372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  27.42 
 
 
360 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.27 
 
 
386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  26.81 
 
 
360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.57 
 
 
382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  30.57 
 
 
369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  27.42 
 
 
360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  30.59 
 
 
359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  26.81 
 
 
360 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.83 
 
 
365 aa  114  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  27.08 
 
 
360 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  30.34 
 
 
369 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0003  recombination protein F  32.87 
 
 
364 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0323054 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.38 
 
 
372 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  26.54 
 
 
360 aa  113  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  26.61 
 
 
360 aa  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  33.33 
 
 
402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  27.73 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  26.42 
 
 
360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  35.01 
 
 
380 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  25.79 
 
 
367 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  27.25 
 
 
360 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.44 
 
 
377 aa  111  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.68 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  35.01 
 
 
380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  35.01 
 
 
380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  34.84 
 
 
371 aa  109  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  29.9 
 
 
398 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  25.14 
 
 
366 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.39 
 
 
364 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  25.61 
 
 
360 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  25.56 
 
 
365 aa  106  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  26.06 
 
 
360 aa  106  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.74 
 
 
363 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25.48 
 
 
359 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  29.87 
 
 
364 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  28.65 
 
 
367 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  30.58 
 
 
365 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.25 
 
 
362 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  22.96 
 
 
361 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  22.96 
 
 
361 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.09 
 
 
371 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  29.92 
 
 
367 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>